-
Eadar-obrachadh Chromatin stèidhichte air Hi-C
’S e dòigh a th’ ann an Hi-C a chaidh a dhealbhadh gus rèiteachadh genomic a ghlacadh le bhith a’ cothlamadh eadar-obrachaidhean stèidhichte air faisgeachd agus sreath àrd-toraidh. Tha an dòigh stèidhichte air ceangal cromatin le formaldehyde, agus an uairsin cnàmhadh agus ath-cheangal ann an dòigh nach cruthaich ach pìosan a tha ceangailte gu covalent toraidhean ceangail. Le bhith a’ sreath nan toraidhean ceangail seo, tha e comasach sgrùdadh a dhèanamh air eagrachadh 3D a’ ghineim. Leigidh Hi-C le sgrùdadh a dhèanamh air sgaoileadh nan earrannan den ghineim a tha air am pacadh gu aotrom (roinnean A, euchromatin) agus nas dualtaiche a bhith gnìomhach gu tar-sgrìobhaidh, agus na roinnean a tha air am pacadh nas dlùithe (roinnean B, Heterochromatin). Faodar Hi-C a chleachdadh cuideachd gus Fearann Co-cheangailte gu Topologically (TADs) a chomharrachadh, roinnean den ghineim aig a bheil structaran fillte agus a tha dualtach pàtrain abairt coltach riutha, agus gus lùban cromatin a chomharrachadh, roinnean DNA a tha ceangailte ri chèile le pròtainean agus a tha gu tric air an neartachadh ann an eileamaidean riaghlaidh. Bidh seirbheis sreath Hi-C aig BMKGene a’ toirt cumhachd do luchd-rannsachaidh sgrùdadh a dhèanamh air tomhasan fànais genomics, a’ fosgladh shlighean ùra airson tuigse fhaighinn air riaghladh genome agus a bhuaidh air slàinte agus galair.
-
Seicheamhachadh Immunoprecipitation Chromatin (ChIP-seq)
’S e dòigh-obrach a th’ ann an Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) a bhios a’ cleachdadh antibodies gus pròtainean ceangailteach DNA agus na targaidean genomic co-fhreagarrach aca a neartachadh gu roghnach. Leigidh an amalachadh le NGS le pròifileadh air feadh a’ ghineim de thargaidean DNA co-cheangailte ri atharrachadh histone, factaran tar-sgrìobhaidh, agus pròtainean ceangailteach DNA eile. Leigidh an dòigh-obrach dhinimigeach seo le coimeasan a dhèanamh eadar làraichean ceangail thar diofar sheòrsaichean cealla, fhigheagan, no suidheachaidhean. Tha tagraidhean ChIP-Seq a’ dol bho bhith a’ sgrùdadh riaghladh tar-sgrìobhaidh agus slighean leasachaidh gu bhith a’ soilleireachadh uidheaman galair, ga dhèanamh na inneal riatanach airson tuigse fhaighinn air cruthan-tìre riaghlaidh genomic agus lèirsinn leigheasach adhartachadh.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq
-
Sreathachadh bisulfite genome slàn (WGBS)
Tha an dòigh-obrach seo, stèidhichte air làimhseachadh DNA le bisulfite gus tionndadh cytosines neo-mheitileichte gu uracil (C gu U) a bhrosnachadh, agus cytosines meitilichte fhàgail gun atharrachadh, mar an dòigh-obrach àbhaisteach airson sgrùdadh domhainn air meitileachadh DNA, gu sònraichte an còigeamh suidheachadh ann an cytosine (5-mC), riaghlaiche cudromach air gnìomhachd gine agus gnìomhachd ceallach.
Tha an dòigh seo a’ tabhann rùn aon-bhunait, a’ leigeil le luchd-rannsachaidh sgrùdadh coileanta a dhèanamh air a’ mheitilom agus pàtrain meitileachaidh neo-àbhaisteach a lorg taobh a-staigh nan sampallan. Le bhith a’ cleachdadh WGBS, faodaidh luchd-saidheans lèirsinn gun choimeas fhaighinn air cruthan-tìre meitileachaidh air feadh a’ ghineim, a’ toirt seachad tuigse nas mionaidiche air na dòighean epigenetic a tha aig cridhe phròiseasan agus ghalaran bith-eòlasach eadar-mheasgte.
-
Deuchainn airson Chromatin ruigsinneach do Transposase le Sreathachadh Àrd-thoradh (ATAC-seq)
’S e dòigh-obrach sreath àrd-toraidh a th’ ann an ATAC-seq a thathas a’ cleachdadh airson mion-sgrùdadh ruigsinneachd chromatin air feadh an genoma. Tha e a’ toirt seachad tuigse nas doimhne air na dòighean iom-fhillte a tha an lùib smachd epigenetic cruinneil air abairt gine. Bidh an dòigh a’ cleachdadh transposase Tn5 ro-ghnìomhach gus roinnean chromatin fosgailte a bhriseadh sìos agus a chomharrachadh aig an aon àm le bhith a’ cur a-steach innealan-atharrachaidh sreath. Bidh leudachadh PCR às dèidh sin a’ leantainn gu cruthachadh leabharlann sreath, a leigeas le bhith a’ comharrachadh roinnean chromatin fosgailte gu coileanta fo chumhachan sònraichte àite-ùine. Tha ATAC-seq a’ toirt seachad sealladh iomlan air cruthan-tìre chromatin ruigsinneach, eu-coltach ri dòighean a tha ag amas a-mhàin air làraichean ceangail factaran tar-sgrìobhaidh no roinnean sònraichte air an atharrachadh le histone. Le bhith a’ sreath nan roinnean chromatin fosgailte seo, tha ATAC-seq a’ nochdadh roinnean a tha nas dualtaiche sreathan riaghlaidh gnìomhach agus làraichean ceangail factaran tar-sgrìobhaidh a dh’fhaodadh a bhith ann, a’ tabhann lèirsinn luachmhor air modúladh fiùghantach abairt gine air feadh a’ genoma.
-
Seicheamhachadh Bisulfite Riochdachaidh Lùghdaichte (RRBS)
Tha sreath-sgrùdadh bisulfite riochdachaidh lùghdaichte (RRBS) an urra ri beairteachadh roinnean beairteach ann an eileanan CpG le bhith a’ sgoltadh MspI agus an uairsin a’ taghadh meud de bhloighean 200-500/600 bps. Mar thoradh air an sin, chan eil ach roinnean faisg air eileanan CpG air an sreath-sgrùdadh, agus tha an fheadhainn le eileanan CpG fad às air an dùnadh a-mach às an anailis. Leigidh am pròiseas seo, còmhla ri sreath-sgrùdadh bisulfite, le lorg àrd-rùn air methylation DNA, agus tha an dòigh-obrach sreath-sgrùdaidh, PE150, ag amas gu sònraichte air cinn nan cuir-a-steach seach a’ mheadhan, ag àrdachadh èifeachdas pròifileadh methylation.
Tha an dòigh-obrach seo air nochdadh mar roghainn eile cosg-èifeachdach is èifeachdach an àite Sreathachadh Bisulfite an Genome Iomlan (WGBS) ann an rannsachadh methylation DNA. Ged a bheir WGBS lèirsinn choileanta le bhith a’ sgrùdadh a’ genome gu lèir aig rùn aon bhunait, faodaidh a chosgais àrd a bhith na fhactar cuibhrichte, agus tha RRBS a’ lughdachadh na dùbhlain seo gu ro-innleachdail le bhith a’ dèanamh anailis roghnach air pàirt riochdachail den genome. Tha an dòigh-obrach seo na inneal luachmhor a leigeas le rannsachadh methylation DNA cosg-èifeachdach agus a leasaicheas eòlas air uidheaman epigenetic.
