Seicheamh Genome Lusan / Ainmhidhean De Novo
Buannachdan seirbheis
Leasachadh àrd-ùrlaran seicheamhachaidh agus bioinformatics ann anan-diughco-chruinneachadh genome
(Amarasinghe SL et al.,Genome bith-eòlas, 2020)
● A' togail genomes ùra agus a' leasachadh genomes iomraidh a th' ann mar-thà airson gnèithean inntinneach.
● Cruinneas nas àirde, leantainneachd agus iomlanachd ann an co-chruinneachadh
● A 'togail stòras bunaiteach airson rannsachadh ann an sreath polymorphism, QTLs, deasachadh gine, briodadh, msaa.
● Uidheamaichte le speactram iomlan de àrd-ùrlaran sreath treas-ghinealach: fuasgladh co-chruinneachadh genome aon-stad
● Ro-innleachdan sreathach is co-chruinneachadh sùbailte a’ coileanadh genomes eadar-dhealaichte le feartan eadar-dhealaichte
● Sgioba bith-fiosrachaidh air leth sgileil le eòlas fìor mhath ann an co-chruinneachaidhean genome iom-fhillte, a ’toirt a-steach polyploids, genomes mòra, msaa.
● Còrr is 100 cùis shoirbheachail le factar buaidh foillsichte cruinn de chòrr air 900
● Turn-around-time cho luath ri 3 mìosan airson co-chruinneachadh genome ìre chromosome.
● Taic theicnigeach làidir le sreath de phaitinnean agus dlighe-sgrìobhaidh bathar-bog an dà chuid taobh deuchainneach agus bioinformatics.
Sònrachaidhean seirbheis
|
Susbaint
|
Àrd-ùrlar
|
Leugh Fad
|
Còmhdach
|
| Sgrùdadh Genome
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Seicheamh Genome
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi a’ leughadh
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Sruth obrach
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
Sampall Riatanasan:
| Gnè | Sgiath | Airson PacBio | Airson Nanopore |
| Beathaichean | Buidhnean visceral (an grùthan, spleen, msaa) | ≥ 1.0 g | ≥ 3.5 g |
| Muscle | ≥ 1,5 g | ≥ 5.0 g | |
| Fuil nam mamalan | ≥ 1.5 mL | ≥ 5.0 mL | |
| Fuil iasg no eun | ≥ 0.2 mL | ≥ 0.5 mL | |
| Lusan | Duilleagan ùra | ≥ 1,5 g | ≥ 5.0 g |
| Peata no cas | ≥ 3.5 g | ≥ 10.0 g | |
| Roots no sìol | ≥ 7.0 g | ≥ 20,0 g | |
| Ceallan | Cultar cealla | ≥ 3 × 107 | ≥ 1 × 108 |
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Container: tiùb centrifuge 2 ml (chan eilear a’ moladh foil staoin)
Airson a 'mhòr-chuid de shamhlaichean, tha sinn a' moladh gun a bhith a 'gleidheadh ann an ethanol.
Bileag sampaill: Feumaidh sampaill a bhith air an comharrachadh gu soilleir agus co-ionann ri foirm fiosrachaidh sampall a chaidh a chuir a-steach.
Gluasad: Deigh thioram: Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan an toiseach agus air an tiodhlacadh ann an deigh thioram.
Sruth Obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
às-tharraing DNA
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
* Tha na toraidhean demo a chithear an seo uile bho genomes a chaidh fhoillseachadh le Biomarker Technologies
1.Circos air co-chruinneachadh genome ìre chromosome deG. rotundifoliumle àrd-ùrlar sreathachaidh Nanopore
Wang M et al.,Bith-eòlas Molecular agus Evolution, 2021
2.Statistics of Weining seagal genoma co-chruinneachadh agus nota
Li G et al.,Gintinneachd Nàdair, 2021
3.Gene ro-innse deSechium foghlamgenome, a thàinig bho thrì dòighean ro-innse:Chan eilro-innse, ro-innse stèidhichte air Homology agus ro-innse stèidhichte air dàta RNA-Seq
Fu A et al.,Rannsachadh Gàrradaireachd, 2021
4.Aithneachadh ath-chuairtean crìochnachaidh fada slàn ann an trì genomes cotan
Wang M et al.,Bith-eòlas Molecular agus Evolution, 2021
Mapa teas 5.Hi-C denC. acuminatagenome a 'sealltainn eadar-obrachadh uile-às-uile genome.Tha dian eadar-obrachaidhean Hi-C co-rèireach ris an astar sreathach eadar contigs.Tha loidhne dhìreach ghlan air a’ mhapa teas seo a’ nochdadh acrachadh fìor cheart de contigs air cromosoman.(Co-mheas acair contig: 96.03%)
can M et al.,Conaltradh nàdair,2021
Cùis BMK
Bidh co-chruinneachadh genoma àrd-inbhe a’ soilleireachadh feartan genomic seagal agus ginean a tha cudromach agronomaigeach
Foillsichte: Gintinneachd Nàdair, 2021
Ro-innleachd sreathachaidh:
Co-chruinneachadh genome: modh PacBio CLR le leabharlann 20 kb (497 Gb, timcheall air 63 ×)
Ceartachadh sreath: NGS le leabharlann DNA 270 bp (430 Gb, timcheall air 54 ×) air àrd-ùrlar Illumina
Acrachadh Contigs: leabharlann Hi-C (560 Gb, timcheall air 71 ×) air àrd-ùrlar Illumina
Mapa optigeach: (779.55 Gb, timcheall air 99×) air Bionano Irys
Prìomh thoraidhean
1.Chaidh co-chruinneachadh de genome seagal Weining fhoillseachadh le meud genome iomlan de 7.74 Gb (98.74% de mheud genome measta a rèir cytometry sruthadh).Choilean sgafallachd N50 den cho-chruinneachadh seo 1.04 Gb.Chaidh 93.67% de contigs a stèidheachadh gu soirbheachail air 7 pseudo-chromosomes.Chaidh an co-chruinneachadh seo a mheasadh le mapa ceangail, LAI agus BUSCO, a lean gu sgòran àrda anns a h-uile measadh.
2.Chaidh tuilleadh sgrùdaidhean air genomics coimeasach, mapa ceangail ginteil, sgrùdaidhean tar-sgrìobhaidh a dhèanamh air bunait an genoma seo.Chaidh sreath de fheartan genomic co-cheangailte ri feartan fhoillseachadh a’ toirt a-steach dùblachadh gine air feadh genome agus a’ bhuaidh a th’ aca air ginean biosynthesis stalc;eagrachadh corporra de loci prolamin iom-fhillte, tha faireachdainn gine a’ nochdadh mar bhunait air caractar cinn tràth agus roinnean cromosomal co-cheangailte ri dachaigheachd agus loci ann an seagal.
 Diagram circos air feartan genomic genoma seagal Weining |  Mion-sgrùdaidhean mean-fhàsach agus cromosoma co-cheangailte ris an genoma seagal |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Bidh co-chruinneachadh genoma àrd-inbhe a’ soilleireachadh feartan genomic seagal agus ginean a tha cudromach agronomaigeach.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
