BMKCloud Log in
条形banner-03

Novas

EVOLUCIÓN DO XENOMA

Genoma De novo
Montaxe|Determinación do sexo A totalidade dos traballos de secuenciación e os servizos parciais de bioinformática foron proporcionados por Biomarker Techonologies.

Resumo

"O fenotipo icónico dos dragóns mariños inclúe apéndices en forma de follas, unha boca tubular sen dentes e o embarazo masculino que implica a incubación de ovos fertilizados nun "parche de cría".Secuenciamos de novo xenomas masculinos e femininos do dragón mariño común (Phyllopteryx taeniolatus) e da súa especie moi relacionada, o peixe pipa caimán (Syngnathoides biaculeatus).Os perfís de transcrición dunha novidade evolutiva, os apéndices parecidos ás follas, mostran que se optou por un conxunto de xenes implicados normalmente no desenvolvemento das aletas, así como un enriquecemento de transcricións para a reparación de tecidos potenciais e xenes de defensa inmune.Os mutantes de peixe cebra para scpp5, que se perde en todos os singnátidos, carecen ou teñen dentes farínxeos deformados, o que apoia a hipótese de que a perda de scpp5 contribuíu á perda de dentes nos singnátidos.Identificouse un locus putativo que determina o sexo que codifica un xene amhr2y específico de macho que comparte o peixe pipa dragón mariño e caimán común. 

Materiais e métodos:

Materiais

Fo noso dragón mariño común (P. taeniolatus) e dous peixes pipa caimán (S. biaculeatus) exemplares.Utilizáronse dous individuos de dragón mariño común (un macho e unha femia) e dous peixes pipa caimán (un macho e unha femia) para a secuenciación do xenoma completo, e outros dous individuos de dragón mariño común macho foron utilizados para a secuenciación do xenoma.

Estratexia de secuenciación do xenoma

2Secuenciación de biblioteca de 70/350 pb (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) ou Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000) e outros dous individuos de dragón mariño común masculino utilizáronse para a secuenciación do xenoma.

Secuenciación do transcriptoma

Fou recolléronse dragón mariño común, cerebro, ollo, branquia, fígado, corazón, ril, mesenterio, intestino, músculo, aleta, pel, apéndices similares ás follas, testículo e ovario.

Estratexia de ensamblaxe do xenoma de novo

Canu (Corrección) + WTDBG2 (Montaxe) + Pilon (Polaco) + Lachesis (Hi-C).

Principais resultados

Fig.-1.-Características-principais-do-dragón-mariño-común-P.-taeniolatus-e-o-caimán-peixe-pipa-S

Fig. 1. Características principais do dragón mariño común (P. taeniolatus) e do peixe pipa caimán (S. biaculeatus) e as súas posicións filoxenéticas.

Fig.-2.-Morfoloxía-e-composición-xenética-dos-apéndices-de-folla-no-dragón-mariño-común-P

Fig. 2. Morfoloxía e composición xenética dos apéndices foliares do dragón mariño común (P. taeniolatus).

Fig.-3.-Xene-de-determinación-de-sexo-supostativo-no-dragón-mariño-común-P.-taeniolatus-e-o-coimán-peixe-pipa-S.-biaculeatus

Fig. 3. Xene de determinación do sexo putativo no dragón mariño común (P. taeniolatus) e no peixe pipa caimán (S. biaculeatus).

Fig.-4

Fig. 4. Fenotipos de dentes farínxeos en mutantes homocigotos scpp5 de peixe cebra.


Hora de publicación: Xaneiro-08-2022

Envíanos a túa mensaxe: