Transcriptoma de lonxitude completa de nanoporos

A secuenciación do transcritoma de Nanopore é un método potente para secuenciar ADNc de lonxitude completa, identificando e cuantificando con precisión as isoformas dos transcritos. A canle de transcritomas de lonxitude completa de BMKCloud Nanopore está deseñada para analizar os datos de RNA-Seq xerados na plataforma Nanopore cun xenoma de referencia ben anotado de alta calidade, proporcionando unha análise cualitativa e cuantitativa tanto a nivel de xene como de transcrito. Despois do control de calidade, obtéñense secuencias non quiméricas (FLNC) de lonxitude completa e as secuencias de consenso mapéanse ao xenoma de referencia para eliminar os transcritos redundantes. A partir deste conxunto de transcritos, cuántificase a expresión e identifícanse e anótanse funcionalmente os xenes e transcritos expresados ​​diferencialmente. A canle tamén inclúe análise de poliadenilación alternativa (APA), análise de empalme alternativo, análise de repetición de secuencia simple (SSR), predición de lncRNA e dianas correspondentes, predición de secuencias codificantes (CDS), análise de familias de xenes, análise de factores de transcrición, predición de novos xenes e anotación funcional de transcritos.