Asemblea do xenoma de fungos de novo
BMKGENE ofrece solucións versátiles para xenomas de fungos, atendendo a diversas necesidades de investigación e á integridade desexada do xenoma. O uso unicamente da secuenciación Illumina de lectura curta permite a xeración dun borrador de xenoma. As lecturas curtas e a secuenciación de lectura longa usando Nanopore ou Pacbio combínanse para obter un xenoma de fungos máis refinado con contigs máis longos.
Características do servizo
Con dúas opcións posibles para elixir dependendo do grao de completitude do xenoma desexado:
● Opción de borrador de xenoma: secuenciación de lectura curta con Illumina NovaSeq PE150.
● Opción de xenoma fino de fungos:
Estudo do xenoma: Illumina NovaSeq PE150.
Ensamblaxe do xenoma: PacBio Revio (lecturas HiFi) ou Nanopore PromethION 48.
Vantaxes do servizo
●Múltiples estratexias de secuenciación dispoñiblesPara diferentes obxectivos de investigación e requisitos de integridade do xenoma
●Fluxo de traballo completo de bioinformática:Isto inclúe a ensamblaxe do xenoma e a predición de múltiples elementos xenómicos, a anotación de xenes funcionais e a ancoraxe de cóntigos.
●Ampla experienciaCon máis de 12 000 xenomas microbianos reunidos, achegamos máis dunha década de experiencia, un equipo de análise altamente cualificado, contido completo e unha excelente asistencia posvenda.
●Soporte posvenda:O noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Especificacións do servizo
| Servizo | Estratexia de secuenciación | Control de calidade |
| Borrador de xenoma | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Xenoma fino | Estudo do xenoma: Illumina PE150 50 x Montaxe: PacBio HiFi 30x ou Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio unicelular) contig N50 ≥2Mb (ONT unicelular) contig N50 ≥500 kb (Outros) |
Requisitos do servizo
| Concentración (ng/µL) | Cantidade total (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,6 |
| Nanoporo | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Ilumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Fungo unicelular: ≥3,5x1010 células
Macrofungo: ≥10 g
Fluxo de traballo do servizo
Entrega de mostras
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Inclúe a seguinte análise:
Estudo do xenoma:
- Control de calidade dos datos de secuenciación
- Estimación do xenoma: tamaño, heterocigosidade, elementos repetitivos
Ensamblaxe xenómica fina:
- Control de calidade dos datos de secuenciación
- De novoAsemblea
- Análise de compoñentes xenómicos: predición de CDS e múltiples elementos xenómicos
- Anotación funcional con múltiples bases de datos xerais (GO, KEGG, etc.) e bases de datos avanzadas (CARD, CAZy, etc.)
Estudo do xenoma: distribución de k-mer
Ensamblaxe do xenoma: anotación de xenes homólogos (base de datos NR)
Ensamblaxe do xenoma: anotación de xenes funcionais (GO)
Explora os avances facilitados polos servizos de ensamblaxe do xenoma fúnxico de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Hao, J. et al. (2023) «Perfil ómico integrado do cogomelo medicinal Inonotus obliquus en condicións mergulladas».Xenómica de BMC, 24(1), páxs. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) «A secuenciación do xenoma revela a evolución e os mecanismos patóxenos do patóxeno da mancha ocular afiada do trigo, Rhizoctonia cerealis»,O xornal de cultivos, 11 (2), páxinas 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) «Recursos xenómicos para catro especies de Clarireedia que causan a mancha de dólar en céspedes diversos»,Enfermidade das plantas, 107(3), páxs. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) «Evidencia xenética e molecular dun sistema de apareamento tetrapolar no cogomelo comestible Grifola frondosa»,Revista de fungos, 9(10), páx. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
