Secuenciación de amplicóns 16S/18S/ITS-NGS
Características do servizo
● Plataforma de secuenciación: Illumina NovaSeq.
● Amplificación de rexións curtas de 16S, 18S e ITS, entre outros obxectivos de amplificación.
● Opcións flexibles de amplicóns.
● Experiencia previa en proxectos con múltiples obxectivos de amplificación.
Vantaxes do servizo
●Sen illamento:Identificación rápida da composición microbiana en mostras ambientais.
●Alta resoluciónEn compoñentes pouco abundantes en mostras ambientais.
●Amplamente aplicableEstudos de comunidades microbianas diversas.
●Análise bioinformática exhaustivaO paquete QIIME2 máis recente (información cuantitativa sobre a ecoloxía microbiana) con diversas análises en termos de bases de datos, anotacións e OTU/ASV.
●Ampla experienciaCon 150.000 proxectos de secuenciación de amplicóns realizados anualmente, BMKGENE achega máis dunha década de experiencia, un equipo de análise altamente cualificado, contido completo e unha excelente asistencia posvenda.
Especificacións do servizo
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados |
| Amplicón | Illumina PE250 | Etiquetas de 50/100/300 000 (pares de lectura) |
Requisitos do servizo
| Concentración (ng/µL) | Cantidade total (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Terra/lodo: 1-2 g
● Contido intestinal animal: 0,5-2 g
● Contido intestinal de insectos: 0,1-0,25 g
● Superficie da planta (sedimento enriquecido): 0,1-0,5 g
● Sedimento enriquecido con caldo de fermentación): 0,1-0,5 g
● Feces (animais grandes): 0,5-2 g
● Feces (rato): 3-5 grans
● Líquido de lavado alveolar pulmonar: papel de filtro
● Hisopo vaxinal: 5-6 hisopos
● Hisopo de pel/xenital/saliva/tecido brando oral/histopado farínxeo/histopado rectal: 2-3 hisopos
● Microorganismos superficiais: papel de filtro
● Masa de auga/aire/biofilme: papel de filtro
● Endófitos: 1-2 g
● Placa dental: 0,5-1 g
Fluxo de traballo do servizo
Entrega de mostras
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Inclúe a seguinte análise:
- Control de calidade dos datos brutos
- Agrupación en clústeres de OTU / eliminación de ruído (ASV)
- Anotación da OTU
- Análise de diversidade alfa: múltiples índices, incluíndo Shannon, Simpson e ACE.
- Análise de diversidade beta
- Análise intergrupal
- Análise de correlación: entre factores ambientais e composición e diversidade de OUT
- Predición do xene funcional 16S
Histograma da distribución taxonómica
mapa de calor de agrupamento de abundancia taxonómica
Análise de diversidade alfa: curva de rarefacción
análise de diversidade beta: NMDS
Análise intergrupos: descubrimento de biomarcadores LEFSE
Explora os avances facilitados polos servizos de secuenciación de amplicóns de BMKGene con Illumina a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Dong, C. et al. (2022) «Ensamblaxe, microbiota central e función da microbiota do solo e da cortiza da rizosfera en Eucommia ulmoides», Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) «Transplante de consorcios bacterianos sintéticos para o tratamento da vaginose bacteriana inducida por Gardnerella vaginalis en ratos», Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. e Liu, H. (2022) «Microbiomas do po do aire recollido durante o experimento de soporte vital biorrexenerativo pechado terrestre “Lunar Palace 365”», Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) «A abundancia dependente da materia prima de xenes funcionais relacionados coa transformación do nitróxeno controlou a perda de nitróxeno na compostaxe», Bioresource Technology, 361, páx. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
