Seicheamh metatranscriptome
Feartan seirbheis
● crìonadh rRNA air a leantainn le ullachadh leabharlainn mRNA stiùiridh.
● Seicheamhachadh air Illumina NovaSeq.
Buannachdan seirbheis
●Dèan sgrùdadh air na h-atharrachaidhean ann an coimhearsnachdan microbial iom-fhillte:Bidh seo a’ tachairt aig ìre tar-sgrìobhaidh agus a’ sgrùdadh ghinean ùra a dh’fhaodadh a bhith ann.
●A’ mìneachadh eadar-obrachadh coimhearsnachd microbial leis an òstair no an àrainneachd.
●Mion-sgrùdadh Bioinformatics coileanta: Tha seo a’ toirt sealladh dhuinn air sgrìobhadh tacsonomaigeach agus gnìomh coimhearsnachd, a bharrachd air mion-sgrùdadh gine eadar-dhealaichte.
●Iomradh gine farsaing:A’ cleachdadh stòran-dàta gnìomh gine as ùire airson fiosrachadh faireachdainn gine fiosrachail mu choimhearsnachdan microbial.
●Taic iar-reic:Tha ar dealas a’ leudachadh nas fhaide na crìoch a’ phròiseict le ùine seirbheis 3-mìosan às deidh reic. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann seiseanan leanmhainn pròiseict, cuideachadh fuasgladh cheistean, agus seiseanan Q&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Sònrachaidhean seirbheis
| Àrd-ùrlar sreathachaidh | Ro-innleachd sreathachaidh | Dàta air a mholadh | Smachd air càileachd dàta |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 Gb | Q30≥85% |
Sampall Riatanasan
| dùmhlachd (ng/µL) | Suim iomlan (µg) | Meud (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1.0 | ≥20 | 1.8-2.0 | 1.0-2.5 | ≥6.5 |
Sruth Obrach Seirbheis
Eisimpleir lìbhrigeadh
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
A’ toirt a-steach an anailis a leanas:
● Seicheamhachadh Smachd Càileachd Dàta
● Seanadh tar-sgrìobhaidh
● Iomradh tacsonomaigeach agus pailteas
● Annotation Gnìomhach agus Iomadachd
● Meudachadh Expression agus Mion-sgrùdadh Eadar-dhealaichte
Sgaoileadh tacsonomaigeach de gach sampall:
Mion-sgrùdadh iomadachd beta: UPGMA
Nota gnìomh - GO pailteas
Pailteas tacsonamaidh eadar-dhealaichte - LEFSE
Dèan sgrùdadh air na h-adhartasan a tha air an cuideachadh le seirbheisean seicheamh meta transcriptomics BMKGene tro chruinneachadh de fhoillseachaidhean curanta.
Lu, Z. et al. (2023) ‘Fulangas searbhagach do bacteria a tha a’ cleachdadh lactate den òrdugh Tha Bacteroidales a’ cur ri casg acidosis ruminal ann an gobhair a tha air an atharrachadh gu daithead àrd-chuimseach’,Beathachadh bheathaichean, 14, pp. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Òran, Z. et al. (2017) 'A' fuasgladh microbiota gnìomhach bunaiteach ann an coipeadh stàite cruaidh traidiseanta le amplicons àrd-toraidh agus sreath metatranscriptomics',Crìochan ann am Microbiology, 8(JUL). doi: 10.3389/FMIB.2017.01294/FULL.
Wang, W. et al. (2022) 'Mycoviruses Ùr-nodha a chaidh a lorg bho Sgrùdadh Metatranscriptomics air Fungas Phytopathogenic Alternaria',Bhìorasan, 14(11), td. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. et al. (2022) ‘Tha mion-sgrùdadh metatranscriptome co-shìnte a’ nochdadh truailleadh metabolites àrd-sgoile planntrais le daolagan agus an gut symbionts’,Moileciuil Eag-eòlas, 31(15), td. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
