Ensaio para a cromatina accesible por transposase con secuenciación de alto rendemento (ATAC-seq)
Características do servizo
● O servizo require mostras de tecido, en lugar de ácidos nucleicos extraídos, para conservar as interaccións ADN-proteína.
● O método ATAC inclúe a disociación de tecidos, seguida do illamento de núcleos, tratamento e purificación de Tn5, amplificación por PCR, selección de tamaño e secuenciación.
● Secuenciación en Illumina NovaSeq
Vantaxes do servizo
●Alta sensibilidade:Unha baixa cantidade de células iniciais é suficiente para a preparación e secuenciación da biblioteca.
●Técnica altamente informativa: revela simultaneamente as localizacións xenómicas da cromatina aberta e os elementos reguladores activos, como os sitios de unión dos factores de transcrición.
●Boa reproducibilidade experimental: as réplicas técnicas mostran unha excelente repetibilidade.
●Ampla experienciaCon centos de proxectos de secuenciación ATAC completados con éxito, BMKGENE achega máis dunha década de experiencia, un equipo de análise altamente cualificado, contido completo e unha excelente asistencia posvenda.
●Posibilidade de unirse coa análise transcriptómica: permitindo a análise integrada da secuenciación de ATAC con outros datos ómicos como a secuenciación de ARN.
● Análise bioinformática exhaustiva: permitindo non só a identificación das rexións abertas da cromatina e a súa funcionalidade correspondente (promotores, UTs, exóns, intróns) senón tamén a análise das diferenzas entre as rexións abertas da cromatina entre mostras.
Especificacións do servizo
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Saída de datos recomendada | Control de calidade |
| Sec. ATAC | Illumina PE150 | > 20 millóns de lecturas Dependendo do tamaño do xenoma (Humano: 50 M lecturas) | Q30≥85% |
Requisitos da mostra
Tipo de mostras: Tecidos, células vivas ou conxeladas, sangue
● Número de celas: ≥ 106células
● Peso do tecido: ≥ 200 mg de tecido fresco
● Sangue: ≥ 4 mL
Fluxo de traballo do servizo
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Extracción de ADN
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Inclúe a seguinte análise:
● Control de calidade dos datos brutos;
● Chamada de picos baseada na correspondencia co xenoma de referencia;
● Anotación xénica na localización do pico;
● Análise de motivos: identificación de sitios de unión de factores de transcrición (TFBS);
● Análise e anotación de picos diferenciais.
1. Mapa de calor na distribución de lecturas de ATAC en TSS e rexións adxacentes (±3 kb)
2. Distribución da rexión aberta da cromatina en diferentes compoñentes do xenoma
3. Chamada de pico diferencial entre grupos
Explora os avances na investigación facilitados polos servizos de secuenciación ATAC de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Fu, A.e outros.(2023) «O ensamblaxe xenómica telómero a telómero do melón amargo (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) revela as características xenéticas do desenvolvemento, a composición e a maduración do froito».Investigación en Horticultura, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.e outros.(2023) «Activación epixenética e transcricional da quinase secretora FAM20C como oncoxene no glioma».Revista de Xenética e Xenómica, 50(6), páxinas 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
El, Y.e outros.(2023) «O butirato inverte a resistencia á ferroptose no cancro colorrectal ao inducir a supresión da xCT dependente de c-Fos».Bioloxía redox, 65, páx. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
