Análise de asociación a nivel xenómico
Fluxo de traballo
Vantaxes do servizo
●Ampla experiencia e rexistros de publicaciónsCoa experiencia acumulada en GWAS, BMKGene completou centos de proxectos de especies na investigación de GWAS de poboacións, axudou aos investigadores a publicar máis de 100 artigos e o factor de impacto acumulado alcanzou os 500.
● Análise bioinformática exhaustiva: o fluxo de traballo inclúe a análise de asociación SNP-trait, proporcionando un conxunto de xenes candidatos e a súa correspondente anotación funcional.
●Equipo bioinformático altamente cualificado e ciclo de análise curtoCon ampla experiencia en análises xenómicas avanzadas, o equipo de BMKGene ofrece análises exhaustivas cun prazo de resposta rápido.
●Soporte posvenda:O noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Especificacións e requisitos do servizo
| Tipo de secuenciación | Escala de poboación recomendada | Estratexia de secuenciación | Requisitos de nucleótidos |
| Secuenciación do xenoma completo | 200 mostras | 10x | Concentración: ≥ 1 ng/µL Cantidade total ≥ 30 ng Degradación ou contaminación limitada ou nula |
| Fragmento amplificado de locus específico (SLAF) | Profundidade da etiqueta: 10x Número de etiquetas: < 400 Mb: recoméndase WGS < 1 Gb: 100 000 etiquetas 1 Gb > 2 Gb: 300.000 etiquetas Máximo 500.000 etiquetas | Concentración ≥ 5 ng/µL Cantidade total ≥ 80 ng Xel de agarosa: sen ou limitada degradación ou contaminación
|
Selección de materiais
Diferentes variedades, subespecies, variedades autóctonas/bancos de xenes/familias mixtas/recursos silvestres
Diferentes variedades, subespecies, variedades autóctonas
Familia de medio irmán/familia de irmáns completos/recursos salvaxes
Fluxo de traballo do servizo
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Extracción de ARN
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Inclúe a seguinte análise:
- Análise de asociación a nivel xenómico: modelo LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Anotación funcional de xenes candidatos
Análise de asociación SNP-trazo: diagrama de Manhattan
Análise de asociación SNP-trazo: diagrama QQ
Explora os avances facilitados polos servizos de GWAS de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións:
Lv, L. et al. (2023) «Información sobre a base xenética da tolerancia ao amoníaco na navalla Sinonovacula constricta mediante un estudo de asociación xenómica completa».Acuicultura, 569, páx. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) «As análises multiómicas de 398 accesións de millo de rabo de raposo revelan rexións xenómicas asociadas coa domesticación, trazos metabolitos e efectos antiinflamatorios».Planta molecular, 15 (8), páxinas 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) «Mapeo de asociación a nivel xenómico de fenotipos sen casca en ambientes de seca».Fronteiras na ciencia vexetal, 13, páx. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) «GmST1, que codifica unha sulfotransferase, confire resistencia ás cepas G2 e G3 do virus do mosaico da soia»,Planta, célula e medio ambiente, 44(8), páxinas 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
