Log a-steach BMKCloud

Toraidhean

Eadar-obrachadh Chromatin stèidhichte air Hi-C

’S e dòigh a th’ ann an Hi-C a chaidh a dhealbhadh gus rèiteachadh genomic a ghlacadh le bhith a’ cothlamadh eadar-obrachaidhean stèidhichte air faisgeachd agus sreath àrd-toraidh. Tha an dòigh stèidhichte air ceangal cromatin le formaldehyde, agus an uairsin cnàmhadh agus ath-cheangal ann an dòigh nach cruthaich ach pìosan a tha ceangailte gu covalent toraidhean ceangail. Le bhith a’ sreath nan toraidhean ceangail seo, tha e comasach sgrùdadh a dhèanamh air eagrachadh 3D a’ ghineim. Leigidh Hi-C le sgrùdadh a dhèanamh air sgaoileadh nan earrannan den ghineim a tha air am pacadh gu aotrom (roinnean A, euchromatin) agus nas dualtaiche a bhith gnìomhach gu tar-sgrìobhaidh, agus na roinnean a tha air am pacadh nas dlùithe (roinnean B, Heterochromatin). Faodar Hi-C a chleachdadh cuideachd gus Fearann Co-cheangailte gu Topologically (TADs) a chomharrachadh, roinnean den ghineim aig a bheil structaran fillte agus a tha dualtach pàtrain abairt coltach riutha, agus gus lùban cromatin a chomharrachadh, roinnean DNA a tha ceangailte ri chèile le pròtainean agus a tha gu tric air an neartachadh ann an eileamaidean riaghlaidh. Bidh seirbheis sreath Hi-C aig BMKGene a’ toirt cumhachd do luchd-rannsachaidh sgrùdadh a dhèanamh air tomhasan fànais genomics, a’ fosgladh shlighean ùra airson tuigse fhaighinn air riaghladh genome agus a bhuaidh air slàinte agus galair.

Cuir fios thugainn

Mion-fhiosrachadh Seirbheis

Bith-fhiosrachadh

Toraidhean taisbeanaidh

Foillseachaidhean sònraichte

Feartan Seirbheis

● Sreathachadh air Illumina NovaSeq le PE150.

● Feumaidh an t-seirbheis sampallan clò, an àite searbhagan niùclasach a chaidh a thoirt a-mach, gus ceangal tarsainn le formaldehyde agus na h-eadar-obrachaidhean DNA-pròtain a ghleidheadh.

● Tha an deuchainn Hi-C a’ toirt a-steach cuingealachadh agus càradh nan cinn steigeach le biotin, agus an uair sin bidh na cinn maol a thig às a’ dèanamh cuairteachadh fhad ’s a tha na h-eadar-obrachaidhean air an gleidheadh. Tha an DNA an uair sin air a tharraing sìos le grìogagan streptavidin agus air a ghlanadh airson ullachadh leabharlainn às dèidh sin.

Buannachdan Seirbheis

●Dealbhadh Ensaim Cuingealachaidh as Fheàrrgus dèanamh cinnteach à èifeachdas àrd Hi-C air diofar ghnèithean le suas ri 93% de chàraidean eadar-obrachaidh dligheach.

●Eòlas farsaing agus clàran foillseachaidh:Tha eòlas farsaing aig BMKGene le còrr is 2000 pròiseact sreath-sgrùdaidh Hi-C bho 800 gnè eadar-dhealaichte agus diofar phaitinnean. Còrr is 100 cùis fhoillsichte le factar buaidh cruinnichte de chòrr is 900.

●Sgioba Bith-fhiosrachaidh le sgilean àrda:le peutantan taobh a-staigh na companaidh agus còraichean-lethbhric bathar-bog airson deuchainnean Hi-C agus mion-sgrùdadh dàta agus bathar-bog dàta lèirsinneach a chaidh a leasachadh leis fhèin.

●Taic às dèidh reic:Tha ar gealladh a’ dol nas fhaide na crìoch a chur air pròiseact le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air pròiseactan, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.

●Notaichean CoileantaBidh sinn a’ cleachdadh iomadh stòr-dàta gus na ginean le caochlaidhean a chaidh a chomharrachadh a chomharrachadh gu gnìomhach agus an anailis beairteachaidh co-fhreagarrach a dhèanamh, a’ toirt sealladh air iomadh pròiseact rannsachaidh.

Sònrachaidhean Seirbheis

Leabharlann

Ro-innleachd Sreathachaidh

Toradh dàta a thathar a’ moladh

Fuasgladh Comharran Hi-C

Leabharlann Hi-C

Illumina PE150

Lùb cròmatin: 150x

TAD: 50x

Lùb Chromatin: 10Kb

TAD: 40Kb

Riatanasan Seirbheis

Seòrsa sampall	Suim a dh’fheumar
Fighe bheathaichean	≥2g
Fuil slàn	≥2mL
Fungasan	≥1g
Fìon òg - planntrais	1g/dòigh-mheasaidh, thathar a’ moladh 2-4 dòighean-mheasaidh
Ceallan Cultarach	≥1x10⁷

Roimhe: Pasgan DNA Lusan Magnetic Smart TGuide

Air adhart: Leabharlannan DNBSEQ ro-dhèanta

A’ gabhail a-steach an anailis a leanas:

● Càradh dàta amh;

● Mapadh agus QC leabharlann Hi-C: paidhrichean eadar-obrachaidh dligheach agus Eas-chomainn Lùghdachaidh Eadar-obrachaidh (IDEn);

● Pròifileadh Eadar-obrachaidh air feadh a’ ghinòim: mion-sgrùdadh cis/trans agus mapa eadar-obrachaidh Hi-C;

● Mion-sgrùdadh air sgaoileadh roinn A/B;

● Comharrachadh TADan agus lùban cròmatin;

● Mion-sgrùdadh eadar-dhealaichte air eileamaidean structar cròmatin 3D am measg shamhlaichean agus anotachadh gnìomhach co-fhreagarrach air ginean co-cheangailte.

Sgaoileadh co-rèir cis agus trans

Mapa teas de eadar-obrachadh cròmasomach eadar sampallan

Sgaoileadh roinnean A/B air feadh a’ ghinòma

Sgaoileadh lùban cròmatin air feadh a’ ghinòma

Dealbh-chruthachaidh de TADan

Rannsaich na h-adhartasan rannsachaidh a tha air an comasachadh le seirbheisean sreath-sgrùdaidh Hi-C aig BMKGene tro chruinneachadh taghte de fhoillseachaidhean.

Meng, T. et al. (2021) ‘Tha mion-sgrùdadh coimeasach amalaichte ioma-omics a’ comharrachadh CA2 mar thargaid ùr airson chordoma’,Neuro-Onco-eòlas, 23(10), td. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. et al. (2021) ‘Tha mì-eagrachadh agus ath-eagrachadh 3D den genome a’ toirt sealladh air pathogenesis NAFLD le bhith a’ toirt a-steach sreathan Hi-C, Nanopore, agus RNA’,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), td. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.