Sreathachadh bisulfite genome slàn (WGBS)
Tha an dòigh-obrach seo, stèidhichte air làimhseachadh DNA le bisulfite gus tionndadh cytosines neo-mheitileichte gu uracil (C gu U) a bhrosnachadh, agus cytosines meitilichte fhàgail gun atharrachadh, mar an dòigh-obrach àbhaisteach airson sgrùdadh domhainn air meitileachadh DNA, gu sònraichte an còigeamh suidheachadh ann an cytosine (5-mC), riaghlaiche cudromach air gnìomhachd gine agus gnìomhachd ceallach.
Tha an dòigh seo a’ tabhann rùn aon-bhunait, a’ leigeil le luchd-rannsachaidh sgrùdadh coileanta a dhèanamh air a’ mheitilom agus pàtrain meitileachaidh neo-àbhaisteach a lorg taobh a-staigh nan sampallan. Le bhith a’ cleachdadh WGBS, faodaidh luchd-saidheans lèirsinn gun choimeas fhaighinn air cruthan-tìre meitileachaidh air feadh a’ ghineim, a’ toirt seachad tuigse nas mionaidiche air na dòighean epigenetic a tha aig cridhe phròiseasan agus ghalaran bith-eòlasach eadar-mheasgte.
Feartan Seirbheis
● Sreathachadh air Illumina NovaSeq.
● Feumaidh e genome iomraidh.
● Cuirtear DNA Lambda ris gus sùil a chumail air èifeachdas tionndaidh bisulfite.
Buannachdan Seirbheis
●Inbhe Òir airson Rannsachadh Methylation DNATha cruinneas àrd agus deagh ath-riochdachadh aig an teicneòlas aibidh seo.
●Còmhdach Farsaing agus Rùn Aon-bhunait:Tha lorg làraichean metileachaidh aig ìre genome farsaing.
●Àrd-ùrlar Coileanta:Bidh sinn a’ toirt seachad seirbheis aon-stad bho phròiseasadh shampall, togail leabharlainn, sreath-sgrùdadh gu mion-sgrùdadh bith-fhiosrachaidh.
●Eòlas farsaingTha raon farsaing de phròiseactan againn air an crìochnachadh thar raon farsaing de ghnèithean. Tha còrr is deich bliadhna de eòlas, sgioba anailis sgileil, susbaint coileanta, agus taic iar-reic sàr-mhath aig BMKGENE.
●Comasachd a dhol còmhla ri Mion-sgrùdadh TranscriptomicsA’ ceadachadh mion-sgrùdadh amalaichte air WGBS le dàta omics eile leithid RNA-seq.
Sònrachaidhean Eisimpleir
| Leabharlann | Ro-innleachd Sreathachaidh | Toradh dàta a thathar a’ moladh | Smachd càileachd |
| Bisulfite air a làimhseachadh | Illumina PE150 | Doimhneachd 30x | Q30 ≥ 85% Tionndadh bisulfite > 99% |
Riatanasan Sampall
| Dùmhlachd (ng/µL) | Suim iomlan (µg) | Riatanasan a bharrachd | |
| DNA genomic | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Milleadh no truailleadh cuibhrichte |
Sruth-obrach Seirbheis
Lìbhrigeadh sampall
Tarraing DNA
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Lìbhrigeadh dàta
Tha an t-seirbheis a’ toirt a-steach an anailis a leanas:
● Smachd càileachd sreath-chàraidh amh;
● Mapadh gu genome iomraidh;
● Lorgaireachd bhunaitean meitilichte 5mC;
● Mion-sgrùdadh air sgaoileadh agus anotachadh meitileachaidh;
● Mion-sgrùdadh air Roinnean Methylated gu Diofraichte (DMRn);
● Notaichean gnìomhachail air ginean co-cheangailte ri DMRan.
Lorgaireachd meitileachaidh 5mC: seòrsachan làraichean meitileachaidh
Mapa meitileachaidh. Sgaoileadh air feadh a’ ghineim aig meitileachadh 5mC
Notaichean air roinnean air an dèanamh gu mòr le meitile
Roinnean Methylated Eadar-dhealaichte: ginean co-cheangailte
Roinnean air an Meitileachadh gu Diofraichte: notaichean air ginean co-cheangailte (Ontology Gine)
Rannsaich na h-adhartasan rannsachaidh a tha air an comasachadh le seirbheisean sreath-chàraidh bisulfite làn-ghineamach BMKGene tro chruinneachadh taghte de fhoillseachaidhean.
Fan, Y. et al. (2020) ‘Mion-sgrùdadh air pròifilean methylation DNA rè leasachadh fèithean cnàimhneach chaorach a’ cleachdadh sreath bisulfite làn-ghineamach’,Gineamaigs BMC, 21(1), pp. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) ‘Buaidh ùr air meitileachadh searbhag deoxyribonucleic ann an luchd-obrach a tha fosgailte do chlòraid vinyl’,Tocsaineòlas agus Slàinte Gnìomhachais, 38(7), pp. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) ‘Dàimhean eadar meitileachadh genome, ìrean RNA neo-chòdaidh, mRNA agus metabolites ann am measan tomato aibidh’,Iris nan Lusan, 103(3), td. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
