BMKCloud Log in
条形 bratach-03

Bathar

Sreath fada neo-chòdachadh-Illumina

Is e seòrsa de mholacilean RNA le faid nas àirde na 200 nt a th’ ann an RNAn neo-chòdachadh fada (lncRNAn), a tha air an comharrachadh le comas còdaidh gu math ìosal.Tha LncRNA, mar phrìomh bhall ann an RNAn neo-chòdachadh, ri lorg sa mhòr-chuid ann an niuclas agus plasma.Tha an leasachadh ann an teicneòlas seicheamhachaidh agus bith-fhiosrachadh a’ comasachadh grunn lncRNAn ùra a chomharrachadh agus an fheadhainn le gnìomhan bith-eòlasach a cheangal.Tha fianais tionalach a’ nochdadh gu bheil lncRNA an sàs gu farsaing ann an riaghladh epigenetic, riaghladh tar-sgrìobhaidh agus riaghladh iar-sgrìobhadh.


Mion-fhiosrachadh seirbheis

Bith-fiosrachadh

Toraidhean Demo

Sgrùdadh Cùise

Buannachdan seirbheis

● Buannachdan seirbheis

● Cellular agus maothran sònraichte

● Ìre shònraichte a’ cur an cèill agus a’ taisbeanadh atharrachadh faireachdainn fiùghantach

● Pàtranan mionaideach a thaobh faireachdainn ùine agus fànais

● Mion-sgrùdadh còmhla ri dàta mRNA.

● Lìbhrigeadh toradh stèidhichte air BMKCloud: Mèinneadh dàta gnàthaichte ri fhaighinn air àrd-ùrlar.

● Seirbheisean às dèidh reic dligheach airson 3 mìosan nuair a bhios am pròiseact deiseil

Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh

Leabharlann

Àrd-ùrlar

Dàta air a mholadh

QC dàta

crìonadh rRNA

Illumina airson PE 150

10 Gb

Q30≥85%

Conc.(ng/μl)

Suim (μg)

Purity

Ionracas

≥ 100

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Pròtain cuibhrichte no gun truailleadh DNA air a nochdadh air gel.

Airson lusan: RIN≥6.5;

Airson beathaichean: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

àrdachadh bun-loidhne cuingealaichte no gun a bhith ann

Nucleotides:

Meud: Cuideam (tioram): ≥1 g

* Airson clò nas lugha na 5 mg, tha sinn a’ moladh sampall clò reòta (ann an nitrogen leaghaidh) a chuir.

Crochadh cealla: Cunntas cealla = 3 × 107
* Tha sinn a’ moladh lysate cealla reòta a chuir air falbh.Ma tha an cealla sin nas lugha na 5 × 105, thathas a’ moladh flash reòta ann an nitrogen leaghaidh.

Samhlaidhean fuil:
PA×geneBloodRNATube;
fuil 6mLTRIzol agus 2mL (TRIzol: Fuil = 3: 1)

Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Container: tiùb centrifuge 2 ml (chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileag sampaill: Buidheann + ath-riochdachadh me A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Gluasad:
1.Dry-deigh: Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan agus air an tiodhlacadh ann an deigh tioram.
Tiùban 2.RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhach RNA (me RNAstable®) agus a chuir a-steach aig teòthachd an t-seòmair.

Sruth Obrach Seirbheis

Eisimpleir QC

Dealbhadh deuchainn

lìbhrigeadh sampall

Lìbhrigeadh sampall

Deuchainn pìleat

às-tharraing RNA

Ag ullachadh leabharlainn

Togalach leabharlainn

Seicheamh

Seicheamh

Mion-sgrùdadh dàta

Mion-sgrùdadh dàta

Seirbheisean às deidh reic

Seirbheisean às deidh reic


  • Roimhe:
  • Air adhart:

  • Bith-fiosrachadh

    wps_doc_12

     

    Seòrsachadh 1.LncRNA

    Chaidh LncRNA a bha air a ro-innse leis na ceithir bathar-bog gu h-àrd a sheòrsachadh ann an 4 roinnean: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;ciall-LncRNA.Chaidh seòrsachadh LncRNA a shealltainn anns an histogram gu h-ìosal.

    LncRNA-seòrsachadh

    Seòrsachadh LncRNA

    2.Cis-targaidte ginean de mhion-sgrùdadh beairteachaidh DE-lncRNA

    Chaidh ClusterProfiler fhastadh ann am mion-sgrùdadh beairteachaidh GO air ginean cuimsichte cis de lncRNA (DE-lncRNA) air a chuir an cèill gu eadar-dhealaichte, a thaobh pròiseasan bith-eòlasach, gnìomhan moileciuil agus co-phàirtean ceallach.Is e pròiseas a th’ ann an mion-sgrùdadh beairteachaidh GO gus teirmean GO a tha air an stiùireadh gu mòr le DEG a chomharrachadh an taca ri genoma slàn.Chaidh na teirmean beairteach a thaisbeanadh ann an histogram, clàr builgean, msaa mar a chithear gu h-ìosal.

    Cis-targaidte-ginean-de-lncRNA-saibhreas-anailis--Clàr-builgeanGineadan cuimsichte cis de mhion-sgrùdadh beairteachaidh DE-lncRNA - Clàr builgean

     

    3. Le bhith a’ dèanamh coimeas eadar fad, àireamh exon, ORF agus meud abairt mRNA agus lncRNA, tuigidh sinn na h-eadar-dhealachaidhean ann an structar, sreath agus mar sin air adhart eatorra, agus cuideachd dearbhadh a bheil an lncRNA nobhail a tha sinn a’ ro-innse a’ cumail ris na feartan coitcheann.

    wps_doc_13

    Cùis BMK

    Pròifil abairt lncRNA neo-riaghlaidh ann an adenocarcinomas sgamhain na luchaige le mùthadh KRAS-G12D agus bualadh P53

    Foillsichte:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019

    Ro-innleachd sreathach

    Illumina

    Cruinneachadh eisimpleirean

    Chaidh na ceallan NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) agus ceallan smachd àicheil (sh-Scr) fhaighinn air latha 6 de ghalar viral sònraichte.

    Prìomh thoraidhean

    Bidh an sgrùdadh seo a’ sgrùdadh nan lncRNAn a tha air an cur an cèill gu neo-sheasmhach ann an adenocarcinoma sgamhain na luchaige le bualadh P53 agus mùthadh KrasG12D.
    Chaidh 1.6424 lncRNAn a chuir an cèill gu eadar-dhealaichte (≥ atharrachadh 2-fhillte, P <0.05).
    2.Am measg a h-uile 210 lncRNAs (FC≥8), bha abairt 11 lncRNAs air a riaghladh le P53, 33 lncRNAs le KRAS agus 13 lncRNAs le hypoxia anns na ceallan KP bun-sgoile, fa leth.
    Chaidh 3.NONMMUT015812, a chaidh a riaghladh gu h-iongantach ann an adenocarcinoma sgamhain na luchaige agus air a riaghladh gu h-àicheil leis an ath-aithris P53, a lorg gus a ghnìomhachd cealla a sgrùdadh.
    Lùghdaich 4.Knockdown de NONMMUT015812 le shRNAn iomadachadh agus comasan imrich ceallan KP.Bha NONMMUT015812 na oncogene comasach.

    PB-làn-fhad-RNA-Sequencing-cùis-sgrùdadh

    Mion-sgrùdadh slighe KEGG de na ginean a tha air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte ann an ceallan KP NONMMUT015812-knockdown

    PB-làn-fhad-RNA-Sequencing-cùis-sgrùdadh

    Mion-sgrùdadh Gene Ontology de na ginean a tha air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte ann an ceallan KP NONMMUT015812-knockdown

    Iomradh

    Pròifil abairt lncRNA neo-riaghlaidh ann an adenocarcinomas sgamhain na luchaige le mùthadh KRAS-G12D agus bualadh P53 [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584

    faigh cuòt

    Sgrìobh do theachdaireachd an seo agus cuir thugainn e

    Cuir do theachdaireachd thugainn: