Secuenciación de ARNm de lonxitude completa -PacBio
Características
● Síntese de ADNc a partir de ARNm de poli-A seguida de preparación da biblioteca
● Secuenciación en modo CCS, xerando lecturas HiFi
● Secuenciación das transcricións completas
● A análise non require un xenoma de referencia; non obstante, pódese empregar
● A análise bioinformática permite a análise de transcritos, isoformas de ARN non codificante, fusións xénicas, poliadenilación e estrutura xénica.
Vantaxes do servizo
●Alta precisiónLecturas de alta fidelidade cunha precisión >99,9 % (Q30), comparable a NGS
● Análise de empalme alternativo: a secuenciación dos transcritos completos permite a identificación e caracterización das isoformas
●Ampla experienciaCun historial de máis de 1100 proxectos de transcriptomas completos de PacBio e procesamento de máis de 2300 mostras, o noso equipo achega unha ampla experiencia a cada proxecto.
●Soporte posvendaO noso compromiso esténdese máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos e entrega da mostra
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Biblioteca CCS de ARNm enriquecida con PolyA | Secuela II de PacBio PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Requisitos da mostra:
Nucleótidos:
● Plantas:
Raíz, talo ou pétalo: 450 mg
Folla ou semente: 300 mg
Froita: 1,2 g
● Animais:
Corazón ou intestino: 300 mg
Vísceras ou cerebro: 240 mg
Músculo: 450 mg
Ósos, cabelo ou pel: 1 g
● Artrópodos:
Insectos: 6 g
Crustáceos: 300 mg
● Sangue enteiro1 tubo
● Células: 106 células
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN mostrada no xel. | Para plantas: RIN≥7,5; Para animais: RIN ≥ 8,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; elevación da liña base limitada ou nula |
Entrega de mostras recomendada
Contedor: Tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda o uso de papel de aluminio)
Etiquetado de mostra: Agrupar+replicar, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben embalarse en bolsas e soterrarse en xeo seco.
2. Tubos ARN estables: as mostras de ARN pódense secar en tubos de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviar a temperatura ambiente.
Fluxo de traballo do servizo
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Extracción de ARN
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Inclúe a seguinte análise:
● Control de calidade dos datos brutos
● Análise de poliadenilación alternativa (APA)
● Análise de transcricións de fusión
● Análise de empalme alternativo
● Análise comparativa de ortólogos universais de copia única (BUSCO)
● Análise de transcritos innovadora: predición de secuencias codificantes (CDS) e anotación funcional
● Análise de ARNlnc: predición de ARNlnc e dianas
● Identificación de microsatélites (SSR)
Análise BUSCO
Análise de empalme alternativo
Análise de poliadenilación alternativa (APA)
Anotación funcional de novas transcricións
Explora os avances facilitados polos servizos de secuenciación de ARNm de lonxitude completa Nanopore de BMKGene nesta publicación destacada.
Ma, Y. et al. (2023) «Análise comparativa dos métodos de secuenciación de ARN de PacBio e ONT para a identificación do veleno de Nemopilema Nomurai», Genomics, 115(6), páx. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) «A dinámica do desenvolvemento do transcriptoma do talo de Populus», Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) «Cambios dinámicos no contido de ácido ascórbico durante o desenvolvemento e a maduración da froita de Actinidia latifolia (un cultivo de froita rico en ascorbato) e os mecanismos moleculares asociados», International Journal of Molecular Sciences, 23(10), páx. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) «Predición eficaz dos xenes das vías biosintéticas implicados nas polifilinas bioactivas en Paris polyphylla», Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) «Análise combinada de PacBio Iso-Seq e Illumina RNA-Seq do transcriptoma de Tuta absoluta (Meyrick) e dos xenes do citocromo P450», Insects, 14(4), páx. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) «Un estudo da complexidade do transcriptoma usando a análise en tempo real dunha soa molécula de PacBio combinada coa secuenciación de ARN de Illumina para unha mellor comprensión da biosíntese do ácido ricinoleico en Ricinus communis», BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
