-
Secuenciación do xenoma de novo de plantas/animais
De novoA secuenciación refírese á construción do xenoma completo dunha especie mediante tecnoloxías de secuenciación, por exemplo, PacBio, Nanopore, NGS, etc., en ausencia dun xenoma de referencia.A notable mellora na lonxitude de lectura das tecnoloxías de secuenciación de terceira xeración trouxo novas oportunidades na ensamblaxe de xenomas complexos, como aqueles con alta heterocigosidade, alta proporción de rexións repetitivas, poliploides, etc. Con lonxitude de lectura a nivel de decenas de quilobases, estas lecturas de secuenciación permiten resolución de elementos repetitivos, rexións con contidos anormais de GC e outras rexións moi complexas.
Plataforma: PacBio Sequel II/Nanopore PromethION P48/Illumina NovaSeq6000
-
Asemblea xenómica baseada en Hi-C
Hi-C é un método deseñado para capturar a configuración cromosómica combinando interaccións de sondaxe baseadas na proximidade e secuenciación de alto rendemento.Crese que a intensidade destas interaccións está correlacionada negativamente coa distancia física nos cromosomas.Polo tanto, os datos de Hi-C poderían guiar a agrupación, ordenación e orientación de secuencias ensambladas nun xenoma borrador e ancoralas nun determinado número de cromosomas.Esta tecnoloxía permite un ensamblaxe de xenomas a nivel cromosómico en ausencia dun mapa xenético baseado na poboación.Cada xenoma necesita un Hi-C.
Plataforma: Illumina NovaSeq6000/DNBSEQ
-
Xenética evolutiva
A xenética evolutiva é un servizo de secuenciación completo deseñado para ofrecer unha interpretación completa da información evolutiva de determinados materiais baseada en variacións xenéticas, incluíndo SNP, InDels, SV e CNV.Ofrece todas as análises fundamentais necesarias para describir os cambios evolutivos e as características xenéticas das poboacións, como a estrutura da poboación, a diversidade xenética, as relacións filoxenéticas, etc. Tamén contén estudos sobre o fluxo xenético, o que permite estimar o tamaño efectivo da poboación e o tempo de diverxencia.
-
Xenómica comparada
A xenómica comparada significa literalmente comparar as secuencias e estruturas xenómicas completas de diferentes especies.Esta disciplina ten como obxectivo revelar a evolución das especies, a función dos xenes, o mecanismo regulador dos xenes a nivel do xenoma identificando as estruturas de secuencias e os elementos que se conservaron ou se diferenciaron en diferentes especies.O estudo típico de xenómica comparativa inclúe análises en familia de xenes, desenvolvemento evolutivo, duplicación do xenoma completo, presión selectiva, etc.
-
Análise de segregación masiva
A análise de segregantes masivos (BSA) é unha técnica empregada para identificar rapidamente os marcadores xenéticos asociados ao fenotipo.O fluxo de traballo principal de BSA contén seleccionar dous grupos de individuos con fenotipos extremadamente opostos, agrupando o ADN de todos os individuos para formar dúas masas de ADN, identificando secuencias diferenciais entre dúas agrupacións.Esta técnica empregouse de forma extensiva na identificación de marcadores xenéticos fortemente asociados por xenes dirixidos en xenomas de plantas/animais.
