● Identificación rápida e sen illamento da composición microbiana en mostras ambientais
● Alta resolución en compoñentes de pouca abundancia en mostras ambientais
● Último fluxo de análise de QIIME2 con análises diversas en termos de base de datos, anotación, OTU/ASV.
● Alto rendemento, maior precisión
● Aplicable a diversos estudos de comunidades microbianas
● BMK posúe unha ampla experiencia con máis de 100.000 mostras ao ano, que abarcan chan, auga, gas, lodos, feces, intestinos, pel, caldo de fermentación, insectos, plantas, etc.
● BMKCloud facilitou a interpretación de datos que contén 45 ferramentas de análise personalizadas
SecuenciaciónPlataforma | Biblioteca | Rendemento de datos recomendado | Tempo estimado de entrega |
Plataforma Illumina NovaSeq | PE250 | Etiquetas 50K/100K/300K | 30 días |
● Control de calidade dos datos brutos
● Agrupación en clúster/eliminación de ruído de OTU (ASV)
● Anotación OTU
● Diversidade alfa
● Diversidade beta
● Análise intergrupal
● Análise de asociación fronte a factores experimentais
● Función predición de xenes
ParaExtractos de ADN:
Tipo de mostra | Cantidade | Concentración | Pureza |
Extractos de ADN | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Para mostras ambientais:
Tipo de mostra | Procedemento de mostraxe recomendado |
Solo | Cantidade da mostra: aprox.5 g;A substancia murcha restante debe ser eliminada da superficie;Moer pezas grandes e pasar por un filtro de 2 mm;Mostras alícuotas en tubo EP estéril ou cirotubo para reserva. |
Feces | Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recoller e alícuotar mostras en tubo EP estéril ou criotubo para reserva. |
Contidos intestinais | As mostras deben procesarse en condicións asépticas.Lavar o tecido recollido con PBS;Centrifugar o PBS e recoller o precipitante en tubos EP. |
Lodos | Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recollida e alícuota de mostra de lodo en tubo EP estéril ou criotubo para reserva |
Corpo de auga | Para mostras con cantidade limitada de microbios, como auga da billa, auga de pozo, etc., Recolla polo menos 1 L de auga e pásase por un filtro de 0,22 μm para enriquecer os microbios na membrana.Almacene a membrana nun tubo estéril. |
Pel | Raspe coidadosamente a superficie da pel cun cotonete estéril ou unha lámina cirúrxica e colócaa nun tubo estéril. |
Conxelar as mostras en nitróxeno líquido durante 3-4 horas e almacenar en nitróxeno líquido ou -80 graos para reservar a longo prazo.É necesario o envío de mostras con xeo seco.
1.Distribución das especies
2.Mapa térmico: agrupación de riqueza de especies
3.Curva de facción rara
4.Análise NMDS
Análise 5.Lefse
Caso BMK
Os individuos obesos con e sen diabetes tipo 2 mostran diferentes capacidades funcionales microbianas e composición
Publicado:Cell Host & Microbe, 2019
Estratexia de secuenciación:
Lean non diabetes (n=633);Obesos sen diabetes (n=494);Diabetes obesa tipo 2 (n=153);
Rexión obxectivo: 16S rDNA V1-V2
Plataforma: Illumina Miseq (secuenciación de amplicóns baseada en NGS)
Subconxuntos de extractos de ADN foron sometidos a secuenciación metaxenómica en Illumina Hiseq
Resultados clave
Diferenciáronse con éxito os perfís microbianos destas enfermidades metabólicas.
Ao comparar as características microbianas xeradas pola secuenciación 16S, descubriuse que a obesidade estaba asociada con cambios na composición microbiana, características individuais, especialmente unha diminución significativa de Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, etc. .
Referencia
Thingholm, LB, et al."Os individuos obesos con e sen diabetes tipo 2 mostran diferentes capacidades e composicións microbianas do intestino".Hóspede celular e microbio26.2 (2019).