Seicheamhachadh RNA aon-niùclas
Sgeama Teicnigeach
Tha aonaranachd nan niùclas air a choileanadh le 10× Genomics Chromium™, a tha air a dhèanamh suas de shiostam meanbh-shruthach ochd-sianalan le croisean dùbailte. Anns an t-siostam seo, tha grìogagan gel le còdan-barra agus primer, einsìmean agus aon niùclas air an glacadh ann am boinne ola meud nanoliter, a’ gineadh Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Cho luath ‘s a bhios GEM air an cruthachadh, thèid lysis cealla agus leigeil ma sgaoil còdan-barra a dhèanamh anns gach GEM. Tha mRNA air a thar-sgrìobhadh air ais gu moileciuilean cDNA le còdan-barra 10× agus UMI, a tha cuideachd fo ùmhlachd togail leabharlann sreath àbhaisteach.
Feartan
● Ullachadh crochadh aon-niùclas bho fhigheagan reòta
● Cruthachadh Grìogagan Gel-ann-Emulsion (GEM) agus an uair sin co-chur cDNA
● Tha gach grìogag ann an GEM làn de phrìmearan air an dèanamh suas de 4 earrannan:
earball poly(dT) airson prìomhadh mRNA agus co-chur cDNA,
Aithnichear Moileciuil Sònraichte (UMI) gus claonadh leudachaidh a cheartachadh
Còd-barra 10x
Sreath ceangail de phrìomhair sreathachaidh leughaidh pàirteach 1
Buannachdan
Bidh sreath-sgrùdadh RNA aon-niùclas a’ seachnadh crìochan sreath-sgrùdadh RNA aon-chealla, a’ comasachadh:
● Cleachdadh shamhlaichean reòta agus chan ann a-mhàin ri sampallan ùra
● Cuideam ìosal ann an ceallan reòta an coimeas ri làimhseachadh einsímeach air ceallan ùra, a chithear anns an dàta transcriptome ann an cruth nas lugha de ghinean air an adhbhrachadh le cuideam
● Chan eil feum air ceallan fola dearga a thoirt air falbh ro-làimh
● Trast-thomhas cealla gun chrìoch
● Raon mòr de shampaill a tha airidh air mion-sgrùdadh, a’ gabhail a-steach seòrsachan clò iom-fhillte is brisg a tha buailteach do chruinneachadh no sgrios cheallan rè dealachadh clò
Sampallan nach gabh anailis a dhèanamh orra le sreath-sgrùdadh RNA aon-chealla agus a tha airidh air sreath-sgrùdadh RNA aon-niùclas:
| Cealla / Fighe | Adhbhar |
| Clò reòta ùr | Cha ghabh buidhnean ùra no buidhnean a chaidh a shàbhaladh o chionn fhada fhaighinn |
| Cealla fèithe, megakaryocyte, geir… | Tha trast-thomhas nan ceallan ro mhòr airson a dhol a-steach don inneal |
| Grùthan… | Ro bhrùideil airson briseadh, gun chomas ceallan fa leth aithneachadh |
| Cealla neuron, eanchainn… | Nas mothachaile, nas fhasa a bhith fo chuideam, atharraichidh e toraidhean an t-sreathachaidh |
| Pancreas, thyroid… | Beairteach ann an einnseanan dùthchasach, a’ toirt buaidh air cinneasachadh crochadh cealla singilte |
Aon-niùclas an aghaidh aon-chealla
| Aon-niùclas | Aon-chealla |
| Trast-thomhas cealla gun chrìoch | Trast-thomhas cealla: 10-40 μm |
| Faodaidh an stuth a bhith na fhighe reòta | Feumaidh an stuth a bhith na phàipear ùr |
| Cuideam ìosal de cheallan reòta | Dh’fhaodadh làimhseachadh einnsein ath-bhualadh cuideam cealla adhbhrachadh |
| Chan eil feum air ceallan fola dearga a thoirt air falbh | Feumar ceallan fola dearga a thoirt air falbh |
| Niùclasach a’ cur an cèill bith-fhiosrachadh | Bidh an cealla gu lèir a’ cur an cèill bith-fhiosrachadh |
Sònrachaidhean
| Riatanasan Sampall | Leabharlann | Ro-innleachd sreathachaidh | Dàta a thathar a’ moladh | Smachd Càileachd |
| Fighe bheathaichean ≥ 200 mg Fighe planntrais ≥ 400 mg | Leabharlann cDNA 10x Genomics sn | Illumina PE150 | 100K leughaidhean PE gach cealla (100-200 Gb) | 700-1200 niùclas/μl agus ionracas niùclas air fhaicinn fo mhiocroscop |
Airson tuilleadh fiosrachaidh mu stiùireadh ullachadh shamhlaichean agus sruth-obrach seirbheis, na bi leisg bruidhinn riEòlaiche BMKGENE
Sruth-obrach Seirbheis
A’ gabhail a-steach an anailis a leanas:
● Smachd Càileachd: àireamh cheallan, lorg ginean, comharrachadh ceart cheallan, moileciuilean RNA agus tomhas abairtean
● Mion-sgrùdadh Sampall a-staigh:
Cruinneachadh cheallan agus notaichean cruinneachaidh
Mion-sgrùdadh Eadar-dhealachaidh Abairtean: comharrachadh DEGan ann an cruinneachaidhean
Notaichean gnìomhach agus beairteachadh DEGan cruinneachaidh
● Mion-sgrùdadh Eadar-bhuidhnean:
Measgachadh dàta
Mion-sgrùdadh Eadar-dhealachaidh Abairtean: comharrachadh DEGan ann am buidhnean
Notaichean gnìomhach agus beairteachadh DEGan buidhne
● Mion-sgrùdadh Adhartach:
Mion-sgrùdadh cearcall cealla
Mion-sgrùdadh pseudo-ùine
Mion-sgrùdadh conaltraidh cealla (CellPhoneDB)
Mion-sgrùdadh Beairteachaidh Seata Gine (GSEA)
Mion-sgrùdadh sampall a-staigh
Cruinneachadh cheallan:
Mion-sgrùdadh Abairtean Eadar-dhealaichte: DEGan cruinneachaidh
Mion-sgrùdadh eadar-bhuidhnean
Mion-sgrùdadh Abairtean Eadar-dhealaichte: DEGan Buidhne
Mion-sgrùdadh Adhartach:
Mion-sgrùdadh àm-brèige:
Mion-sgrùdadh cearcall cealla:
Rannsaich na h-adhartasan a chaidh a dhèanamh comasach le seirbheisean sreathanachaidh RNA aon-niùclas BMKGene le 10X Chromium anns na foillseachaidhean sònraichte seo:
Wang, L. et al. (2021) ‘Tha mion-sgrùdadh transcriptomic aon-chealla a’ nochdadh cruth-tìre dìonachd na sgamhain ann an asthma a tha an aghaidh steroid a’ fàs nas miosa’,Cùisean Acadamaidh Nàiseanta nan Saidheansan sna Stàitean Aonaichte Ameireagaidh, 118(2), td. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) ‘Lìonra Riaghlaidh Cruinneil airson Neo-riaghlaichte Abairteachadh Gine agus Comharradh Metabolach Neo-àbhaisteach ann an Ceallan Dìonachd ann am Microàrainneachd Galar Graves agus Thyroiditis Hashimoto’,Crìochan ann an Imdhìon-eòlas, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
Tian, H. et al. (2023) ‘Tha transcriptome aon-chealla a’ nochdadh neo-aonachd agus freagairtean dìonach leukocytes às dèidh banachdach le Edwardsiella tarda neo-ghnìomhach ann an leabag (Paralichthys olivaceus)’,Àiteachas-uisge, 566, td. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) ‘Bidh leigheas foto-dhinimigeach a’ leasachadh toradh luchd-bacadh puing-sgrùdaidh dìonachd tro bhith ag ath-dhealbhadh dìonachd an-aghaidh tumhair ann an euslaintich le aillse gastric’,Ailse gastric, 26(5), td. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
