Co-chruinneachadh Genome Fungal ùr
Tha BMKGENE a’ tabhann fuasglaidhean ioma-chruthach airson genomaichean fungach, a’ freagairt air feumalachdan rannsachaidh eadar-mheasgte agus iomlanachd genome a tha a dhìth. Le bhith a’ cleachdadh sreath-ghoirid Illumina leis fhèin, faodar dreachd genome a chruthachadh. Tha sreath-ghoirid agus sreath-ghoirid leughaidh fhada a’ cleachdadh Nanopore no Pacbio air an cur còmhla airson genome fungach nas grinne le contigs nas fhaide.
Feartan Seirbheis
Le dà roghainn a dh’ fhaodadh a bhith ann airson taghadh a rèir na h-ìre a tha thu ag iarraidh de iomlanachd genome:
● Roghainn Dreachd Genome: Sreathachadh leughaidh ghoirid le Illumina NovaSeq PE150.
● Roghainn Gìneam Fungach:
Suirbhidh Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Cruinneachadh Gìnòim: PacBio Revio (leughaidhean HiFi) no Nanopore PromethION 48.
Buannachdan Seirbheis
●Iomadh Ro-innleachd Seicheamhachaidh Ri FhaotainnAirson diofar amasan rannsachaidh agus riatanasan iomlanachd genome
●Sruth-obrach Bith-fhiosrachaidh Coileanta:Tha seo a’ gabhail a-steach cruinneachadh genome agus ro-innse iomadh eileamaidean genomic, anotachadh gine gnìomhach, agus acaireachd contig.
●Eòlas farsaingLe còrr is 12,000 genome meanbh-bhitheach air an cruinneachadh, tha còrr is deich bliadhna de eòlas againn, sgioba anailis sgileil, susbaint coileanta, agus taic iar-reic sàr-mhath.
●Taic às dèidh reic:Tha ar gealladh a’ dol nas fhaide na crìoch a chur air pròiseact le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air pròiseactan, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Sònrachaidhean Seirbheis
| Seirbheis | Ro-innleachd Sreathachaidh | Smachd Càileachd |
| Dreachd Gèanòm | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Gin Mhath | Suirbhidh genome: Illumina PE150 50 x Cruinneachadh: PacBio HiFi 30x no Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Aon-cheallach) contig N50 ≥2Mb (ONT Aon-cheallach) contig N50 ≥500kb (Eile) |
Riatanasan Seirbheis
| Dùmhlachd (ng/µL) | Suim iomlan (µg) | Meud (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Fungas aon-cheallach: ≥3.5x1010 ceallan
Fungas Macro: ≥10 g
Sruth-obrach Seirbheis
Lìbhrigeadh sampall
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
A’ gabhail a-steach an anailis a leanas:
Suirbhidh Gèanòim:
- Smachd càileachd dàta sreathachaidh
- Measadh genome: meud, heterozygosity, eileamaidean ath-aithriseach
Cruinneachadh Ginmheach:
- Smachd Càileachd Dàta Seicheamhachaidh
- Ùr-nodhaSeanadh
- Mion-sgrùdadh Co-phàirtean Genome: Ro-innse CDS agus iomadh eileamaid genomic
- Notaichean gnìomhach le iomadh stòr-dàta coitcheann (GO, KEGG, msaa.) agus stòran-dàta adhartach (CARD, CAZy, msaa.)
Suirbhidh genome: sgaoileadh k-mer
Cruinneachadh genome: anotachadh co-chosmhail gine (stòr-dàta NR)
Cruinneachadh genome: anotachadh gine gnìomhach (GO)
Rannsaich na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean cruinneachaidh genome fungach BMKGene tro chruinneachadh taghte de fhoillseachaidhean.
Hao, J. et al. (2023) ‘Pròifileadh omic amalaichte den bhalgan-buachair leigheasach Inonotus obliquus fo chumhachan fon uisge’,Gineamaigs BMC, 24(1), td. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) ‘Tha sreath-ghineamach a’ nochdadh mean-fhàs agus uidheaman pathogenic a’ phataigin biorach sùl-bhallach cruithneachd Rhizoctonia cerealis’,Iris a' Bhàrr, 11(2), td. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) ‘Goireasan Genome airson ceithir gnèithean Clarireedia ag adhbhrachadh spotan dolar air feur-fheòir eadar-mheasgte’,Galar Lusan, 107(3), duilleagan 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) ‘Fianais Ginteil is Mhóileciuil air Siostam Pàrtaidh Teitreapòlach anns a’ Bhalgan-buachair Ithe Grifola frondosa’,Iris nam Fungasan, 9(10), td. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
