Secuenciación de amplicóns 16S/18S/ITS-PacBio
Características do servizo
● Plataforma de secuenciación: PacBio Revio
● Modo de secuenciación: CCS (lecturas HiFi)
● Amplificación da rexión diana seguida de enlace en tándem de amplicóns antes da preparación da biblioteca de campás HiFi SMRT
Vantaxes do servizo
●Maior resolución taxonómica: Tsecuenciación de amplicóns curtos de Han,o que permite taxas de clasificación OTU máis altas a nivel de especie.
●Chamada de base de alta precisiónSecuenciación en modo CCS de PacBio (lecturas HiFi).
●Sen illamentoIdentificación rápida da composición microbiana en mostras ambientais.
●Amplamente aplicableEstudos de comunidades microbianas diversas.
●Análise bioinformática exhaustivaO paquete QIIME2 máis recente (información cuantitativa sobre a ecoloxía microbiana) con diversas análises en termos de bases de datos, anotación e OTU/ASV.
●Ampla experienciaCon miles de proxectos de secuenciación de amplicóns realizados anualmente, BMKGENE achega máis dunha década de experiencia, un equipo de análise altamente cualificado, contido completo e unha excelente asistencia posvenda.
Especificacións do servizo
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados |
| Amplicón | PacBio Revio | 10/30/50 000 etiquetas (CCS) |
Requisitos da mostra
| Concentración (ng/µL) | Cantidade total (µg) | Volume (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Entrega de mostras recomendada
Conxelar as mostras en nitróxeno líquido durante 3-4 horas e gardar en nitróxeno líquido ou a -80 graos para unha reserva a longo prazo. É necesario enviar as mostras con xeo seco.
Fluxo de traballo do servizo
Entrega de mostras
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Inclúe a seguinte análise:
●Control da calidade dos datos brutos
●Agrupación/eliminación de ruído de OTU (ASV)
●Anotación da OTU
●Análise de diversidade alfa: múltiples índices, incluíndo Shannon, Simpson e ACE.
●Análise de diversidade beta
●Análise intergrupal
●Análise de correlación: entre factores ambientais e composición e diversidade de OUT
●Predición do xene funcional 16S
Histograma da distribución taxonómica
Árbore filoxenética de distribución comunitaria
Análise de diversidade alfa: ACE
índice
Análise de diversidade beta: PCoA
Análise intergrupos: ANOVA
Explora os avances facilitados polos servizos de secuenciación de amplicóns de BMKGene con PacBio a través dunha colección comisariada de publicacións.
Gao, X. e Wang, H. (2023) «Análise comparativa dos perfís e funcións bacterianas do rume durante a adaptación a diferentes fenoloxías (reverdecemento vs. herba) en ovellas merinas alpinas con dúas etapas de crecemento nun prado alpino», Fermentation, 9(1), p. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) «Capturando a materia escura microbiana en solos desérticos mediante metaxenómica baseada na culturómica e análise de alta resolución», npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) «Efectos dos sales de ácidos graxos nas características da fermentación, a diversidade bacteriana e a estabilidade aeróbica da ensilaxe mixta preparada con alfalfa, palla de arroz e farelo de trigo», Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pp. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) «A interacción entre os biomarcadores de estrés oxidativo e a microbiota intestinal nos efectos antioxidantes dos extractos de Sonchus brachyotus DC. no estrés oxidativo intestinal inducido por oxazolona en peixes cebra adultos», Antioxidants 2023, Vol. 12, Páxina 192, 12(1), páx. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
