-
Seicheamhachadh RNA aon-niùclas
Tha leasachadh dhòighean glacaidh is togail leabharlainn gnàthaichte aon-chealla, còmhla ri sreathan àrd-toraidh, air ath-bhualadh a thoirt air sgrùdaidhean air abairtean gine aig ìre na cealla. Tha an t-adhartas seo a’ leigeil le mion-sgrùdadh nas doimhne agus nas coileanta a bhith ann air sluaghan cealla iom-fhillte, a’ faighinn thairis air na crìochan co-cheangailte ri cuibheasachd abairtean gine thar gach cealla agus a’ gleidheadh an fhìor neo-chunbhalachd taobh a-staigh nan sluaghan sin. Ged a tha buannachdan do-sheachanta aig sreathan RNA aon-chealla (scRNA-seq), tha e a’ tighinn tarsainn air dùbhlain ann an cuid de fhigheagan far a bheil cruthachadh crochadh aon-chealla duilich agus far a bheil feum air sampallan ùra. Aig BMKGene, bidh sinn a’ dèiligeadh ris a’ chnap-starra seo le bhith a’ tabhann sreathan RNA aon-niùclas (snRNA-seq) a’ cleachdadh teicneòlas 10X Genomics Chromium aig ìre na h-ealain. Tha an dòigh-obrach seo a’ leudachadh speactram nan sampallan a tha freagarrach airson mion-sgrùdadh transcriptome aig ìre aon-chealla.
Tha dealachadh nan niùclas air a choileanadh tron chip ùr-ghnàthach 10X Genomics Chromium, anns a bheil siostam microfluidics ochd-sianalan le croisean dùbailte. Taobh a-staigh an t-siostaim seo, tha grìogagan gel anns a bheil còdan-barra, prìmearan, einsìmean, agus aon niùclas air an glacadh ann am boinneagan ola meud nanoliter, a’ cruthachadh Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Às deidh cruthachadh GEM, bidh lysis cealla agus leigeil ma sgaoil còd-barra a’ tachairt taobh a-staigh gach GEM. Às deidh sin, bidh moileciuilean mRNA a’ faighinn tar-sgrìobhadh cùil gu cDNAn, a’ toirt a-steach còdan-barra 10X agus Aithnichearan Moileciuil Sònraichte (UMIs). Tha na cDNAn sin an uairsin air an cur fo thogail leabharlann sreath àbhaisteach, a’ comasachadh sgrùdadh làidir is coileanta air pròifilean abairtean gine aig ìre aon-chealla.
Àrd-ùrlar: 10 × Àrd-ùrlar Genomics Chromium agus Illumina NovaSeq
-
Sreathachadh mRNA làn-fhaid - Nanopore
Ged a tha sreath-sgrùdadh mRNA stèidhichte air NGS na inneal ioma-chruthach airson a bhith a’ tomhas abairt gine, tha an eisimeileachd a th’ aige air leughaidhean goirid a’ cuingealachadh a èifeachdas ann an mion-sgrùdaidhean tar-sgrìobhaidh iom-fhillte. Air an làimh eile, bidh sreath-sgrùdadh nanopore a’ cleachdadh teicneòlas leughaidh fhada, a’ comasachadh sreath-sgrùdadh tar-sgrìobhaidhean mRNA làn-fhaid. Tha an dòigh-obrach seo a’ comasachadh sgrùdadh coileanta air spliseadh eile, co-aonaidhean gine, poly-adenylation, agus tomhas isoforms mRNA.
Tha sreath nanopore, dòigh a tha an urra ri comharran dealain fìor-ùine aon-mhóileciuil nanopore, a’ toirt seachad toraidhean ann an àm fìor. Air a stiùireadh le pròtainean motair, bidh DNA dà-shreath a’ ceangal ri pròtainean nanopore a tha air an leabachadh ann am biofilm, a’ sgaoileadh fhad ‘s a tha e a’ dol tron t-sianal nanopore fo eadar-dhealachadh bholtaids. Tha na comharran dealain sònraichte a thèid a chruthachadh le diofar bhunaitean air an t-sreang DNA air an lorg agus air an seòrsachadh ann an àm fìor, a’ comasachadh sreath niùclasaid ceart agus leantainneach. Tha an dòigh-obrach ùr-ghnàthach seo a’ faighinn thairis air cuingealachaidhean leughaidh ghoirid agus a’ toirt seachad àrd-ùrlar fiùghantach airson mion-sgrùdadh genomic iom-fhillte, a’ gabhail a-steach sgrùdaidhean tar-sgrìobhaidh iom-fhillte, le toraidhean sa bhad.
Àrd-ùrlar: Nanopore PromethION 48
-
Sreathachadh mRNA làn-fhaid -PacBio
Ged a tha sreath-chur mRNA stèidhichte air NGS na inneal ioma-chruthach airson a bhith a’ tomhas abairt gine, tha an eisimeileachd air leughaidhean goirid a’ cuingealachadh a chleachdadh ann an mion-sgrùdaidhean tar-sgrìobhaidh iom-fhillte. Air an làimh eile, bidh sreath-chur PacBio (Iso-Seq) a’ cleachdadh teicneòlas leughaidh fhada, a’ comasachadh sreath-chur tar-sgrìobhaidhean mRNA làn-fhaid. Tha an dòigh-obrach seo a’ comasachadh sgrùdadh coileanta air splicing eile, fusion gine, agus poly-adenylation. Ach, tha roghainnean eile ann airson tomhas abairt gine air sgàth na tha de dhàta a dhìth. Tha teicneòlas sreath-chur PacBio an urra ri sreath-chur aon-mhóileciuil, fìor-ùine (SMRT), a’ toirt seachad buannachd shoilleir ann a bhith a’ glacadh tar-sgrìobhaidhean mRNA làn-fhaid. Tha an dòigh-obrach ùr-ghnàthach seo a’ toirt a-steach a bhith a’ cleachdadh treòraichean tonn modh neoni (ZMWn) agus tobraichean microfabricated a leigeas le gnìomhachd polymerase DNA a bhith air amharc ann an fìor-ùine rè sreath-chur. Taobh a-staigh nan ZMWn sin, bidh polymerase DNA PacBio a’ co-chur snàthainn co-phàirteach de DNA, a’ gineadh leughaidhean fada a tha a’ dol thairis air iomlanachd nan tar-sgrìobhaidhean mRNA. Bidh obrachadh PacBio ann am modh sreath-chur Co-aontachd Cruinn (CCS) a’ neartachadh cruinneas le bhith a’ sreath-chur an aon mholaciul a-rithist is a-rithist. Tha cruinneas nan leughaidhean HiFi a chaidh a chruthachadh co-chosmhail ri NGS, a’ cur ri mion-sgrùdadh coileanta agus earbsach air feartan tar-sgrìobhaidh iom-fhillte.
Àrd-ùrlar: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Sreathachadh mRNA Eukaryotic-NGS
'S e dòigh-obrach a th' ann an sreathachadh mRNA a bhios a' cleachdadh sreathachadh an ath ghinealaich gus làthaireachd agus meud mholacilean RNA ann an sampall bith-eòlasach fhoillseachadh, a' toirt sealladh goirid air gnìomhachd ginean san sampall.
Leis na tagraidhean farsaing a th’ aige, tha an inneal ùr-nodha seo a’ foillseachadh phròifilean iom-fhillte de ghnìomhachd gine, structaran gine, agus uidheaman moileciuil co-cheangailte ri diofar phròiseasan bith-eòlasach.
Tha an dòigh-obrach seo air a cleachdadh gu farsaing ann an rannsachadh, breithneachadh clionaigeach, agus leasachadh dhrogaichean, leis gu bheil i a’ tabhann lèirsinn air iom-fhillteachd daineamaigs ceallach agus riaghladh ginteil, a’ toirt bunait làidir airson fiosrachd a bhrosnachadh mu a comas ann an diofar raointean.
Àrd-ùrlaran rim faighinn: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Sreathachadh mRNA neo-stèidhichte air iomradh-NGS
Tha sreathanachadh mRNA a’ toirt cumhachd do phròifileadh coileanta a dhèanamh air gach tar-sgrìobhadh mRNA taobh a-staigh cheallan fo chumhachan sònraichte. Tha an teicneòlas ùr-nodha seo na inneal cumhachdach, a’ nochdadh pròifilean iom-fhillte de ghnìomhachd gine, structaran gine, agus uidheaman moileciuil co-cheangailte ri diofar phròiseasan bith-eòlasach. Air a chleachdadh gu farsaing ann an rannsachadh bunaiteach, breithneachadh clionaigeach, agus leasachadh dhrogaichean, tha sreathanachadh mRNA a’ tabhann lèirsinn air iom-fhillteachd daineamaigs ceallach agus riaghladh ginteil.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Sreathachadh Fada Neo-chòdaidh - Illumina
Tha RNAn fada neo-chòdaidh (lncRNAn) nas fhaide na 200 niùclasaid aig a bheil glè bheag de chomas còdaidh agus tha iad nan eileamaidean cudromach taobh a-staigh RNA neo-chòdaidh. Lorgar iad anns an niùclas agus an cytoplasm, agus tha dreuchdan deatamach aig na RNAn seo ann an riaghladh epigenetic, tar-sgrìobhaidh, agus iar-tharraingeach, a’ cur cuideam air an cudromachd ann a bhith a’ cruthachadh phròiseasan ceallach agus moileciuil. Tha sreathanachadh lncRNA na inneal cumhachdach ann an eadar-dhealachadh cealla, ontogenesis, agus galairean daonna.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq X
-
Sreathachadh RNA Beag - Illumina
Is e buidheann de mholacilean RNA a th’ ann an RNA beag anns a bheil meanbh-RNAs (miRNAs), RNAs beaga a tha a’ cur bacadh air (siRNAs), agus RNAs eadar-ghnìomhach piwi (piRNAs). Nam measg sin, tha miRNAs, timcheall air 18-25 niùclasaid a dh’fhaid, gu sònraichte cudromach airson an dreuchdan riaghlaidh cudromach ann an diofar phròiseasan ceallach. Le pàtrain abairt sònraichte do fhigheagan agus ìre sònraichte, tha miRNAs a’ nochdadh glèidhteachas àrd thar diofar ghnèithean.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq
-
Sreathachadh CircRNA - Illumina
Bidh sreathanachadh RNA cruinn (circRNA-seq) a’ pròifileadh agus a’ dèanamh anailis air RNA cruinn, clas de mholacilean RNA a bhios a’ cruthachadh lùban dùinte mar thoradh air tachartasan spliseadh neo-chanònach, a’ toirt barrachd seasmhachd don RNA seo. Ged a chaidh sealltainn gu bheil cuid de circRNA ag obair mar spongan microRNA, a’ glacadh microRNA agus gan casg bho bhith a’ riaghladh an mRNA targaid, faodaidh circRNA eile eadar-obrachadh le pròtainean, atharrachadh a dhèanamh air abairt gine, no dreuchdan a bhith aca ann am pròiseasan cealla. Bidh mion-sgrùdadh abairt circRNA a’ toirt sealladh air dreuchdan riaghlaidh nam moileciuilean sin agus an cudromachd ann an diofar phròiseasan cealla, ìrean leasachaidh, agus suidheachaidhean galair, a’ cur ri tuigse nas doimhne air iom-fhillteachd riaghladh RNA ann an co-theacsa abairt gine.
Àrd-ùrlar: Illumina Novaseq X
-
Sreathachadh Tar-sgrìobhaidh Iomlan – Illumina
Tha sreath-sgrìobhaidh Wole a’ tabhann dòigh-obrach fharsaing airson pròifileadh a dhèanamh air moileciuilean RNA eadar-mheasgte, a’ gabhail a-steach RNA còdaidh (mRNA) agus neo-chòdaidh (lncRNA, circRNA, agus miRNA). Bidh an dòigh seo a’ glacadh an tar-sgrìobhaidh gu lèir de cheallan sònraichte aig àm sònraichte, a’ leigeil le tuigse iomlanach fhaighinn air pròiseasan cealla.
Àrd-ùrlaran rim faighinn: Illumina Novaseq X
