Produtos

Secuenciación de metatranscriptomas

Imaxe destacada da secuenciación do metatranscriptoma

Aproveitando a tecnoloxía de secuenciación de Illumina, o servizo de secuenciación de metatranscriptoma de BMKGENE revela a expresión xenética dinámica dunha gran variedade de microbios, que abarca eucariotas ata procariotas e virus, dentro de ambientes naturais como o chan, a auga, o mar, as feces e o intestino. O noso servizo integral permite aos investigadores afondar nos perfís completos de expresión xénica das comunidades microbianas complexas. Ademais da análise taxonómica, o noso servizo de secuenciación de metatranscriptoma facilita a exploración do enriquecemento funcional, arroxando luz sobre os xenes expresados de forma diferencial e os seus papeis. Descubra unha gran cantidade de coñecementos biolóxicos mentres navega polas complexas paisaxes da expresión xénica, a diversidade taxonómica e as dinámicas funcionais dentro destes diversos nichos ambientais.

Contacta connosco

Detalles do servizo

Bioinformática

Resultados da demostración

Publicacións destacadas

Características do servizo

● Esgotamento do ARNr seguido da preparación direccional da biblioteca de ARNm.

● Secuenciación en Illumina NovaSeq.

Vantaxes do servizo

●Estudar os cambios das comunidades microbianas complexas:Isto ocorre a nivel transcripcional e explora novos xenes potenciais.

●Explicar as interaccións da comunidade microbiana co hóspede ou o medio ambiente.

●Análise Bioinformática Integral: Isto proporciona información sobre as composicións taxonómicas e funcionais da comunidade, así como a análise diferencial da expresión xénica.

●Anotación xenética extensa:Usando bases de datos actualizadas de funcións xenéticas para obter información informativa sobre a expresión xénica das comunidades microbianas.

●Soporte posvenda:O noso compromiso vai máis aló da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para resolver calquera dúbida relacionada cos resultados.

Especificacións do servizo

Plataforma de secuenciación	Estratexia de secuenciación	Datos recomendados	Control de Calidade de Datos
Illumina NovaSeq	PE150	12 Gb	Q30≥85%

Requisitos de mostra

Concentración (ng/µL)	Cantidade total (µg)	Volume (µL)	OD260/280	OD260/230	RIN
≥50	≥1,0	≥20	1,8-2,0	1,0-2,5	≥6,5

Fluxo de traballo do servizo

Entrega da mostra

Construción da biblioteca

Secuenciación

Análise de datos

Servizos posvenda

Anterior: Asemblea do xenoma de fungos de novo

Seguinte: Secuenciación de ARN procariota

Inclúe a seguinte análise:

● Control de calidade de datos de secuenciación

● Montaxe de transcrición

● Anotación taxonómica e Abundancia

● Anotación Funcional e Abundancia

● Cuantificación de expresións e análise diferencial

Distribución taxonómica de cada mostra:

Análise da diversidade beta: UPGMA

Anotación funcional: abundancia GO

Abundancia de taxonomía diferencial - LEFSE

Explore os avances facilitados polos servizos de secuenciación de metatranscriptómica de BMKGene a través dunha colección de publicacións seleccionada.

Lu, Z. et al. (2023) "A tolerancia ao ácido das bacterias que utilizan lactato da orde Bacteroidales contribúe á prevención da acidose ruminal en cabras adaptadas a unha dieta alta concentrada".Nutrición animal, 14, páxinas 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.

Song, Z. et al. (2017) "Desentrañar a microbiota funcional do núcleo na fermentación tradicional en estado sólido mediante amplicóns de alto rendemento e secuenciación de metatranscriptómica".Fronteiras en Microbioloxía, 8 (XULIO). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.

Wang, W. et al. (2022) "Novos micovirus descubertos a partir dunha enquisa de metatranscriptómica do fungo fitopatoxeno Alternaria",Virus, 14(11), páx. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.

Wei, J. et al. (2022) "A análise paralela do metatranscriptoma revela a degradación dos metabolitos secundarios das plantas polos escaravellos e os seus simbiontes intestinais".Molecular Ecoloxía, 31(15), páxinas 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.