BMKCloud Log in
条形banner-03

Produtos

Secuenciación de ADN/ARN -PacBio Sequencer

A plataforma de secuenciación PacBio é unha plataforma de secuenciación de lectura longa, que tamén se coñece como unha das tecnoloxías de secuenciación de terceira xeración (TGS).A tecnoloxía principal, en tempo real dunha soa molécula (SMRT), permite a xeración de lecturas con decenas de quilo-base de lonxitude.En base á "Secuenciación por síntese", a resolución dun único nucleótido conséguese mediante unha guía de ondas de modo cero (ZMW), onde só se ilumina un volume limitado na parte inferior (sitio de síntese de moléculas).Ademais, a secuenciación SMRT evita en gran medida o sesgo específico da secuencia no sistema NGS, xa que a maioría dos pasos de amplificación da PCR non son necesarios no proceso de construción da biblioteca.

 

Plataforma: Sequel II, Revio


Detalles do servizo

Resultados da demostración

características

Dous modos de secuenciación no secuenciador PacBio: lectura longa continua (CLR) e lectura de consenso circular (CCS)

Modo de secuenciación Tamaño da biblioteca Datos teóricosRendemento (por cela) Base únicaPrecisión Aplicacións
CLR 20 Kb, 30 Kb, etc. 80 Gb a 130 Gb Aprox.85 % De novo, chamadas SV, etc.
CCS 15-20 Kb

De 14 a 40 Gb/célula (Sequel II)

70 a 110 Gb/celular (Revio)

Depende das mostras

Aprox.99 % De novo, chamada SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

Comparación do rendemento e características de Revio e Sequel II

Termos

Sistema Sequel II

Sistema Revio

Aumentar

Maior densidade

8 millóns de ZMW

25 millóns de ZMW

3x

Etapas independentes

1

4

4x

Tempos de execución máis curtos

30 horas

24 horas

1,25x

30X xenomas humanos HiFi/ano

88

1.300

15 veces en xeral

Vantaxes do servizo

● Máis de 8 anos de experiencia na plataforma de secuenciación PacBio con miles de proxectos pechados con varias especies.

● Totalmente equipado coas últimas plataformas de secuenciación PacBio, Revio para garantir un rendemento de secuenciación suficiente.

● Tempo de entrega máis rápido, maior rendemento de datos e datos máis precisos.

● Contribuíu en centos de publicacións de alto impacto baseadas en PacBio.

Requisitos de mostra


Tipo de mostra Cantidade Concentración (Qubit®) Volume Pureza Outros
ADN xenómico Depende da esixencia de datos ≥50 ng/μl ≥15 μl OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230 = 1,8-2,5;
Pico claro a 260 nm,sen contaminacións
A concentración debe medirse por Qubit e Qubit/Nanopore = 0,8-2,5
ARN total ≥1,2 μg ≥120 ng/μl ≥15 μl OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230 = 0,5-2,5;sen contaminacións

Valor RIN ≥7,5

5≥28S/18S≥1

 

Fluxo de traballo do servizo

preparación da mostra

Preparación da mostra

Preparación da biblioteca

Construción da biblioteca

Secuenciación

Secuenciación

Análise de datos

Análise de datos

QC de mostra

Entrega do proxecto


  • Anterior:
  • Seguinte:

  • 1.Rendemento de datos interno

    Datos xerados a partir de 63 células CCS (de 26 especies)

    DATOS-PacBio-CCS-15 Kb Media Máx Min Mediana
    Rendemento: sublecturas (Gb) 421.12 544,27 221,38 426,58
    Producido - CCS (Gb) 25.93 38,59 10.86 25.43
    Polimerase N50 145.651 175.430 118.118 144.689
    Sublecturas N50 17.509 23.924 12.485 17.584
    CCS N50 14.490 19.034 9.876 14.747
    Lonxitude media-Polimerase 67.995 89.379 49.664 66.433
    Lonxitude media-Subpans 15.866 21.036 11.657 16.012
    Lonxitude media-CCS 14.489 19.074 8.575 14.655

    Datos xerados a partir de 16 células CLR (de 76 especies)

    DATOS-PacBio-CLR-30Kb Media Máx Min Mediana
    Rendemento: sublecturas (Gb) 142,20 291,40 50,55 142,49
    Polimerase N50 39.456 121.191 15.389 35.231
    Sublecturas N50 28.490 41.012 14.430 29.063
    Lonxitude media-Polimerase 22.063 48.886 8.747 21.555
    Lonxitude media-Subpans 17.720 27.225 8.293 17.779

    2.Data QC - DemoEstatística sobre o rendemento de datos

    Mostra

    ccs Lecturas Núm

    Bases totais de ccs (pb)

    Lecturas ccs N50 (bp)

    ccs Lonxitude media (bp)

    ccs lectura máis longa (bp)

    suble as bases (bp)

    taxa de ccs (%)

    PB_BMKxxx

    3.444.159

    54.164.122.586

    15.728

    15.726

    36.110

    863.326.330.465

    6.27

     

    obter unha cotización

    Escribe aquí a túa mensaxe e envíanolo

    Envíanos a túa mensaxe: