Sreath tar-sgrìobhaidh slàn - Illumina
Feartan
● Leabharlann dùbailte gus an tar-sgrìobhadh iomlan a leantainn: crìonadh rRNA air a leantainn le ullachadh leabharlainn PE150 agus taghadh meud agus an uairsin ullachadh leabharlann SE50
● Cuir crìoch air mion-sgrùdadh bioinformatics air mRNA, lncRNA, circRNA agus miRNA ann an aithisgean bioinformatics air leth
● Mion-sgrùdadh air a h-uile abairt RNA san aithisg còmhla, a’ gabhail a-steach mion-sgrùdadh lìonraidhean ceRNA.
Buannachdan seirbheis
●Mion-sgrùdadh air lìonraidhean riaghlaidh: tha mion-sgrùdadh lìonra ceRNA air a chomasachadh le bhith a’ co-shìneadh mRNA, lncRNA, circRNA agus miRNA agus le sruth-obrach bith-fhiosrachaidh iomlan.
●Annotation coileanta: bidh sinn a’ cleachdadh grunn stòran-dàta gus na Ginean a tha air an cur an cèill gu h-eadar-dhealaichte (DEGn) a chomharrachadh agus an sgrùdadh beairteachaidh co-fhreagarrach a dhèanamh, a’ toirt seachad seallaidhean air na pròiseasan ceallach is moileciuil a tha mar bhunait don fhreagairt tar-sgrìobhaidh.
●Eòlas farsaing: le eachdraidh soirbheachail air còrr air 2000 pròiseact tar-sgrìobhaidh slàn a dhùnadh ann an diofar raointean rannsachaidh, tha an sgioba againn a’ toirt beairteas de eòlas do gach pròiseact.
●Smachd càileachd teann: bidh sinn a’ cur an gnìomh prìomh phuingean-smachd thar gach ìre, bho ullachadh sampall is leabharlainn gu sreathachadh agus bith-fhiosrachadh.Tha an sgrùdadh mionaideach seo a’ dèanamh cinnteach gun tèid toraidhean àrd-inbhe a lìbhrigeadh gu cunbhalach.
● Annotation coileanta: bidh sinn a’ cleachdadh grunn stòran-dàta gus na Ginean a tha air an cur an cèill gu h-eadar-dhealaichte (DEGn) a chomharrachadh agus an sgrùdadh beairteachaidh co-fhreagarrach a dhèanamh, a’ toirt seachad seallaidhean air na pròiseasan ceallach is moileciuil a tha mar bhunait don fhreagairt tar-sgrìobhaidh.
●Taic Post-reic: Tha ar dealas a’ leudachadh nas fhaide na crìoch a’ phròiseict le ùine seirbheis 3-mìosan às deidh reic.Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann seiseanan leanmhainn pròiseict, cuideachadh fuasgladh cheistean, agus seiseanan Q&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
| Leabharlann | Ro-innleachd sreathach | Dàta air a mholadh | Smachd Càileachd |
| rRNA air a dhol sìos | Illumina airson PE 150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Meud air a thaghadh | Illumina SE50 | 10-20M a’ leughadh |
Sampall Riatanasan:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Suim (μg) | Purity | Ionracas |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Pròtain cuibhrichte no gun truailleadh DNA air a nochdadh air gel. | Lusan: RIN≥6.5 Beathach: RIN≥7.0 5.0≥28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuingealaichte no gun a bhith ann |
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Container:
Tiùb centrifuge 2 ml (chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileag sampaill: Buidheann + ath-riochdachadh me A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Gluasad:
1.Dry-deigh: Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan agus air an tiodhlacadh ann an deigh tioram.
Tiùban 2.RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhach RNA (me RNAstable®) agus a chuir a-steach aig teòthachd an t-seòmair.
Sruth Obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
às-tharraing RNA
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
Bith-fiosrachadh
Sealladh farsaing air abairt RNA
Gineadan air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte
mion-sgrùdadh ceRNA
miRNAn air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte agus RNAn co-cheangailte riutha
Dèan sgrùdadh air na h-adhartasan rannsachaidh a tha air an cuideachadh le seirbheisean tar-sgrìobhaidh iomlan BMKGene tro chruinneachadh de fhoillseachaidhean curanta.
Dai, Y. et al.(2022) 'Pròifilean faireachdainn farsaing de mRNAn, lncRNAs agus miRNAn ann an galar Kashin-Beck air an comharrachadh le RNA-sreath', Molecular Omics, 18(2), td. 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) 'Mion-sgrùdadh transcriptomes làn-fhaid air strì an aghaidh fuachd Apis cerana ann am Beinn Changbai rè àm a' gheamhraidh.', Gene, 830, td. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al.(2022) ‘Prìomhachas Ioma-Omics stèidhichte air Amalachadh air Lìonraidhean Riaghlaidh RNA Endogenous farpaiseach ann an aillse sgamhain cealla beaga: feartan moileciuil agus tagraichean dhrogaichean’, Crìochan ann an Oncology, 12, td.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) ‘Tha mion-sgrùdadh amalaichte air pròifilean abairt lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA a’ nochdadh seallaidhean ùra air dòighean a dh’fhaodadh a bhith ann mar fhreagairt do nematodes freumh-snaidhm ann am cnò-talmhainn’, BMC Genomics, 23(1), pp. 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al.(2022) ‘Tha sreath RNA làn-tar-sgrìobhaidh a’ soilleireachadh na h-innealan moileciuil co-cheangailte ri cumail suas càileachd postharvest ann am broccoli le irradachadh LED dearg’, Bith-eòlas agus Teicneòlas Postharvest, 188, td.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
