Interacción da cromatina baseada en Hi-C
Características do servizo
● Secuenciación en Illumina NovaSeq con PE150.
● O servizo require mostras de tecido, en lugar de ácidos nucleicos extraídos, para que se entrelacen con formaldehido e conserven as interaccións ADN-proteína.
● O experimento Hi-C implica a restrición e a reparación dos extremos adhesivos con biotina, seguida da circularización dos extremos romos resultantes, preservando as interaccións. Despois, o ADN é eliminado con perlas de estreptavidina e purificado para a posterior preparación da biblioteca.
Vantaxes do servizo
●Deseño óptimo de encimas de restriciónpara garantir unha alta eficiencia Hi-C en diferentes especies con ata un 93 % de pares de interacción válidos.
●Ampla experiencia e rexistros de publicacións:BMKGene ten unha ampla experiencia con máis de 2000 proxectos de secuenciación Hi-C de 800 especies diferentes e varias patentes. Máis de 100 casos publicados cun factor de impacto acumulado de máis de 900.
●Equipo de bioinformática altamente cualificado:con patentes e dereitos de autor de software internos para experimentos e análise de datos de alta potencia (Hi-C) e un software de visualización de datos de desenvolvemento propio.
●Soporte posvenda:O noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
●Anotación exhaustivaEmpregamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente os xenes con variacións identificadas e realizar a análise de enriquecemento correspondente, o que proporciona información sobre múltiples proxectos de investigación.
Especificacións do servizo
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Saída de datos recomendada | Resolución de sinal Hi-C |
| Biblioteca Hi-C | Illumina PE150 | Bucle de cromatina: 150x TAD: 50x | Bucle de cromatina: 10 Kb TAD: 40 Kb |
Requisitos do servizo
| Tipo de mostra | Cantidade requirida |
| tecido animal | ≥2 g |
| Sangue enteiro | ≥2 ml |
| Fungos | ≥1g |
| tecido vexetal novo | 1 g/alícuota, recoméndanse de 2 a 4 alícuotas |
| Células cultivadas | ≥1x107 |
Inclúe a seguinte análise:
● Control de calidade de datos brutos;
● Mapeo e control de calidade da biblioteca Hi-C: pares de interacción válidos e expoñentes de decaemento da interacción (IDE);
● Perfil de interacción a nivel xenómico: análise cis/trans e mapa de interacción Hi-C;
● Análise da distribución dos compartimentos A/B;
● Identificación de TAD e bucles de cromatina;
● Análise diferencial de elementos da estrutura da cromatina en 3D entre mostras e anotación funcional correspondente dos xenes asociados.
Distribución de proporcións cis e trans
Mapa de calor das interaccións cromosómicas entre mostras
Distribución xenómica dos compartimentos A/B
Distribución xenómica de bucles de cromatina
Visualización de TADs
Explora os avances na investigación facilitados polos servizos de secuenciación Hi-C de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Meng, T. et al. (2021) «Unha análise multiómica integrada comparativa identifica o CA2 como un novo obxectivo para o cordoma».Neurooncoloxía, 23(10), páxinas 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) «A desorganización e o rearranxo en 3D do xenoma proporcionan información sobre a patoxénese da NAFLD mediante a secuenciación integrada de Hi-C, nanoporos e ARN».Acta Farmacéutica Sínica B, 11(10), páxinas 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
