Cruinneachadh Gìneoim Stèidhichte air Hi-C
’S e dòigh a th’ ann an Hi-C a chaidh a dhealbhadh gus rèiteachadh cròmosoman a ghlacadh le bhith a’ cothlamadh eadar-obrachaidhean stèidhichte air faisgeachd agus sreath àrd-toraidh. Thathas a’ creidsinn gu bheil dian nan eadar-obrachaidhean sin co-cheangailte gu àicheil ri astar corporra air cròmosoman. Mar sin, thathas a’ cleachdadh dàta Hi-C gus stiùireadh a thoirt do chruinneachadh, òrdachadh agus treòrachadh sreathan cruinnichte ann an dreachd genome agus an acair a dhèanamh air àireamh sònraichte de chròmosoman. Tha an teicneòlas seo a’ toirt cumhachd do chruinneachadh genome aig ìre cròmosoman nuair nach eil mapa ginteil stèidhichte air sluagh ann. Feumaidh gach genome singilte Hi-C.
Feartan Seirbheis
● Sreathachadh air Illumina NovaSeq le PE150.
● Feumaidh an t-seirbheis sampallan clò, an àite searbhagan niùclasach a chaidh a thoirt a-mach, gus ceangal tarsainn le formaldehyde agus na h-eadar-obrachaidhean DNA-pròtain a ghleidheadh.
● Tha an deuchainn Hi-C a’ toirt a-steach cuingealachadh agus càradh nan cinn steigeach le biotin, agus an uair sin bidh na cinn maol a thig às a’ dèanamh cuairteachadh fhad ’s a tha na h-eadar-obrachaidhean air an gleidheadh. Tha an DNA an uair sin air a tharraing sìos le grìogagan streptavidin agus air a ghlanadh airson ullachadh leabharlainn às dèidh sin.
Buannachdan Seirbheis
Sealladh farsaing air Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Saidheans, 2009)
●A’ cur às don fheum air dàta ginteil sluaigh:Bidh Hi-C a’ cur an àite an fhiosrachaidh riatanach a tha a dhìth airson acair contig.
●Dùmhlachd chomharran àrd:a’ leantainn gu co-mheas acaireachd contig àrd os cionn 90%.
●Eòlas farsaing agus clàran foillseachaidh:Tha eòlas farsaing aig BMKGene le còrr is 2000 cùis de Chruinneachadh Genome Hi-C bho 1000 gnè eadar-dhealaichte agus diofar phaitinnean. Tha buaidh cruinnichte de chòrr is 2000 aig còrr is 200 cùis foillsichte.
●Sgioba bith-fhiosrachaidh air leth sgileil:Le peutantan taobh a-staigh na companaidh agus còraichean-lethbhric bathar-bog airson deuchainnean Hi-C agus mion-sgrùdadh dàta, leigidh am bathar-bog dàta lèirsinneach a chaidh a leasachadh leis fhèin le gluasad làimhe, tionndadh air ais, tarraing air ais agus ath-dhèanamh bhlocaichean.
●Taic às dèidh reic:Tha ar gealladh a’ dol nas fhaide na crìoch a chur air pròiseact le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air pròiseactan, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
●Notaichean CoileantaBidh sinn a’ cleachdadh iomadh stòr-dàta gus na ginean le caochlaidhean a chaidh a chomharrachadh a chomharrachadh gu gnìomhach agus an anailis beairteachaidh co-fhreagarrach a dhèanamh, a’ toirt sealladh air iomadh pròiseact rannsachaidh.
Sònrachaidhean Seirbheis
| Ullachadh leabharlainn | Ro-innleachd sreathachaidh | Toradh dàta a thathar a’ moladh | Smachd càileachd |
| Leabharlann Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Riatanasan Sampall
| Fighe | Suim a dh’fheumar |
| Innidh Bheathaichean | ≥ 2g |
| Fèithean Ainmhidhean | |
| Fuil Mamaileach | ≥ 2 ml |
| Fuil Eun/Èisg | |
| Lus - Duilleag Ùr | ≥ 3g |
| Ceallan Cultarach | ≥ 1x107 |
| Biastagan | ≥ 2g |
Sruth-obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
1) Deuchainn càileachd dàta amh
2) QC leabharlann Hi-C: measadh air eadar-obrachaidhean Hi-C dligheach
3) Co-chruinneachadh Hi-C: cruinneachadh contigs ann am buidhnean, agus an uair sin òrdachadh contigs taobh a-staigh gach buidhne agus stiùireadh contigs a shònrachadh
4) Measadh Àrd-C
QC Leabharlann Hi-C – measadh air paidhrichean eadar-obrachaidh dligheach Hi-C
Seanadh Hi-C – staitistig
Measadh às dèidh co-chruinneachaidh – mapa teas de dhianachd chomharran eadar bionaichean
Rannsaich na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean cruinneachaidh Hi-C BMKGene tro chruinneachadh taghte de fhoillseachaidhean.
Tian, T. et al. (2023) ‘Cruinneachadh genome agus sgaradh ginteil de ghràin-chnàimh arbhair a tha an aghaidh tart’, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), td. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) ‘Cruinneachadh air Sgèile Chromosoman de Gheinome Seillean Meala Àisianach Apis cerana’, Frontiers in Genetics, 11, td. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) ‘A’ nochdadh mean-fhàs bith-cho-chur alcaloid tropane le bhith a’ sgrùdadh dà ghinòm anns an teaghlach Solanaceae’, Nature Communications 2023 14:1, 14(1), td. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) ‘Bheir genomes a’ Chraoibh Banyan agus an Speach-phòlaidh sealladh air co-leasachadh fige-speach’, Cell, 183(4), td. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
