Sreathachadh mRNA làn-fhaid - Nanopore
Feartan
● Glacadh mRNA poly-A agus an uair sin co-chur cDNA agus ullachadh leabharlainn
● Sreathachadh nan tar-sgrìobhaidhean làn-fhaid
● Mion-sgrùdadh bith-fhiosrachaidh stèidhichte air co-thaobhadh ri genome iomraidh
● Tha mion-sgrùdadh bith-fhiosrachail a’ gabhail a-steach chan e a-mhàin abairt aig ìre gine agus isoform ach cuideachd mion-sgrùdadh air lncRNA, co-aonaidhean gine, poly-adenylation agus structar gine
Buannachdan Seirbheis
●Meudachadh abairt aig ìre an isoforma’ comasachadh mion-sgrùdadh mionaideach is ceart air an abairt, a’ nochdadh atharrachadh a dh’ fhaodadh a bhith falaichte nuair a thathar a’ dèanamh mion-sgrùdadh air an abairt gine gu lèir
●Iarrtasan Dàta nas lugha:An coimeas ri Seicheamhachadh an Ath Ghinealaich (NGS), tha riatanasan dàta nas ìsle aig sreathachadh Nanopore, a’ leigeil le ìrean co-ionann de shàthachadh tomhais abairtean gine le dàta nas lugha.
●Cruinneas nas àirde ann an tomhas abairtean: an dà chuid aig ìre gine agus isoform
●Comharrachadh fiosrachadh tar-sgrìobhaidh a bharrachd: polyadenylation eile, ginean co-aonaichte agus lcnRNA agus na ginean targaid aca
●Eòlas farsaingBidh an sgioba againn a’ toirt pailteas eòlais gu gach pròiseact, air còrr is 850 pròiseact transcriptome làn-fhaid Nanopore a chrìochnachadh agus còrr is 8,000 sampall a phròiseasadh.
●Taic às dèidh reicTha ar gealladh a’ dol nas fhaide na crìoch a chur air a’ phròiseact le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air a’ phròiseact, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Riatanasan Sampall agus Lìbhrigeadh
| Leabharlann | Ro-innleachd sreathachaidh | Dàta a thathar a’ moladh | Smachd Càileachd |
| Poly A air a neartachadh | Nanopore PromethION 48 | 6/12 GB | Sgòr càileachd cuibheasach: Q10 |
Riatanasan Eisimpleir:
Niùclasaidean:
| Dùmhlachd (ng/μl) | Meud (μg) | Purrachd | Ionracas |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Truailleadh pròtain no DNA cuibhrichte no gun truailleadh idir air a shealltainn air a’ ghel. | Airson lusan: RIN≥7.0; Airson bheathaichean: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuibhrichte no gun àrdachadh sam bith |
● Lusan:
Freumh, Gas no Peatal: 450 mg
Duilleag no sìol: 300 mg
Measan: 1.2 g
● Beathach:
Cridhe no Innidh: 300 mg
Innidh no Eanchainn: 240 mg
Fèithean: 450 mg
Cnàmhan, falt no craiceann: 1g
● Artrapòdan:
Biastagan: 6g
Crùbagan: 300 mg
● Fuil slàn1 tiùb
● Ceallan: 106 ceallan
Lìbhrigeadh Sampall a thathar a’ moladh
Soitheach: tiùb centrifuge 2 ml (Chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileagan sampall: Buidheann+ath-aithris m.e. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Luingearachd:
1. Deigh thioram: Feumar sampallan a phacaigeadh ann am pocannan agus an tiodhlacadh ann an deigh thioram.
2. Tiùban RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhachd RNA (me RNAstable®) agus an cur aig teòthachd an t-seòmair.
Sruth-obrach Seirbheis
Niùclasaidean:
Lìbhrigeadh sampall
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
Sruth-obrach Seirbheis
Fighe:
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
às-tharraing RNA
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
● Giullachd dàta amh
● Aithneachadh tar-sgrìobhaidh
● Splicing eile
● Meudachadh abairteachd aig ìre gine agus ìre isoform
● Mion-sgrùdadh abairtean eadar-dhealaichte
● Notaichean agus beairteachadh ghnìomhan (DEGan agus DETan)
Mion-sgrùdadh spliseadh eile
Mion-sgrùdadh Poileadenylation Eile (APA)
ro-innse lncRNA
Notaichean air ginean ùra
Cruinneachadh de DETan
Lìonraidhean Pròtain-Pròtain ann an DEGan
Rannsaich na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean sreathan mRNA làn-fhaid Nanopore aig BMKGene tro chruinneachadh curaichte de fhoillseachaidhean.
Gong, B. et al. (2023) ‘Gnìomhachadh epigenetic agus tar-sgrìobhaidh an kinase secretory FAM20C mar oncogene ann an glioma’, Journal of Genetics and Genomics, 50(6), td. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) ‘Tha sreath-sgrìobhaidh làn-fhaid de fhreagairt limfichtean ri IFN-γ a’ nochdadh freagairt dìonach claon Th1 ann an leathóg (Paralichthys olivaceus)’, Èisg & Maorach Imdhìon-eòlas, 134, td. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) ‘Mion-sgrùdadh coimeasach air dòighean sreath RNA PacBio agus ONT airson comharrachadh puinnsean Nemopilema Nomurai’, Genomics, 115(6), td. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) ‘Tha mion-sgrùdadh nano-seq a’ nochdadh claonadh gnìomhach eadar-dhealaichte eadar exosomes agus meanbh-bhiastagan a tha air an toirt bho hUMSC’, Stem Cell Research and Therapy, 14(1), td. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
