Sreathachadh Tar-sgrìobhaidh Iomlan – Illumina
Feartan
● Gineadh leabharlann dhùbailte gus an transcriptome iomlan a shreathachadh: leabharlann crìonadh rRNA agus ullachadh leabharlann RNA bheag.
● Mion-sgrùdadh bith-fhiosrachail iomlan air mRNA, lncRNA, circRNA agus miRNA ann an aithisgean bith-fhiosrachail air leth, a bharrachd air mion-sgrùdadh còmhla leis a h-uile abairt RNA còmhla, a’ gabhail a-steach mion-sgrùdadh lìonraidhean ceRNA.
Buannachdan Seirbheis
●Eòlas farsaingTha sinn air còrr is 2100 pròiseact tar-sgrìobhaidh slàn a phròiseasadh, a’ còmhdach diofar sheòrsaichean sampallan. Bidh sinn a’ toirt pailteas eòlais gu gach pròiseact.
●Smachd Càileachd TeannBidh sinn a’ cur prìomh phuingean smachd an gnìomh thar gach ìre, bho ullachadh shampaill gu ullachadh leabharlainn, sreath-sgrùdadh agus bith-fhiosrachadh. Bidh ar sgrùdadh mionaideach a’ dèanamh cinnteach gu bheil toraidhean àrd-inbhe air an lìbhrigeadh gu cunbhalach.
●Notaichean CoileantaBidh sinn a’ cleachdadh iomadh stòr-dàta gus na Ginean a tha air an Cur an cèill gu Eadar-dhealaichte (DEGan) a chomharrachadh gu gnìomhach agus gus mion-sgrùdaidhean beairteachaidh co-fhreagarrach a dhèanamh. Tha an dòigh-obrach fharsaing seo a’ toirt sealladh dhuinn air na pròiseasan ceallach is moileciuil a tha aig bonn freagairt an transcriptome, a’ dèanamh cinnteach gum faigh thu a h-uile fiosrachadh a tha comasach mu dhàta an deuchainn agad.
●Mion-sgrùdadh domhainn air lìonraidhean riaghlaidhTha mion-sgrùdadh lìonra ceRNA air a chomasachadh le bhith a’ co-òrdanachadh mRNA, lncRNA, circRNA, agus miRNA agus le sruth-obrach bith-fhiosrachaidh mionaideach.
●Taic às dèidh reicTha sinn a’ tuigsinn cho cudromach ’s a tha e a bhith an làthair, agus is e sin as coireach gu bheil ar dealas a’ dol nas fhaide na crìochnachadh a’ phròiseict le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air a’ phròiseact, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Riatanasan Sampall agus Lìbhrigeadh
| Leabharlann | Ro-innleachd sreathachaidh | Dàta a thathar a’ moladh | Smachd Càileachd |
| rRNA air a lughdachadh | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Meud air a thaghadh | Illumina SE50 | 10-20M leughaidhean |
Riatanasan Eisimpleir:
Niùclasaidean:
| Dùmhlachd (ng/μl) | Meud (μg) | Purrachd | Ionracas |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Truailleadh pròtain no DNA cuibhrichte no gun truailleadh idir air a shealltainn air a’ ghel. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuibhrichte no gun àrdachadh sam bith |
Lìbhrigeadh Sampall a thathar a’ moladh
Soitheach: tiùb centrifuge 2 ml (Chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileagan sampall: Buidheann+ath-aithris m.e. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Luingearachd:
1. Deigh thioram: Feumar sampallan a phacaigeadh ann am pocannan agus an tiodhlacadh ann an deigh thioram.
2. Tiùban RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhachd RNA (me RNAstable®) agus an cur aig teòthachd an t-seòmair.
Sruth-obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
às-tharraing RNA
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
Bith-fhiosrachadh
A bharrachd air a h-uile mion-sgrùdadh air gach eadar-dhealachadh, tha na 4 seòrsaichean RNA air an cur còmhla san sgrùdadh cho-roinnte againn:
- Mion-sgrùdadh co-abairt eadar na diofar sheòrsaichean dàta RNA uile
- Sealladh farsaing air abairt RNA
- Sealladh farsaing air abairtean eadar-dhealaichte
- Lìonra CeRNA
- Prìomh ghinean air an amalachadh anns an t-slighe
- Mion-sgrùdadh glèidhteachais
- A’ targaideadh dhàimhean
Sealladh farsaing air abairt RNA
Ginean air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte
mion-sgrùdadh ceRNA
miRNAs air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte agus RNAs co-cheangailte
Rannsaich na h-adhartasan rannsachaidh a tha air an comasachadh le seirbheisean sreath-sgrìobhaidh iomlan BMKGene tro chruinneachadh curaichte de fhoillseachaidhean.
Dai, Y. et al. (2022) ‘Pròifilean coileanta de mRNAs, lncRNAs agus miRNAs ann an galar Kashin-Beck air an comharrachadh le sreath-RNA’,Omaigs Mhóileciuil, 18(2), td. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) ‘Mion-sgrùdadh làn-fhaid air transcriptomes air strì an aghaidh fuachd Apis cerana ann am Beinn Changbai rè na h-ùine geamhraidh.’Gine, 830, td. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) ‘Prìomhachasachadh Stèidhichte air Amalachadh Ioma-Omics airson Lìonraidhean Riaghlaidh RNA Endogenous Farpaiseach ann an Aillse Sgamhain Cealla Beaga: Feartan Moileciuil agus Tagraichean Dhrogaichean’,Crìochan ann an Onco-eòlas, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) ‘Tha mion-sgrùdadh amalaichte air pròifilean abairt lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA a’ nochdadh lèirsinn ùr air dòighean-obrach a dh’fhaodadh a bhith ann mar fhreagairt do nematodan snaidhm-freumh ann am peanut’,Gineamaigs BMC, 23(1), td. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al. (2022) ‘Tha sreath-sgrùdadh RNA làn-transcriptome a’ soilleireachadh nan uidheaman moileciuil co-cheangailte ri cumail suas càileachd às dèidh buain ann am broccoli le rèididheachd LED dearg’,Bith-eòlas agus Teicneòlas às dèidh Buain, 188, td. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
