Secuenciación de ARNm eucariota-NGS
Características
● Preparación opcional dunha biblioteca de ARNm direccional para permitir a obtención de datos de secuenciación específicos da cadea
● Diferentes análises de BI cobren todas as necesidades dos nosos clientes
Vantaxes
●Ampla experienciaProcesamos máis de 600.000 mostras, que abarcan diversos tipos de mostras, como cultivos celulares, tecidos e fluídos corporais. Aportamos a nosa ampla experiencia a cada proxecto.
●Control de calidade rigorosoImplementamos puntos de control básicos en todas as etapas, dende a preparación de mostras ata a preparación da biblioteca, a secuenciación e a bioinformática. A nosa monitorización meticulosa garante a entrega de resultados de alta calidade consistente.
●Anotación exhaustivaEmpregamos varias bases de datos para anotar funcionalmente os xenes expresados diferencialmente (DEG) e realizar as análises de enriquecemento correspondentes. Esta ampla abordaxe proporciona información sobre os procesos celulares e moleculares subxacentes á resposta do transcriptoma, garantindo que obteñas toda a información posible sobre os datos do teu experimento.
●Soporte posvendaEntendemos o importante que é estar presente, por iso o noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos e entrega da mostra
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Enriquecido con poli A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Requisitos da mostra:
Nucleótidos:
Requisitos mínimos de mostra:
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade | |
| Biblioteca estándar | ≥ 10 | ≥ 0,2 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN mostrada no xel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animais: RIN≥4,5; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; elevación da liña base limitada ou nula |
| Biblioteca direccional | ≥ 10 | ≥ 0,2 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN mostrada no xel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animais: RIN≥4,5; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; elevación da liña base limitada ou nula |
| Plantas | Animal | Artrópodos | Sangue enteiro | Células |
| Raíz, talo ou pétalo: 450 mg Folla ou semente: 300 mg Froita: 1,2 g | Corazón ou intestino: 300 mg Vísceras ou cerebro: 240 mg Músculo: 450 mg Ósos, cabelo ou pel: 1 g | Insectos: 6 g Crustáceos: 300 mg | 1 tubo | 106 celas |
Entrega de mostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda o uso de papel de aluminio)
Etiquetado de exemplo: Agrupar+replicar, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben embalarse en bolsas e soterrarse en xeo seco.
2. Tubos de mesa de ARN: as mostras de ARN pódense secar en tubos de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviar a temperatura ambiente.
Requisitos e entrega da mostra
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Extracción de ARN
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Bioinformática
Para mostras cun xenoma de referencia dispoñible, a análise BI é a seguinte:
ØControl de calidade dos datos brutos
ØAliñamento do xenoma de referencia
ØAnálise da estrutura da transcrición
ØCuantificación de expresións
ØAnálise de expresión diferencial
ØAnotación e enriquecemento de funcións
Para mostras sen xenoma de referencia, esta é a opción dispoñible:
• Control de calidade dos datos brutos
•Montaxe con optimización estrutural
•Análise de expresión diferencial
•Anotación e enriquecemento de funcións
Aliñamento do xenoma de referencia
Saturación de datos
Correlación de mostras e avaliación de réplicas biolóxicas
Xenes expresados diferencialmente (DEG)
Anotación funcional dos DEG
Enriquecemento funcional dos DEG
Explora os avances facilitados polos servizos de secuenciación de ARNm eucariota NGS de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Huang, L. et al. (2023) «O triclosán e o triclocarbano debilitan a capacidade olfactiva dos peixes dourados ao restrinxir o recoñecemento de cheiros, interromper a transdución de sinais olfactivos e perturbar o procesamento da información olfactiva».Investigación da auga, 233, páx. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) «Aspergillus fumigatus secuestra a p11 humana para redirixir os fagosomas que conteñen fungos a unha vía non degradativa».Célula hóspede e microbio, 31(3), páxinas 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) «Factores de transcrición TCP implicados no desenvolvemento dos brotes do bambú Ma (Dendrocalamus latiflorus Munro)»,Fronteiras na ciencia vexetal, 13, páx. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) «O xenoma de Chrysanthemum lavandulifolium e o mecanismo molecular subxacente aos diversos tipos de capitulum».Investigación en Horticultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) «Un nanorreactor en cascada para mellorar a terapia sonodinámica no cancro colorrectal mediante o aumento sinérxico de ROS e o bloqueo da autofaxia».Nano Hoxe, 49, páx. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
