BMKCloud Log in
条形banner-03

Produtos

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

A secuenciación de amplicóns 16S/18S/ITS ten como obxectivo revelar a filoxenia, a taxonomía e a abundancia de especies nunha comunidade microbiana mediante a investigación de produtos de PCR de marcadores xenéticos domésticos que conteñen partes moi conversadas e hipervariables.A introdución destas pegadas moleculares perfectas por Woeses et al, (1977) potencia o perfil do microbioma sen illamento.A secuenciación do 16S (bacterias), 18S (fungos) e do espaciador interno transcrito (ITS, fungos) permite a identificación tanto de especies abundantes como de especies raras e non identificadas.Esta tecnoloxía converteuse nunha ferramenta amplamente aplicada e importante para identificar a composición microbiana diferencial en diversos ambientes, como boca humana, intestinos, feces, etc.

Plataforma:Plataforma Illumina NovaSeq


Detalles do servizo

Resultados da demostración

Caso práctico

Vantaxes do servizo

● Identificación rápida e sen illamento da composición microbiana en mostras ambientais

● Alta resolución en compoñentes de pouca abundancia en mostras ambientais

● Último fluxo de análise de QIIME2 con análises diversas en termos de base de datos, anotación, OTU/ASV.

● Alto rendemento, maior precisión

● Aplicable a diversos estudos de comunidades microbianas

● BMK posúe unha ampla experiencia con máis de 100.000 mostras ao ano, que abarcan chan, auga, gas, lodos, feces, intestinos, pel, caldo de fermentación, insectos, plantas, etc.

● BMKCloud facilitou a interpretación de datos que contén 45 ferramentas de análise personalizadas

Especificacións do servizo

SecuenciaciónPlataforma

Biblioteca

Rendemento de datos recomendado

Tempo estimado de entrega

Plataforma Illumina NovaSeq

PE250

Etiquetas 50K/100K/300K

30 días

Análise bioinformática

● Control de calidade dos datos brutos

● Agrupación en clúster/eliminación de ruído de OTU (ASV)

● Anotación OTU

● Diversidade alfa

● Diversidade beta

● Análise intergrupal

● Análise de asociación fronte a factores experimentais

● Función predición de xenes

16S

Requisitos de mostra e entrega

Requisitos de mostra:

ParaExtractos de ADN:

Tipo de mostra

Cantidade

Concentración

Pureza

Extractos de ADN

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Para mostras ambientais:

Tipo de mostra

Procedemento de mostraxe recomendado

Solo

Cantidade da mostra: aprox.5 g;A substancia murcha restante debe ser eliminada da superficie;Moer pezas grandes e pasar por un filtro de 2 mm;Mostras alícuotas en tubo EP estéril ou cirotubo para reserva.

Feces

Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recoller e alícuotar mostras en tubo EP estéril ou criotubo para reserva.

Contidos intestinais

As mostras deben procesarse en condicións asépticas.Lavar o tecido recollido con PBS;Centrifugar o PBS e recoller o precipitante en tubos EP.

Lodos

Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recollida e alícuota de mostra de lodo en tubo EP estéril ou criotubo para reserva

Corpo de auga

Para mostras con cantidade limitada de microbios, como auga da billa, auga de pozo, etc., Recolla polo menos 1 L de auga e pásase por un filtro de 0,22 μm para enriquecer os microbios na membrana.Almacene a membrana nun tubo estéril.

Pel

Raspe coidadosamente a superficie da pel cun cotonete estéril ou unha lámina cirúrxica e colócaa nun tubo estéril.

Entrega de mostra recomendada

Conxelar as mostras en nitróxeno líquido durante 3-4 horas e almacenar en nitróxeno líquido ou -80 graos para reservar a longo prazo.É necesario o envío de mostras con xeo seco.

Fluxo de traballo do servizo

entrega da mostra

Entrega da mostra

Preparación da biblioteca

Construción da biblioteca

Secuenciación

Secuenciación

Análise de datos

Análise de datos

Servizos posvenda

Servizos posvenda


  • Anterior:
  • Seguinte:

  • 1.Distribución das especies

    3

    2.Mapa térmico: agrupación de riqueza de especies

    4

    3.Curva de facción rara

    5

    4.Análise NMDS

    6

    Análise 5.Lefse

    7

     

     

     

    Caso BMK

    Os individuos obesos con e sen diabetes tipo 2 mostran diferentes capacidades funcionales microbianas e composición

    Publicado:Cell Host & Microbe, 2019

    Estratexia de secuenciación:

    Lean non diabetes (n=633);Obesos sen diabetes (n=494);Diabetes obesa tipo 2 (n=153);
    Rexión obxectivo: 16S rDNA V1-V2
    Plataforma: Illumina Miseq (secuenciación de amplicóns baseada en NGS)
    Subconxuntos de extractos de ADN foron sometidos a secuenciación metaxenómica en Illumina Hiseq

    Resultados clave

    Diferenciáronse con éxito os perfís microbianos destas enfermidades metabólicas.
    Ao comparar as características microbianas xeradas pola secuenciación 16S, descubriuse que a obesidade estaba asociada con cambios na composición microbiana, características individuais, especialmente unha diminución significativa de Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, etc. .

    Referencia

    Thingholm, LB, et al."Os individuos obesos con e sen diabetes tipo 2 mostran diferentes capacidades e composicións microbianas do intestino".Hóspede celular e microbio26.2 (2019).

     

    obter unha cotización

    Escribe aquí a túa mensaxe e envíanolo

    Envíanos a túa mensaxe: