●Plataformas:Illumina NovaSeq 6000 e NovaSeq X Plus
●Modos de secuenciación:PE150 e PE250
●Control de calidade das bibliotecas antes da secuenciación
●Secuenciación de datos, control de calidade e entrega:entrega do informe de control de calidade e datos brutos en formato fastq despois da desmultiplexación e filtrado das lecturas Q30
●Versatilidade dos servizos de secuenciación:O cliente pode escoller secuenciar por carril, cela de fluxo ou por cantidade de datos requiridos (secuenciación de carril parcial).
●Ampla experiencia na plataforma de secuenciación Illumina:con miles de proxectos pechados con diversas especies.
●Entrega do informe de control de calidade da secuenciación:con métricas de calidade, precisión dos datos e rendemento xeral do proxecto de secuenciación.
●Proceso de secuenciación madura:cun curto tempo de resposta.
●Control de calidade rigorosoImplementamos uns requisitos de control de calidade estritos para garantir a entrega de resultados de alta calidade consistente.
| Plataforma | Célula de fluxo | Modo de secuenciación | Unidade | Produción estimada |
| NovaSeq X | 10B (8 carrís) | PE150 | Carril único Carril parcial | 375 Gb / Carril |
| 25B (8 carrís) | PE150 | Carril único Carril parcial | 1000 Gb/Carril | |
| NovaSeq 6000 | Cela de fluxo SP (2 carrís) | PE250 | Célula de fluxo Carril único Carril parcial | 325-400 M lecturas/carril |
| Cela de fluxo S4 (4 carrís) | PE150 | Célula de fluxo Carril único Carril parcial | ~800 Gb/Carril |
| Cantidade de datos (Gb) | Conc. (qPCR) PE150 | Conc. (qPCR) PE250 | Volume | |
| Carril parcial
| G ≤ 10 | ≥ 1 nM | ≥ 2nM | ≥ 25 μl |
| 10 < G ≤ 50 | ≥ 2 nM | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 < G ≤ 100 | ≥ 3 nM | ≥ 4nM | ≥ 25 μl | |
| G > 100 | ≥ 4 nM | ≥ 4nM | ≥ 25 μl | |
| Carril único | Por carril | ≥ 1,5 nM/conxunto de bibliotecas | ≥ 2 nM/Agrupación da biblioteca | ≥ 25 µL/conxunto de biblioteca |
Ademais da concentración e da cantidade total, tamén se require un patrón de picos axeitado.
Nota: A secuenciación de carriles de bibliotecas de baixa diversidade require a activación de PhiX para garantir unha chamada de base robusta.
Recomendamos enviar bibliotecas preagrupadas como mostras para a secuenciación de carriles. Se precisa que BMKGENE realice a agrupación de bibliotecas, consulte os requisitos da biblioteca para a secuenciación parcial de carriles.
Para a secuenciación PE150, o tamaño do inserto debe ser de 300–400 pb (excluíndo os adaptadores); para a secuenciación PE250, o tamaño do inserto debe ser de 150–500 pb (excluíndo os adaptadores).
As bibliotecas deben ter un único pico principal, sen contaminación do adaptador e sen dímeros de cebadores.
Ofrécese un informe sobre a calidade da biblioteca antes da secuenciación, avaliando a cantidade da biblioteca e a fragmentación.
Táboa 1. Estatísticas sobre os datos de secuenciación.
| ID da mostra | BMKID | Lecturas brutas | Datos brutos (pb) | Lecturas limpas (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14.717.867 | 4.415.360.100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37,08 |
Figura 1. Distribución da calidade ao longo das lecturas en cada mostra
Figura 2. Distribución do contido base
Figura 3. Distribución dos contidos lidos nos datos de secuenciación