Sreathachadh mRNA neo-stèidhichte air iomradh-NGS
Feartan
● Glacadh poly mRNA mus tèid an leabharlann ullachadh
● Neo-eisimeileach bho ghinòm iomraidh sam bith: stèidhichte air cruinneachadh de novo de thar-sgrìobhaidhean, a’ gineadh liosta de aon-ghinean a tha air an comharrachadh le iomadh stòr-dàta (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Mion-sgrùdadh bith-fhiosrachaidh coileanta air abairt gine agus structar tar-sgrìobhaidh
Buannachdan Seirbheis
●Eòlas farsaingLe eachdraidh fhada ann a bhith a’ giullachd còrr is 600,000 sampall aig BMKGENE, a’ còmhdach diofar sheòrsaichean sampallan leithid cultaran cealla, clòthan, agus lionntan bodhaig, tha pailteas eòlais aig an sgioba againn airson gach pròiseact. Tha sinn air còrr is 100,000 pròiseact mRNA-Seq a dhùnadh gu soirbheachail ann an diofar raointean rannsachaidh.
●Smachd Càileachd TeannBidh sinn a’ cur prìomh phuingean smachd an gnìomh thar gach ìre, bho ullachadh shampaill is leabharlainn gu sreath-sgrùdadh is bith-fhiosrachaidh. Bidh an sgrùdadh mionaideach seo a’ dèanamh cinnteach gu bheil toraidhean àrd-inbhe air an lìbhrigeadh gu cunbhalach.
● Notaichean CoileantaBidh sinn a’ cleachdadh iomadh stòr-dàta gus na Ginean a tha air an Cur an cèill gu Diofraichte (DEGn) a chomharrachadh gu gnìomhach agus an anailis beairteachaidh co-fhreagarrach a dhèanamh, a’ toirt sealladh air na pròiseasan ceallach is moileciuil a tha aig bonn freagairt an transcriptome.
●Taic às dèidh reicTha ar gealladh a’ dol nas fhaide na crìoch a chur air a’ phròiseact le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air a’ phròiseact, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Riatanasan Sampall agus Lìbhrigeadh
| Leabharlann | Ro-innleachd sreathachaidh | Dàta a thathar a’ moladh | Smachd Càileachd |
| Poly A air a neartachadh | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Riatanasan Eisimpleir:
Niùclasaidean:
| Dùmhlachd (ng/μl) | Meud (μg) | Purrachd | Ionracas |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Truailleadh pròtain no DNA cuibhrichte no gun truailleadh idir air a shealltainn air a’ ghel. | Airson lusan: RIN≥4.0; Airson bheathaichean: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuibhrichte no gun àrdachadh sam bith |
● Lusan:
Freumh, Gas no Peatal: 450 mg
Duilleag no sìol: 300 mg
Measan: 1.2 g
● Beathach:
Cridhe no Innidh: 300 mg
Innidh no Eanchainn: 240 mg
Fèithean: 450 mg
Cnàmhan, falt no craiceann: 1g
● Artrapòdan:
Biastagan: 6g
Crùbagan: 300 mg
● Fuil slàn1 tiùb
● Ceallan: 106 ceallan
Lìbhrigeadh Sampall a thathar a’ moladh
Soitheach: tiùb centrifuge 2 ml (Chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileagan sampall: Buidheann+ath-aithris m.e. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Luingearachd:
1. Deigh thioram: Feumar sampallan a phacaigeadh ann am pocannan agus an tiodhlacadh ann an deigh thioram.
2. Tiùban RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhachd RNA (me RNAstable®) agus an cur aig teòthachd an t-seòmair.
Sruth-obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
às-tharraing RNA
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
Bith-fhiosrachadh
Cruinneachadh transcriptome agus taghadh aon-ghine
Notaichean Unigene
Co-dhàimh shampall agus measadh ath-aithris bith-eòlasach
Ginean air an Cur an cèill gu Diofraichte (DEGan)
Notaichean Gnìomhach air DEGan
Beairteachadh Gnìomhach DEGan
Rannsaich na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean sreathanachaidh mRNA eukaryotic NGS aig BMKGene tro chruinneachadh curaichte de fhoillseachaidhean.
Shen, F. et al. (2020) ‘Cruinneachadh transcriptome de novo agus abairt gine claon a rèir gnè ann an gonads cat-iasg Amur (Silurus asotus)’, Genomics, 112(3), td. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) ‘Mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh air metabolism siùcros rè at is leasachadh bulbaichean ann an uinneanan (Allium cepa L.)’, Frontiers in Plant Science, 7 (Sultain), td. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) ‘Cruinneachadh, comharrachadh agus anotachadh de novo airson tar-sgrìobhadh Sarcocheilichthys sinensis’, PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) ‘Bheir mion-sgrùdadh transcriptome de novo sealladh air fulangas salainn Podocarpus macrophyllus fo chuideam saillteachd’, BMC Plant Biology, 21(1), td. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
