Xenómica comparada
Vantaxes do servizo
●Ampla experiencia e rexistros de publicaciónsCos datos acumulados, BMKGene completou máis de 90 proxectos de xenómica comparativa, cun factor de impacto acumulado que chegou a 900.
●Análise bioinformática exhaustivaO paquete de análises contén as oito análises máis requiridas, proporcionando cifras ben deseñadas e listas para publicar, e permitindo unha interpretación sinxela dos resultados.
●Equipo bioinformático altamente cualificado e ciclo de análise curtoCon gran experiencia en análises xenómicas comparativas, o equipo de BMKGene cumpre con diversas demandas de análises personalizadas nun curto prazo de resposta.
●Soporte posvenda:O noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Especificacións do servizo
| Tempo de resposta estimado | Número de especies | Análises |
| 30 días hábiles | 6 - 12 | Agrupación de familias de xenes Expansión e contracción da familia xénica Construción de árbores filoxenéticas Estimación do tempo de diverxencia (requírese calibración fósil) Tempo de inserción LTR (para plantas) Duplicación do xenoma completo (para plantas) Presión selectiva Análise de sintenia |
Análises bioinformáticas
● Familia de xenes
● Filoxenética
● Tempo de diverxencia
● Presión selectiva
● Análise de sintenia
Requisitos e entrega da mostra
Requisitos da mostra:
Tecido ou ADN para a secuenciación e ensamblaxe do xenoma
Para tecidos
| Especies | Tecido | Enquisa | Pacbio CCS |
| Animal | tecido visceral | ≥ 0,2 g | ≥ 1 g |
| tecido muscular | |||
| Sangue de mamíferos | ≥ 0,3 mL | ≥ 1 mL | |
| Sangue de aves/peixe | ≥ 0,05 mL | ≥ 0,1 mL | |
| Insecto | ≥ 0,2 g | ≥ 1 g | |
| Planta | Folla fresca | ≥ 0,5 g | ≥ 2 g |
| Organismo acuático | tecido muscular | ≥ 0,3 g | ≥ 1,5 g |
| Algas | ≥ 0,5 g | ≥ 3,0 g | |
| Células | Células cultivadas | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 |
Datos
Ficheiros de secuencias xenómicas (.fasta) e ficheiros de anotacións (.gff3) de especies estreitamente relacionadas
Fluxo de traballo do servizo
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
*Os resultados da demostración que se mostran aquí proceden de xenomas publicados con Biomarker Technologies
1. Estimación do tempo de inserción LTR: A figura mostra unha distribución bimodal única nos tempos de inserción LTR-RT no xenoma do centeo Weining, en comparación con outras especies. O pico máis recente apareceu hai uns 0,5 millóns de anos.
Li Guang e outrosXenética da natureza, 2021
2. Análise de filoxenia e familia xénica no chaiote (Sechium edule): Ao analizar o chaiote e as outras 13 especies relacionadas da familia xénica, descubriuse que o chaiote está estreitamente relacionado coa cabaza serpente (Trichosanthes anguina). O chaiote derivou da cabaza serpente hai uns 27-45 millóns de anos e observouse unha duplicación do xenoma completo (WGD) no chaiote hai 25±4 millóns de anos, que é o terceiro evento WGD en cucuibitaceae.
Fu A et al.Investigación en Horticultura, 2021
3. Análise de sintenia: Atopáronse algúns xenes relacionados coas fitohormonas no desenvolvemento do froito no chaiote, na cabaza e na cabaza. A correlación entre o chaiote e a cabaza é lixeiramente maior que a que existe entre o chaiote e a cabaza.
Fu A et al.Investigación en Horticultura, 2021
4. Análise de familias de xenes: o enriquecemento KEGG na expansión e contracción de familias de xenes nos xenomas de G. thurberi e G. davidsonii mostrou que os xenes relacionados coa biosíntese de esteroides e coa biosíntese de brassinoesteroides estaban expandidos.
Yang Z e outrosBioloxía BMC, 2021
5. Análise de duplicación do xenoma completo: a análise da distribución de 4DTV e Ks mostrou un evento de duplicación do xenoma completo. Os picos intraespecie mostraron eventos de duplicación. Os picos interespecie mostraron eventos de especiación. A análise indicou que, en comparación coas outras tres especies estreitamente relacionadas, O. europaea sufriu unha duplicación xénica a grande escala máis recentemente.
Rao G e outrosInvestigación en Horticultura, 2021
Caso BMK
Rosa sen espiñas: coñecementos xenómicos relacionados coa adaptación á humidade
Publicado: Revista Nacional de Ciencia, 2021
Estratexia de secuenciación:
De BasyeSen espiñas(R.)Wichurainan) xenoma:
Aproximadamente 93 x PacBio + aproximadamente 90 x Nanopore + 267 x Illumina
Resultados clave
1. Construíuse un xenoma de alta calidade de R.wichuraiana empregando técnicas de secuenciación de lectura longa, que producen un ensamblaxe de 530,07 Mb (o tamaño estimado do xenoma foi de aproximadamente 525,9 Mb por citometría de fluxo e 525,5 por estudo do xenoma; a heterocigosidade foi de arredor do 1,03%). A puntuación estimada por BUSCO foi do 93,9%. En comparación con "Old blush" (haploOB), a calidade e a integridade deste xenoma confirmáronse pola precisión dunha soa base e o índice de ensamblaxe LTR (LAI = 20,03). O xenoma de R.wichuraiana contén 32.674 xenes codificantes de proteínas.
2. A análise conxunta multiómica, que consistiu en xenómica comparativa, transcriptómica e análise QTL da poboación xenética, revelou a especiación crucial entre R. wichuraiana e Rosa chinensis. Ademais, a variación na expresión de xenes relacionados no QTL probablemente estaba asociada co patrón de espiñas do talo.
A análise xenómica comparativa entre *Basye's Thornless* e *Rosa chinensis*, incluíndo a análise de sintenia, a agrupación de xenes na familia das rosas, e a análise de expansión e contracción, revelou un gran número de variacións relacionadas con características cruciais nas rosas. É moi probable que a expansión única na familia de xenes NAC e FAR1/FRS estea asociada á resistencia á mancha negra.
Análise xenómica comparativa entre os xenomas de BT e haploOB.
Zhong, M., et al. “Rosa sen espiñas: coñecementos xenómicos relacionados coa adaptación á humidade”Revista Nacional de Ciencia, 2021;, nwab092.
