BMKCloud Log in
条形 bratach-03

Bathar

Seanadh Genome stèidhichte air Hi-C

Is e dòigh a th’ ann an Hi-C a tha air a dhealbhadh gus rèiteachadh chromosome a ghlacadh le bhith a’ cothlamadh eadar-obrachaidhean stèidhichte air faisg air làimh agus sreath àrd-threabhaidh.Thathas a’ creidsinn gu bheil dlùth-cheangal nan eadar-obrachaidhean sin co-cheangailte gu àicheil ri astar fiosaigeach air cromosoman.Mar sin, dh’ fhaodadh dàta Hi-C stiùireadh a thoirt do chruinneachadh, òrdachadh agus stiùireadh sreathan cruinnichte ann an dreach genome agus an fheadhainn sin a cheangal air àireamh sònraichte de chromosomes.Tha an teicneòlas seo a’ toirt cumhachd do cho-chruinneachadh genoma aig ìre chromosome às aonais mapa ginteil stèidhichte air àireamh-sluaigh.Feumaidh gach genoma Hi-C.

Àrd-ùrlar: Àrd-ùrlar Illumina NovaSeq / DNBSEQ


Mion-fhiosrachadh seirbheis

Toraidhean Demo

Sgrùdadh Cùise

Buannachdan seirbheis

1 Prionnsabal-na-Hi-C-seicheamh

Sealladh farsaing air Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Saidheans, 2009)

• Gun fheum air sluagh ginteil a thogail airson acrachadh contig;
● Dùmhlachd comharran nas àirde a’ leantainn gu co-mheas acair contigs nas àirde aig os cionn 90%;
● A’ comasachadh measadh agus ceartachadh air co-chruinneachaidhean genoma a th’ ann mar-thà;
● Ùine tionndaidh nas giorra le cruinneas nas àirde ann an co-chruinneachadh genome;
● Eòlas pailt le còrr air 1000 leabharlann Hi-C air an togail airson còrr air 500 gnè;
● Còrr is 100 cùis shoirbheachail le factar buaidh foillsichte cruinn de chòrr air 760;
● Co-chruinneachadh genome stèidhichte air Hi-C airson genome polyploid, chaidh ìre acair 100% a choileanadh sa phròiseact roimhe;
● Peutantan a-staigh agus dlighe-sgrìobhaidh bathar-bog airson deuchainnean Hi-C agus mion-sgrùdadh dàta;
● Bathar-bog gleusadh dàta lèirsinneach fèin-leasaichte, a’ comasachadh gluasad bloc làimhe, tilleadh air ais, cùl-ghairm agus ath-dhèanamh.

Sònrachaidhean seirbheis

 

Seòrsa leabharlann

 

 

Àrd-ùrlar


Leugh Fad
Ro-innleachd a mholadh
Hi-C
Illumina NovaSeq
PE150
≥ 100X

Mion-sgrùdadh bioinformatics

● Raw dàta smachd càileachd

● Hi-C smachd càileachd leabharlainn

● Co-chruinneachadh genome stèidhichte air Hi-C

● Measadh às dèidh co-chruinneachadh

Sruth-obrach HiC

Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh

Sampall Riatanasan:

beathach
Fungas
Lusan

 

Stuth reòta: 1-2g gach leabharlann
Ceallan: 1x 10^7 ceallan gach leabharlann
Stuth reòta: 1g gach leabharlann
Stuth reòta: 1-2g gach leabharlann

 

 
* Tha sinn a’ moladh gu làidir co-dhiù 2 aliquots (1 g gach) a chuir airson an deuchainn Hi-C.

Lìbhrigeadh sampall air a mholadh

Container: tiùb centrifuge 2 ml (chan eilear a’ moladh foil staoin)
Airson a 'mhòr-chuid de shamhlaichean, tha sinn a' moladh gun a bhith a 'gleidheadh ​​​​ann an ethanol.
Bileag sampaill: Feumaidh sampaill a bhith air an comharrachadh gu soilleir agus co-ionann ri foirm fiosrachaidh sampall a chaidh a chuir a-steach.
Gluasad: Deigh thioram: Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan an toiseach agus air an tiodhlacadh ann an deigh thioram.

Sruth Obrach Seirbheis

Eisimpleir QC

Dealbhadh deuchainn

lìbhrigeadh sampall

Lìbhrigeadh sampall

Deuchainn pìleat

às-tharraing DNA

Ag ullachadh leabharlainn

Togalach leabharlainn

Seicheamh

Seicheamh

Mion-sgrùdadh dàta

Mion-sgrùdadh dàta

Seirbheisean às deidh reic

Seirbheisean às deidh reic


  • Roimhe:
  • Air adhart:

  • *Tha toraidhean demo a chithear an seo uile bho genomes a chaidh fhoillseachadh le Biomarker Technologies

    Mapa teas eadar-obrachaidh 1.Hi-C deCamptotheca acuminatagenoma.Mar a chithear air a’ mhapa, tha dian eadar-obrachaidhean ceangailte gu h-àicheil ris an astar sreathach, a tha a’ comharrachadh co-chruinneachadh ìre chromosome fìor cheart.(Co-mheas acair: 96.03%)

    3Hi-C-interaction-heatmap-show-contigs-acrachadh-ann-genome-assemble

    Kang M et al.,Conaltradh Nàdair, 2021

     

    Chuidich 2.Hi-C le bhith a’ dearbhadh tionndadh eadarGossypium hirsutumL. TM-1 A06 agusG. arboreumChr06

    4Hi-C-heatmap-comasaich-foillseachadh-tionndadh-eadar-genomes

    Yang Z et al.,Conaltradh Nàdair, 2019

     

     

    3.Assembly agus eadar-dhealachadh biallelic den genome cassava SC205.Mapa teas Hi-C air a shealltainn sgoltadh soilleir ann an cromosoman homologous.

    Mapa teas 5Hi-C-sealltainn-homologous-chromosomes

    Hu W et al.,Lusan moileciuil, 2021

     

     

    Mapa teas 4.Hi-C air co-chruinneachadh genoma dà ghnè Ficus:F.microcarpa(co-mheas acair: 99.3%) agusF.hispida (co-mheas acair: 99.7%)
    6 Hi-C-heatmap-sealltainn-contig-acrachadh-de-Ficus-genomes

    Zhang X et al.,cill, 2020

     

     

    Cùis BMK

    Bidh genomes of the Banyan Tree and Pollinator Wasp a’ toirt sealladh dhuinn air co-ghluasad fige-fhige

    Foillsichte: cill, 2020

    Ro-innleachd sreathachaidh:

    F. microcarpa genome: approx.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

    F. hispidagenome: approx.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

    Eupristina verticillatagenome: approx.170 X PacBio RSII (65 Gb)

    Prìomh thoraidhean

    1.Chaidh dà genome craoibhe banyan agus aon genome speach pollinator a thogail a’ cleachdadh sreath PacBio, Hi-C agus mapa ceangail.
    (1)F. microcarpagenome: Chaidh co-chruinneachadh de 426 Mb (97.7% de mheud genome measta) a stèidheachadh le contig N50 de 908 Kb, sgòr BUSCO de 95.6%.Gu h-iomlan chaidh sreathan 423 Mb a cheangal ri 13 chromosomes le Hi-C.Thug nota genome 29,416 ginean còdaidh pròtain.
    (2)F. Hispidagenome: Chaidh co-chruinneachadh de 360 ​​Mb (97.3% de mheud genome measta) a thoirt gu buil le contig N50 de 492 Kb agus sgòr BUSCO de 97.4%.Bha sreath de 359 Mb gu h-iomlan air acair air cromosoman 14 le Hi-C agus gu math co-ionann ri mapa ceangail àrd-dùmhlachd.
    (3)Eupristina verticillatagenome: Chaidh co-chruinneachadh de 387 Mb (Meud genome tuairmseach: 382 Mb) a stèidheachadh le contig N50 de 3.1 Mb agus sgòr BUSCO de 97.7%.

    2. Nochd mion-sgrùdadh genomics coimeasach àireamh mhòr de dh'eadar-dhealachaidhean structair eadar dhàFicusgenomes, a thug seachad goireas ginteil luachmhor airson sgrùdaidhean mean-fhàs atharrachail.Thug an sgrùdadh seo, airson a’ chiad uair, seallaidhean seachad air co-bhalltachd Fig-wasp aig ìre genomic.

    PB-làn-fhad-RNA-Sequencing-cùis-sgrùdadh

    Diagram circos air feartan genomic de dhàFicusgenomes, a’ gabhail a-steach cromosoman, dùblachadh roinneil (SDs), transposons (LTR, TEs, DNA TEs), abairt gine agus synteny

    PB-làn-fhad-RNA-eile-splicing

    Comharrachadh cromosome Y agus gine tagraiche co-dhùnadh gnè

     
    Iomradh

    Zhang, X., et al.“Bidh genomes a’ Chraobhan Banyan agus Wasp Pollinator a ’toirt seachad sealladh air Co-ghluasad Fig-Wasp.”Cell 183.4(2020).

    faigh cuòt

    Sgrìobh do theachdaireachd an seo agus cuir thugainn e

    Cuir do theachdaireachd thugainn: