Ensamblaxe xenómica baseada en Hi-C
O Hi-C é un método deseñado para capturar a configuración cromosómica combinando as interaccións baseadas na proximidade e a secuenciación de alto rendemento. Crese que a intensidade destas interaccións está correlacionada negativamente coa distancia física nos cromosomas. Polo tanto, os datos de Hi-C utilízanse para guiar a agrupación, ordenación e orientación das secuencias ensambladas nun borrador de xenoma e ancoralas nun certo número de cromosomas. Esta tecnoloxía permite unha ensamblaxe de xenomas a nivel cromosómico en ausencia dun mapa xenético baseado na poboación. Cada xenoma necesita un Hi-C.
Características do servizo
● Secuenciación en Illumina NovaSeq con PE150.
● O servizo require mostras de tecido, en lugar de ácidos nucleicos extraídos, para que se entrelacen con formaldehido e conserven as interaccións ADN-proteína.
● O experimento Hi-C implica a restrición e a reparación dos extremos adhesivos con biotina, seguida da circularización dos extremos romos resultantes, preservando as interaccións. Despois, o ADN é eliminado con perlas de estreptavidina e purificado para a posterior preparación da biblioteca.
Vantaxes do servizo
Visión xeral de Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Ciencia, 2009)
●Eliminando a necesidade de datos xenéticos de poboación:Hi-C substitúe a información esencial necesaria para a ancoraxe de contigs.
●Alta densidade de marcadores:levando a unha alta taxa de ancoraxe de contig superior ao 90 %.
●Ampla experiencia e rexistros de publicacións:BMKGene ten unha ampla experiencia con máis de 2000 casos de ensamblaxe de xenomas Hi-C de 1000 especies diferentes e varias patentes. Máis de 200 casos publicados teñen un factor de impacto acumulativo de máis de 2000.
●Equipo de bioinformática altamente cualificado:Con patentes internas e dereitos de autor de software para experimentos Hi-C e análise de datos, o software de visualización de datos de desenvolvemento propio permite o movemento, a reversión, a revogación e a repetición manual de bloques.
●Soporte posvenda:O noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
●Anotación exhaustivaEmpregamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente os xenes con variacións identificadas e realizar a análise de enriquecemento correspondente, o que proporciona información sobre múltiples proxectos de investigación.
Especificacións do servizo
| Preparación da biblioteca | Estratexia de secuenciación | Saída de datos recomendada | Control de calidade |
| Biblioteca Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Requisitos da mostra
| Tecido | Cantidade requirida |
| Vísceras animais | ≥ 2 g |
| Músculo animal | |
| Sangue de mamíferos | ≥ 2 mL |
| Sangue de aves/peixe | |
| Planta - Folla fresca | ≥ 3 g |
| Células cultivadas | ≥ 1x107 |
| Insecto | ≥ 2 g |
Fluxo de traballo do servizo
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
1) Control de calidade de datos brutos
2) Control de calidade da biblioteca Hi-C: estimación de interaccións Hi-C válidas
3) Ensamblaxe Hi-C: agrupamento de contigs en grupos, seguido de ordenación de contigs dentro de cada grupo e asignación de orientación de contigs
4) Avaliación Hi-C
QC da biblioteca Hi-C: estimación de pares de interacción válidos Hi-C
Assemblaxe Hi-C: estatísticas
Avaliación posterior á montaxe: mapa de calor da intensidade do sinal entre os intervalos
Explora os avances facilitados polos servizos de montaxe Hi-C de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Tian, T. et al. (2023) «Ensamblaxe xenómica e disección xenética dun prominente xermoplasma de millo resistente á seca», Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) «Ensamblaxe a escala cromosómica do xenoma da abella melífera asiática Apis cerana», Frontiers in Genetics, 11, páx. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) «Revelación da evolución da biosíntese de alcaloides tropánicos mediante a análise de dous xenomas da familia Solanaceae», Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) «Os xenomas da árbore baniana e da avespa polinizadora proporcionan información sobre a coevolución figueira-avepa», Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
