BMKCloud Log in
条形 bratach-03

Bathar

Sequencing-Illumina mRNA neo-iomradh

Bidh sreath mRNA a’ gabhail ri innleachd seicheamh ginealach an ath ghinealach (NGS) gus an teachdaire RNA (mRNA) a ghlacadh bho Eukaryote aig àm sònraichte a tha cuid de ghnìomhan sònraichte gan cur an gnìomh.B’ e ‘Unigene’ an t-ainm a bh’ air an tar-sgrìobhadh as fhaide agus chaidh a chleachdadh mar an t-sreath iomraidh airson mion-sgrùdadh às deidh sin, a tha na dhòigh èifeachdach air uidheamachd moileciuil agus lìonra riaghlaidh a’ ghnè a sgrùdadh gun iomradh.

Às deidh co-chruinneachadh dàta tar-sgrìobhaidh agus nota gnìomh unigene

(1) Thèid mion-sgrùdadh SSR, ro-innse CDS agus structar gine a chruthachadh ro-làimh.

(2) Bithear a’ tomhas abairt unigene anns gach sampall.

(3) Lorgar unigene eadar-dhealaichte eadar sampallan (no buidhnean) stèidhichte air abairt unigene

(4) Bithear a’ cruinneachadh, a’ comharrachadh gnìomh agus a’ mion-sgrùdadh beairteas air aonaranachd air an cur an cèill


Mion-fhiosrachadh seirbheis

Bith-fiosrachadh

Toraidhean Demo

Sgrùdadh Cùise

Feartan

● Neo-eisimeileach bho genoma iomraidh sam bith,

● Dh’fhaodadh an dàta a bhith air a chleachdadh gus structar agus faireachdainn nan tar-sgrìobhaidhean a mhion-sgrùdadh

● Comharraich làraichean clipping caochlaideach

Buannachdan seirbheis

● Lìbhrigeadh toraidh stèidhichte air BMKCloud: Tha toraidhean air an lìbhrigeadh mar fhaidhle dàta agus aithisg eadar-ghnìomhach tro àrd-ùrlar BMKCloud, a leigeas le luchd-cleachdaidh toraidhean mion-sgrùdadh iom-fhillte a leughadh agus mèinneadh dàta gnàthaichte air bunait mion-sgrùdadh bioinformatics àbhaisteach.

● Seirbheisean às dèidh reic: Seirbheisean às dèidh reic dligheach airson 3 mìosan às deidh crìoch a’ phròiseict, a’ toirt a-steach leantainn phròiseactan, fuasgladh dhuilgheadasan, toraidhean Q&A, msaa.

Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh

Sampall Riatanasan:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Suim (μg)

Purity

Ionracas

≥20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Pròtain cuibhrichte no gun truailleadh DNA air a nochdadh air gel.

Airson lusan: RIN≥6.5;

Airson beathaichean: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

àrdachadh bun-loidhne cuingealaichte no gun a bhith ann

Meud: Cuideam (tioram): ≥1 g
* Airson clò nas lugha na 5 mg, tha sinn a’ moladh sampall clò reòta (ann an nitrogen leaghaidh) a chuir.

Crochadh cealla: Cunntas cealla = 3 × 107
* Tha sinn a’ moladh lysate cealla reòta a chuir air falbh.Ma tha an cealla sin nas lugha na 5 × 105, thathas a’ moladh flash reòta ann an nitrogen leaghaidh.

Samhlaidhean fuil:
PA×geneBloodRNATube;
fuil 6mLTRIzol agus 2mL (TRIzol: Fuil = 3: 1)

Lìbhrigeadh sampall air a mholadh

Container:
Tiùb centrifuge 2 ml (chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileag sampaill: Buidheann + ath-riochdachadh me A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Gluasad:
1.Dry-deigh: Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan agus air an tiodhlacadh ann an deigh tioram.
Tiùban 2.RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhach RNA (me RNAstable®) agus a chuir a-steach aig teòthachd an t-seòmair.

Sruth Obrach Seirbheis

Eisimpleir QC

Dealbhadh deuchainn

lìbhrigeadh sampall

Lìbhrigeadh sampall

Deuchainn pìleat

às-tharraing RNA

Ag ullachadh leabharlainn

Togalach leabharlainn

Seicheamh

Seicheamh

Mion-sgrùdadh dàta

Mion-sgrùdadh dàta

Seirbheisean às deidh reic

Seirbheisean às deidh reic


  • Roimhe:
  • Air adhart:

  • Bith-fiosrachadh

    wps_doc_11

    1.mRNA(denovo) Prionnsabal an t-Seanaidh

    Le Trianaid, tha leughaidhean air an roinn ann am pìosan nas lugha, ris an canar K-mer.Bidh na K-mers sin an uairsin air an cleachdadh mar shìol airson a leudachadh gu contigs agus an uairsin co-phàirtean stèidhichte air tar-tharraing contig.Mu dheireadh, chaidh De Bruijn a chuir an sàs an seo gus tar-sgrìobhaidhean aithneachadh anns na co-phàirtean.

    mRNA-(De-novo)-Overview-of-Trinity

    mRNA (De novo) Sealladh farsaing air an Trianaid

    2.mRNA (De novo) Sgaoileadh Ìre Aithris Gine

    Tha RNA-Seq comasach air tuairmse fìor mhothachail fhaighinn air faireachdainn gine.Mar as trice, tha an raon ath-sgrìobhaidhean a ghabhas lorg FPKM eadar 10 ^ -2 gu 10^6

    mRNA-(De-novo)-Sgaoileadh-de-FPKM-dùmhlachd-ann-gach-sampall

    mRNA (De novo) Sgaoileadh dùmhlachd FPKM anns gach sampall

    3.mRNA (De novo) GO Mion-sgrùdadh Saibhreas air DEGn

    Tha stòr-dàta GO (Gene Ontology) na shiostam notaichean bith-eòlasach structaraichte anns a bheil briathrachas àbhaisteach de ghnìomhan gine agus toraidhean gine.Tha grunn ìrean ann, far a bheil an ìre as ìsle, is ann as sònraichte a tha na gnìomhan.

    mRNA-(De-novo)-GO-seòrsachadh-de-DEGs-aig-dàrna ìre

    mRNA (De novo) GO de sheòrsachadh DEG aig an dàrna ìre

    Cùis BMK

    Mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh air Metabolism Sucrose aig àm tumadh bulb agus leasachadh ann an oinniún (Allium cepa L.)

    Foillsichte: crìochan ann an saidheans lusan,2016

    Ro-innleachd sreathach

    Illumina HiSeq2500

    Cruinneachadh eisimpleirean

    Chaidh àiteachas Utah Yellow Sweet Spain “Y1351” a chleachdadh san sgrùdadh seo.Bha an àireamh de shamhlaichean a chaidh a chruinneachadh
    15mh latha às deidh sèid (DAS) de bholg (trast-thomhas 2-cm agus cuideam 3–4 g), 30mh DAS (trast-thomhas 5-cm agus cuideam 100–110 g), agus ∼3 air an 40mh DAS (trast-thomhas 7-cm agus 260-300 gram).

    Prìomh thoraidhean

    1. ann an diagram Venn, chaidh 146 DEG gu h-iomlan a lorg thar nan trì paidhrichean de ìrean leasachaidh
    2. Bha “còmhdhail agus metabolism gualaisg” air a riochdachadh le dìreach 585 unigene (ie, 7% den COG le notaichean).
    Chaidh 3.Unigenes le notaichean soirbheachail gu stòr-dàta GO a roinn ann an trì prìomh roinnean airson nan trì ìrean eadar-dhealaichte de leasachadh bulb.B’ e “pròiseas metabolach” a’ mhòr-chuid a bha air an riochdachadh anns a’ phrìomh roinn “pròiseas bith-eòlasach”, agus “pròiseas ceallach” air a leantainn.Anns a’ phrìomh roinn de “gnìomh moileciuil” b’ e an dà roinn a bu mhotha a bha air an riochdachadh “ceangaltach” agus “gnìomh catalaíoch”.

    PB-làn-fhad-RNA-Sequencing-cùis-sgrùdadh

    Histogram de bhuidhnean de bhuidhnean orthologous (COG) seòrsachadh

    PB-làn-fhad-RNA-Sequencing-cùis-sgrùdadh

    Seòrsachadh histogram de ontology gine (GO) airson unigenes a thàinig bho bholgan ann an trì ìrean leasachaidh

    PB-làn-fhad-RNA-Sequencing-cùis-sgrùdadh

    Diagram Venn a’ sealltainn ginean air an cur an cèill ann an dòigh eadar-dhealaichte ann an dà ìre sam bith de leasachadh bulb oinniún

    Iomradh

    Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Mion-sgrùdadh Tar-sgrìobhaidh air Metabolism Sucrose aig àm Bulb Swelling agus Leasachadh ann an Oinniún (Allium cepa L.) [J].Crìochan ann an Saidheans Lusan, 2016, 7: 1425-.DOI: 10.3389 / fpls.2016.01425

    faigh cuòt

    Sgrìobh do theachdaireachd an seo agus cuir thugainn e

    Cuir do theachdaireachd thugainn: