Fuasgladh mRNA làn-fhaid PacBio 2+3
Feartan
● Dealbhadh sgrùdaidh:
Sampall cruinnichte air a sheicheamhachadh le PacBio gus isoforms tar-sgrìobhaidh a chomharrachadh
Sampallan fa leth (ath-aithris agus cumhaichean ri dhearbhadh) air an sreathrachadh leNGS gus abairt tar-sgrìobhaidh a thomhas
● Sreathachadh PacBio ann am modh CCS, a’ gineadh leughaidhean HiFi
● Sreathachadh nan tar-sgrìobhaidhean làn-fhaid
● Chan eil feum air genome iomraidh airson mion-sgrùdadh; ge-tà, faodar a chleachdadh
● Tha mion-sgrùdadh bith-fhiosrachail a’ gabhail a-steach chan e a-mhàin abairt aig ìre gine agus isoform ach cuideachd mion-sgrùdadh air lncRNA, co-aonaidhean gine, poly-adenylation, agus structar gine
Buannachdan
● Cruinneas ÀrdLeughaidhean HiFi le cruinneas >99.9% (Q30), an coimeas ri NGS
● Mion-sgrùdadh Splicing EileLe bhith a’ sreathachadh nan tar-sgrìobhaidhean uile, faodar isoform a chomharrachadh agus a chomharrachadh.
● Measgachadh de Neartan PacBio agus NGSLeigidh e le tomhas a dhèanamh air abairt aig ìre an isoform, a’ nochdadh atharrachadh a dh’ fhaodadh a bhith falaichte nuair a thathar a’ dèanamh anailis air abairt a’ ghine gu lèir.
● Eòlas farsaingTha sinn air còrr is 2300 sampall a phròiseasadh, agus tha pailteas eòlais aig an sgioba againn airson gach pròiseact.
● Taic às dèidh reicTha ar gealladh a’ dol nas fhaide na crìoch a chur air a’ phròiseact le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air a’ phròiseact, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Riatanasan Sampall agus Lìbhrigeadh
| Leabharlann | Ro-innleachd sreathachaidh | Dàta a thathar a’ moladh | Smachd Càileachd |
| Leabharlann CCS mRNA beairteach ann am PolyA | PacBio Seicheamh II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A air a neartachadh | Illumina PE150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Niùclasaidean
|
| Dùmhlachd (ng/μl) | Meud (μg) | Purrachd | Ionracas |
| Leabharlann Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Truailleadh pròtain no DNA cuibhrichte no gun truailleadh idir air a shealltainn air a’ ghel. | Airson lusan: RIN≥4.0; Airson bheathaichean: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuibhrichte no gun àrdachadh sam bith |
| Leabharlann PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Truailleadh pròtain no DNA cuibhrichte no gun truailleadh idir air a shealltainn air a’ ghel. | Lusan: RIN≥7.5 Beathaichean: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuibhrichte no gun àrdachadh sam bith |
Lìbhrigeadh Sampall a thathar a’ moladh
Soitheach: tiùb centrifuge 2 ml (Chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileagan sampall: Buidheann+ath-aithris m.e. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Luingearachd:
1. Deigh thioram:Feumar sampallan a phacaigeadh ann am pocannan agus a thiodhlacadh ann an deigh thioram.
2. Tiùban RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhachd RNA (me RNAstable®) agus an cur aig teòthachd an t-seòmair.
A’ gabhail a-steach an anailis a leanas:
- Dàta amh
- Smachd càileachd
- Mion-sgrùdadh Poileadenylation Eile (APA)
- Mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh fusion
- Mion-sgrùdadh Splicing Eile
- Mion-sgrùdadh air Orthologan Aon-lethbhreac Uile-choitcheann (BUSCO)
- Mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh nobhail: ro-innse sreathan còdaidh (CDS) agus anotachadh gnìomhach
- mion-sgrùdadh lncRNA: ro-innse lncRNA agus targaidean
- Aithneachadh MicroSatailit (SSR)
- Mion-sgrùdadh air Tar-sgrìobhaidhean air an Cur an cèill gu Diofraichte (DETan)
- Mion-sgrùdadh air Ginean a tha air an Cur an cèill gu Diofraichte (DEGan)
- Notaichean gnìomhachail air DEGan agus DETan
Mion-sgrùdadh BUSCO
Mion-sgrùdadh Splicing Eile
Mion-sgrùdadh Poileadenylation Eile (APA)
Ginean air an Cur an cèill gu Diofraichte (DEGan) agus Tar-sgrìobhaidhean (anailis DETs9)
Lìonraidhean eadar-obrachaidh pròtain-phròtain de DETan agus DEGan
Rannsaich na h-adhartasan a chaidh a dhèanamh comasach le sreath-sgrùdadh mRNA làn-fhaid PacBio 2+3 aig BMKGene tro chruinneachadh de fhoillseachaidhean air an taghadh gu faiceallach.
Chao, Q. et al. (2019) ‘Dineamaigs leasachaidh transcriptome gas Populus’,Iris Bith-theicneòlas Lusan, 17(1), td. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) ‘Atharrachaidhean Fiùghantach ann an Susbaint searbhag ascorbic rè leasachadh is aibidh mheasan Actinidia latifolia (bàrr mheasan beairteach ann an ascorbaid) agus na dòighean moileciuil co-cheangailte riutha’,Iris Eadar-nàiseanta nan Saidheansan Moileciuil, 23(10), td. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) ‘Ro-innse èifeachdach air ginean slighe bith-cho-chur a tha an sàs ann am polyphyllins bith-ghnìomhach ann am polyphylla Paris’,Bith-eòlas Conaltraidh2022 5:1, 5(1), td. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) ‘Mion-sgrùdadh RNA-Seq PacBio Iso-Seq agus Illumina còmhla air na ginean Transcriptome Tuta absoluta (Meyrick) agus Cytochrome P450’,Biastagan, 14(4), td. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) ‘Suirbhidh air iom-fhillteachd transcriptome a’ cleachdadh mion-sgrùdadh fìor-ùine aon-mhóileciuil PacBio còmhla ri sreath RNA Illumina airson tuigse nas fheàrr air bith-cho-chur searbhag ricinoleic ann an Ricinus communis’,Gineamaigs BMC, 20(1), td. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
