-
Seicheamhachadh Amplicon PacBio-Làn-fhaid 16S/18S/ITS
Chaidh àrd-ùrlar Amplicon (16S/18S/ITS) a leasachadh le bliadhnaichean de eòlas ann an mion-sgrùdadh phròiseactan iomadachd meanbh-fhàs-bheairtean, anns a bheil mion-sgrùdadh bunaiteach àbhaisteach agus mion-sgrùdadh pearsanaichte: tha mion-sgrùdadh bunaiteach a’ còmhdach susbaint mion-sgrùdaidh prìomh-shruthach rannsachadh meanbh-fhàs-bheairtean gnàthach, tha susbaint an mhion-sgrùdaidh beairteach agus coileanta, agus tha toraidhean an mhion-sgrùdaidh air an taisbeanadh ann an cruth aithisgean pròiseict; Tha susbaint an mhion-sgrùdaidh phearsanaichte eadar-mheasgte. Faodar sampallan a thaghadh agus faodar paramadairean a shuidheachadh gu sùbailte a rèir aithisg a’ mhion-sgrùdaidh bhunasach agus adhbhar an rannsachaidh, gus riatanasan pearsanaichte a thoirt gu buil. Siostam-obrachaidh Windows, sìmplidh agus luath.
-
PacBio-Transcriptome làn-fhaid (Gun iomradh)
A’ gabhail dàta sreathachaidh isoform Pacific Biosciences (PacBio) mar chur-a-steach, tha an aplacaid seo comasach air sreathan tar-sgrìobhaidh làn-fhaid a chomharrachadh (gun chruinneachadh). Le bhith a’ mapadh sreathan làn-fhaid an aghaidh genome iomraidh, faodar tar-sgrìobhaidhean a bharrachadh le ginean aithnichte, tar-sgrìobhaidhean, roinnean còdaidh, msaa. Anns a’ chùis seo, faodar comharrachadh nas cruinne air structaran mRNA, leithid spliseadh eile, msaa, a choileanadh. Leigidh mion-sgrùdadh còmhla ri dàta sreathachaidh transcriptome NGS le bhith a’ dèanamh anotachadh nas coileanta agus a’ tomhas nas cruinne ann an abairt aig ìre tar-sgrìobhaidh, a tha gu mòr a’ toirt buannachd do abairt eadar-dhealaichte sìos an abhainn agus mion-sgrùdadh gnìomh.
-
Pasganan innealan
’S e àrd-ùrlar bith-fhiosrachaidh air thoiseach a th’ ann am BMKCloud a bheir seachad fuasgladh aon-stad airson prògraman genomic, agus tha earbsa mhòr aig luchd-rannsachaidh ann an diofar raointean a’ gabhail a-steach meidigeach, àiteachais, àrainneachd, msaa. Tha BMKCloud dealasach a thaobh seirbheisean aonaichte, earbsach agus èifeachdach a thoirt seachad a’ gabhail a-steach àrd-ùrlaran agus innealan mion-sgrùdaidh bith-fhiosrachaidh, goireasan coimpiutaireachd, stòr-dàta poblach, cùrsaichean air-loidhne bith-fhiosrachaidh, msaa. Tha grunn innealan bith-fhiosrachaidh a thathas a’ cleachdadh gu tric aig BMKCloud, nam measg anotachadh gine, innealan ginteil mean-fhàsach, ncRNA, smachd càileachd dàta, cruinneachadh, co-thaobhadh, às-tharraing dàta, mùthaidhean, staitistig, gineadair figearan, mion-sgrùdadh sreath, msaa.
-
RNA beag
Is e seòrsa de RNA goirid neo-chòdaidh a th’ ann an RNAan beaga le fad cuibheasach de 18-30 nt, nam measg miRNA, siRNA agus piRNA. Chaidh aithris gu mòr gu bheil na RNAan beaga seo an sàs ann an grunn phròiseasan bith-eòlasach leithid crìonadh mRNA, casg eadar-theangachaidh, cruthachadh heterochromatin, msaa. Chaidh mion-sgrùdadh sreath RNA beag a chleachdadh gu farsaing ann an sgrùdaidhean air leasachadh bheathaichean/lusan, galairean, bhìorasan, msaa. Tha àrd-ùrlar mion-sgrùdaidh sreath RNA beag a’ toirt a-steach mion-sgrùdadh àbhaisteach agus mèinneadh dàta adhartach. Stèidhichte air dàta RNA-seq, faodaidh mion-sgrùdadh àbhaisteach aithneachadh agus ro-innse miRNA, ro-innse gine targaid miRNA, mion-sgrùdadh anotachaidh agus mion-sgrùdadh abairtean a choileanadh. Leigidh mion-sgrùdadh adhartach le rannsachadh agus às-tharraing miRNA gnàthaichte, ginealach diagram Venn, togail lìonra miRNA agus gine targaid.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
’S e àrd-ùrlar mion-sgrùdaidh ath-sheicheamhachadh genome iomlan a th’ ann an NGS-WGS, a chaidh a leasachadh stèidhichte air eòlas beairteach ann an Teicneòlasan Comharran Bith-eòlasach. Leigidh an àrd-ùrlar furasta a chleachdadh seo le sruth-obrach mion-sgrùdaidh amalaichte a chuir a-steach gu sgiobalta le bhith dìreach a’ suidheachadh beagan pharaimeatairean bunaiteach, a tha freagarrach airson dàta sreath DNA a chaidh a chruthachadh bho àrd-ùrlar Illumina agus àrd-ùrlar sreath BGI. Tha an àrd-ùrlar seo air a chleachdadh air frithealaiche coimpiutaireachd àrd-choileanaidh, a bheir cumhachd do mhion-sgrùdadh dàta gu math èifeachdach ann an ùine glè chuingealaichte. Tha mèinneadh dàta pearsanaichte ri fhaighinn stèidhichte air mion-sgrùdadh àbhaisteach, a’ gabhail a-steach ceist gine mùthaichte, dealbhadh prìomhaire PCR, msaa.
-
mRNA (Iomradh)
’S e an transcriptome an ceangal eadar fiosrachadh ginteil genomic agus am proteome de ghnìomh bith-eòlasach. ’S e riaghladh ìre tar-sgrìobhaidh an dòigh riaghlaidh as cudromaiche agus as fharsainge a chaidh a sgrùdadh ann am fàs-bheairtean. Faodaidh sreath-sgrìobhaidh transcriptome an transcriptome a shreath-sgrùdadh aig àm sam bith no fo chumha sam bith, le rùn ceart gu aon niùclasaid. Faodaidh e ìre tar-sgrìobhaidh gine a nochdadh gu dinamach, tar-sgrìobhaidhean tearc is àbhaisteach aithneachadh agus a thomhas aig an aon àm, agus fiosrachadh structarail tar-sgrìobhaidhean sònraichte sampall a thoirt seachad.
An-dràsta, tha teicneòlas sreath-sgrìobhaidh transcriptome air a bhith air a chleachdadh gu farsaing ann an àiteachas, leigheas agus raointean rannsachaidh eile, a’ gabhail a-steach riaghladh leasachadh bheathaichean is lusan, atharrachadh àrainneachdail, eadar-obrachadh dìonachd, suidheachadh ginean, mean-fhàs ginteil ghnèithean agus lorg tumhair is ghalaran ginteil.
-
Meata-ghineamach (NGS)
Tha an àrd-ùrlar anailis seo air a dhealbhadh airson mion-sgrùdadh dàta metagenomic stèidhichte air bliadhnaichean de eòlas. Tha e a’ toirt a-steach sruth-obrach aonaichte anns a bheil grunn mhion-sgrùdaidhean metagenomic a tha a dhìth gu cumanta, a’ gabhail a-steach giullachd dàta, sgrùdaidhean aig ìre gnèithean, sgrùdaidhean aig ìre gnìomh gine, binning metagenome, msaa. A bharrachd air an sin, tha innealan mèinnearachd dàta gnàthaichte rim faighinn air sruth-obrach anailis àbhaisteach, a’ gabhail a-steach ceistean gine is gnèithean, suidheachadh paramadair, gineadh figearan pearsanaichte, msaa.
-
LncRNA
Is e RNAn fada neo-chòdaidh (lncRNA) seòrsa de thar-sgrìobhaidhean le fad nas fhaide na 200 nt, nach urrainn pròtainean a chòdachadh. Tha fianais chruinnichte a’ moladh gu bheil e glè choltach gum bi a’ mhòr-chuid de lncRNAn obrachail. Bidh teicneòlasan sreath àrd-toraidh agus innealan anailis bith-fhiosrachaidh gar cumhachdachadh gus sreathan lncRNA agus fiosrachadh suidheachaidh fhoillseachadh nas èifeachdaiche agus gar stiùireadh gu bhith a’ lorg lncRNAn le gnìomhan riaghlaidh deatamach. Tha BMKCloud moiteil àrd-ùrlar anailis sreath lncRNA a thoirt do ar luchd-ceannach gus mion-sgrùdadh lncRNA luath, earbsach agus sùbailte a choileanadh.
-
GWAS
Tha sgrùdadh co-cheangailte air feadh a’ ghìoma (GWAS) ag amas air atharrachaidhean ginteil (genotype) a chomharrachadh a tha co-cheangailte ri feartan sònraichte (phenotype). Bidh sgrùdaidhean GWA a’ sgrùdadh comharran ginteil a’ dol thairis air genoma iomlan àireamh mhòr de dhaoine fa leth agus a’ ro-innse ceanglaichean genotype-phenotype le mion-sgrùdadh staitistigeil aig ìre sluaigh. Faodaidh ath-sheicheamhachadh air feadh a’ ghìoma a h-uile atharrachaidhean ginteil a lorg. Còmhla ri dàta fenotype, faodar GWAS a phròiseasadh gus SNPn, QTLn agus ginean tagraiche co-cheangailte ri fenotype a chomharrachadh, a tha a’ toirt taic làidir do briodadh bheathaichean/lusan an latha an-diugh. Tha SLAF na ro-innleachd sreath genome sìmplidh fèin-leasaichte, a lorgas comharran sgaoilte air feadh a’ ghìoma, SNPn. Faodar na SNPn seo, mar chomharran ginteil moileciuil, a phròiseasadh airson sgrùdaidhean co-cheangailte ri feartan cuimsichte. Tha e na ro-innleachd cosg-èifeachdach ann a bhith a’ comharrachadh atharrachaidhean ginteil co-cheangailte ri feartan iom-fhillte.
-
Transcriptomics làn-fhaid Nanopore
Tha isoforms eile iom-fhillte agus caochlaideach ann am fàs-bheairtean nan dòighean ginteil cudromach airson riaghladh abairt gine agus iomadachd phròtain. Tha comharrachadh ceart air structaran tar-sgrìobhaidh na bhunait airson sgrùdadh domhainn air pàtrain riaghlaidh abairt gine. Tha àrd-ùrlar sreath Nanopore air sgrùdadh tar-sgrìobhaidh a thoirt gu ìre isoform gu soirbheachail. Tha an àrd-ùrlar anailis seo air a dhealbhadh gus dàta RNA-Seq a chaidh a chruthachadh air àrd-ùrlar Nanopore a sgrùdadh stèidhichte air genome iomraidh, a choileanas anailis càileachdail agus cainneachdail aig ìre gine agus ìre tar-sgrìobhaidhean.
-
circ-RNA
’S e seòrsa de RNA neo-chòdaidh a th’ ann an RNA cruinn (circRNA), a chaidh a lorg o chionn ghoirid gu bheil pàirt riatanach aige ann an lìonraidhean riaghlaidh a tha an sàs ann an leasachadh, strì an aghaidh àrainneachd, msaa. Eadar-dhealaichte bho mholacilean RNA loidhneach, me mRNA, lncRNA, tha cinn 3′ agus 5′ circRNA ceangailte ri chèile gus structar cruinn a chruthachadh, a shàbhaileas iad bho bhith air an cnàmh le exonuclease agus tha iad nas seasmhaiche na a’ mhòr-chuid de RNA loidhneach. Chaidh a lorg gu bheil diofar dhleastanasan aig CircRNA ann a bhith a’ riaghladh abairt gine. Faodaidh CircRNA obrachadh mar ceRNA, a cheanglas miRNA gu farpaiseach, ris an canar spong miRNA. Bidh àrd-ùrlar mion-sgrùdaidh sreath CircRNA a’ cumhachdachadh mion-sgrùdadh structar is abairt circRNA, ro-innse targaid agus mion-sgrùdadh còmhla ri seòrsachan eile de mholacilean RNA.
-
BSA
Tha àrd-ùrlar Mion-sgrùdadh Bulked Segregant air a dhèanamh suas de mhion-sgrùdadh àbhaisteach aon-cheum agus mion-sgrùdadh adhartach le suidheachadh paramadair gnàthaichte. Tha BSA na dhòigh-obrach a thathas a’ cleachdadh gus comharran ginteil co-cheangailte ri fenotype a chomharrachadh gu sgiobalta. Tha prìomh shruth-obrach BSA a’ toirt a-steach: 1. taghadh dà bhuidheann de dhaoine le fenotypes gu math eadar-dhealaichte; 2. cruinneachadh DNA, RNA no SLAF-seq (Air a leasachadh le Biomarker) de gach neach gus dà mhòr-chuid de DNA a chruthachadh; 3. comharrachadh sreathan eadar-dhealaichte an aghaidh genome iomraidh no eatarra, 4. ro-innse roinnean tagraiche ceangailte le algairim ED agus SNP-index; 5. Mion-sgrùdadh gnìomh agus beairteachadh air ginean ann an roinnean tagraiche, msaa. Tha mèinneadh dàta nas adhartaiche rim faighinn cuideachd, a’ gabhail a-steach sgrìonadh comharran ginteil agus dealbhadh primer.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Chaidh àrd-ùrlar Amplicon (16S/18S/ITS) a leasachadh le bliadhnaichean de eòlas ann an mion-sgrùdadh phròiseactan iomadachd meanbh-fhàs-bheairtean, anns a bheil mion-sgrùdadh bunaiteach àbhaisteach agus mion-sgrùdadh pearsanaichte: tha mion-sgrùdadh bunaiteach a’ còmhdach susbaint mion-sgrùdaidh prìomh-shruthach rannsachadh meanbh-fhàs-bheairtean gnàthach, tha susbaint an mhion-sgrùdaidh beairteach agus coileanta, agus tha toraidhean an mhion-sgrùdaidh air an taisbeanadh ann an cruth aithisgean pròiseict; Tha susbaint an mhion-sgrùdaidh phearsanaichte eadar-mheasgte. Faodar sampallan a thaghadh agus faodar paramadairean a shuidheachadh gu sùbailte a rèir aithisg a’ mhion-sgrùdaidh bhunasach agus adhbhar an rannsachaidh, gus riatanasan pearsanaichte a thoirt gu buil. Siostam-obrachaidh Windows, sìmplidh agus luath.
