Solución de ARNm de lonxitude completa PacBio 2+3
Características
● Deseño do estudo:
Mostra agrupada secuenciada con PacBio para identificar isoformas de transcritos
Secuenciación de mostras separadas (réplicas e condicións a probar) conNGS para cuantificar a expresión de transcritos
● Secuenciación PacBio en modo CCS, xerando lecturas HiFi
● Secuenciación das transcricións completas
● A análise non require un xenoma de referencia; non obstante, pódese empregar
● A análise bioinformática inclúe non só a expresión a nivel de xene e isoforma, senón tamén a análise de lncRNA, fusións de xenes, poliadenilación e estrutura xénica.
Vantaxes
● Alta precisiónLecturas de alta fidelidade cunha precisión >99,9 % (Q30), comparable a NGS
● Análise de empalme alternativoA secuenciación de todos os transcritos permite a identificación e caracterización das isoformas.
● Combinación das fortalezas de PacBio e NGSPermite a cuantificación da expresión a nivel de isoforma, revelando cambios que poden estar enmascarados ao analizar a expresión xénica completa.
● Ampla experienciaProcesamos máis de 2300 mostras e o noso equipo achega unha ampla experiencia a cada proxecto.
● Soporte posvendaO noso compromiso esténdese máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos e entrega da mostra
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Biblioteca CCS de ARNm enriquecida con PolyA | Secuela II de PacBio PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Enriquecido con poli A | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nucleótidos
|
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| Biblioteca Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN mostrada no xel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animais: RIN≥4,5; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; elevación da liña base limitada ou nula |
| Biblioteca PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN mostrada no xel. | Plantas: RIN≥7,5 Animais: RIN≥8,0 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; elevación da liña base limitada ou nula |
Entrega de mostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda o uso de papel de aluminio)
Etiquetado de mostra: Agrupar+replicar, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Xeo seco:As mostras deben embalarse en bolsas e enterrarse en xeo seco.
2. Tubos ARN estables: as mostras de ARN pódense secar en tubos de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviar a temperatura ambiente.
Inclúe a seguinte análise:
- Datos brutos
- Control de calidade
- Análise de poliadenilación alternativa (APA)
- Análise de transcritos de fusión
- Análise de empalme alternativo
- Análise comparativa de ortólogos universais de copia única (BUSCO)
- Análise de transcritos innovadora: predición de secuencias codificantes (CDS) e anotación funcional
- Análise de ARNlnc: predición de ARNlnc e dianas
- Identificación de microsatélites (SSR)
- Análise de transcritos expresados diferencialmente (DETs)
- Análise de xenes expresados diferencialmente (DEG)
- Anotación funcional de DEG e DET
Análise BUSCO
Análise de empalme alternativo
Análise de poliadenilación alternativa (APA)
Xenes expresados diferencialmente (DEG) e transcritos (análise DETs9)
Redes de interacción proteína-proteína de DET e DEG
Explora os avances facilitados pola secuenciación de ARNm de lonxitude completa PacBio 2+3 de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Chao, Q. et al. (2019) «A dinámica do desenvolvemento do transcriptoma do tronco de Populus»,Revista de Biotecnoloxía Vexetal, 17(1), páxs. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) «Cambios dinámicos no contido de ácido ascórbico durante o desenvolvemento e a maduración da froita de Actinidia latifolia (un cultivo de froita rico en ascorbato) e os mecanismos moleculares asociados»,Revista Internacional de Ciencias Moleculares, 23(10), páx. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) «Predición eficaz dos xenes das vías biosintéticas implicados nas polifilinas bioactivas da polifila de París».Bioloxía da Comunicación2022 5:1, 5(1), páxs. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) «Análise combinada de PacBio Iso-Seq e Illumina RNA-Seq do transcriptoma de Tuta absoluta (Meyrick) e dos xenes do citocromo P450»,Insectos, 14(4), páx. 363. doi: 10.3390/INSECTOS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) «Un estudo da complexidade do transcriptoma usando a análise en tempo real dunha soa molécula de PacBio combinada coa secuenciación de ARN de Illumina para unha mellor comprensión da biosíntese do ácido ricinoleico en Ricinus communis».Xenómica de BMC, 20(1), páxs. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
