BMKMANU S3000_Transcriptoma espacial
Esquema técnico do transcriptoma espacial BMKMANU S3000
Características
- Resolución: 3,5 µM
- Diámetro do punto: 2,5 µM
- Número de prazas: arredor de 4,2 millóns
- 3 formatos de área de captura posibles: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ou 15 mm * 20 mm
- Tinción de seccións con H&E e fluorescencia
- Posibilidade de empregar a tecnoloxía de segmentación celular: integración da tinguidura con H&E, a tinguidura fluorescente e a secuenciación do ARN para determinar o límite de cada célula. Procesamento posterior. Análise de perfís espaciais baseada na clasificación celular.
- Posibilidade de lograr unha análise de resolución multinivel: análise multinivel flexible que vai de 100 µm a 3,5 µm para resolver diversas características dos tecidos cunha resolución óptima.
Vantaxes de BMKMANU S3000
- Resolución subcelular:Levando a nunha maior detección de xenes e UMI por células, unha mellor agrupación e, en xeral, detalles máis finos que coinciden coa estrutura dos tecidos.
-Análise de resolución multinivel:Análise flexible multinivel que abrangue desde 100 μm ata 5 μm para resolver diversas características dos tecidos cunha resolución óptima.
-Posibilidade de usar a tecnoloxía de segmentación de celas "Tres nunha diapositiva":Ao combinar a tinguidura de fluorescencia, a tinguidura de H&E e a secuenciación de ARN nunha soa lámina, o noso algoritmo de análise "tres en un" permite a identificación dos límites celulares para a posterior transcriptómica baseada en células.
-Compatible con múltiples plataformas de secuenciaciónDispoñibles de ambas as opcións, NGS e secuenciación de lectura longa.
-Deseño flexible de 1 a 8 áreas de captura activasO tamaño da área de captura é flexible, sendo posible usar 3 formatos.
-Servizo integralDesde a crioselección ata a análise bioinformática, ofrecemos unha solución integral.
-Bioinformática completa e visualización de resultados sinxela para o usuario:O paquete inclúe 29 análises e máis de 100 figuras de alta calidade, combinadas co uso de software desenvolvido internamente para visualizar e personalizar a división celular e a agrupación puntual.
-Equipo técnico altamente cualificadoTemos experiencia en máis de 250 tipos de tecidos e máis de 100 especies, incluíndo humanos, ratos, mamíferos, peixes e plantas.
-Actualizacións en tempo real de todo o proxectoCon control total do progreso experimental.
-Análise conxunta opcional con secuenciación de ARNm unicelular
Especificacións do servizo
| Requisitos da mostra | Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| mostras crioxénicas incrustadas en OCT (Diámetro óptimo: aprox. 6×6×6 mm³) 2 bloques por mostra 1 para experimento, 1 para copia de seguridade | Biblioteca de ADNc S3000 | Illumina PE150 | 160 000 lecturas PE por cada 100 μM (250 Gb) | RIN > 7 |
Para obter máis detalles sobre a orientación para a preparación de mostras e o fluxo de traballo do servizo, non dubide en falar cunExperto en BMKGENE
Fluxo de traballo do servizo
Na fase de preparación da mostra, realízase unha proba inicial de extracción de ARN a granel para garantir que se poida obter un ARN de alta calidade. Na fase de optimización de tecidos, as seccións tínguense e visualízanse e optimízanse as condicións de permeabilización para a liberación do ARNm do tecido. O protocolo optimizado aplícase entón durante a construción da biblioteca, seguida da secuenciación e a análise de datos.
O fluxo de traballo completo do servizo implica actualizacións en tempo real e confirmacións dos clientes para manter un ciclo de retroalimentación con resposta, garantindo unha execución sen problemas do proxecto.
Os datos xerados por BMKMANU S3000 analízanse mediante o software “BSTMatrix”, deseñado de forma independente por BMKGENE, xerando unha matriz de expresión xénica a nivel celular e con resolución multinivel. A partir de aí, xérase un informe estándar que inclúe o control de calidade dos datos, a análise interna da mostra e a análise intergrupos.
- Control de calidade dos datos:
- Saída de datos e distribución da puntuación de calidade
- Detección de xenes por mancha
- Cobertura de tecidos
- Análise da mostra interna:
- Riqueza xénica
- Agrupación puntual, incluíndo análise de dimensión reducida
- Análise de expresión diferencial entre clústeres: identificación de xenes marcadores
- Anotación funcional e enriquecemento de xenes marcadores
- Análise intergrupal
- Recombinación de manchas de ambas as mostras (por exemplo, enfermas e de control) e re-agrupación
- Identificación de xenes marcadores para cada grupo
- Anotación funcional e enriquecemento de xenes marcadores
- Expresión diferencial do mesmo clúster entre grupos
Ademais, o "BSTViewer" desenvolvido por BMKGene é unha ferramenta fácil de usar que permite ao usuario visualizar a expresión xénica e a agrupación puntual en diferentes resolucións.
BMKGene ofrece servizos de creación de perfís espaciais cunha resolución precisa dunha soa célula (baseada en compartimentos de celas ou compartimentos cadrados multinivel de 100 µm a 3,5 µm).
Os datos de perfís espaciais das seccións de tecido na lámina S3000 tiveron un bo rendemento como se indica a continuación.
Estudo de caso 1: Cerebro de rato
A análise dunha sección de cerebro de rato con S3000 deu lugar á identificación de ~94 000 células, cunha secuenciación media de ~2000 xenes por célula. A resolución mellorada de 3,5 uM deu lugar a unha agrupación moi detallada das células baseada en patróns transcricionais, cos grupos de células imitando as estruturas diferenciadas do cerebro. Isto obsérvase facilmente visualizando a distribución das células agrupadas como oligodendrocitos e células microglíticas, que se atopan case exclusivamente na substancia gris e branca, respectivamente.
Estudo de caso 2: Embrión de rato
A análise dunha sección de embrión de rato con S3000 deu lugar á identificación de ~2200 000 células, cunha secuenciación media de ~1600 xenes por célula. A resolución mellorada de 3,5 uM deu lugar a unha agrupación moi detallada das células baseada en patróns transcricionais, con 12 grupos na área do ollo e 28 grupos na área do cerebro.
Análise de mostra interna Agrupación de celas:
Identificación e distribución espacial de xenes marcadores:
- maior resolución subcelular: en comparación coa lámina S1000, cada área de captura de S3000 contiña >4 millóns de manchas con código de barras espaciais cun diámetro de 2,5 µm e unha distancia de 3,5 µm entre os centros das manchas, o que permite a análise do transcriptoma espacial cunha maior resolución subcelular (cadrado: 3,5 µm).
- Maior eficiencia de captura: en comparación coa diapositiva S1000, o aumento da Median_UMI do 30 % ao 70 % e o aumento da Median_Gene do 30 % ao 60 %
Esquema do chip S1000:
Esquema do chip S3000:
