Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
Vantaxes do servizo
Desenvolvemento de plataformas de secuenciación e bioinformática ende novoensamblaxe do xenoma
(Amarasinghe SL et al.,Bioloxía do xenoma, 2020)
● Construír novos xenomas e mellorar os xenomas de referencia existentes para as especies de interese.
● Maior precisión, continuidade e integridade na montaxe
● Construír un recurso fundamental para a investigación en polimorfismo de secuencias, QTLs, edición de xenes, reprodución, etc.
● Equipado cun espectro completo de plataformas de secuenciación de terceira xeración: solución de montaxe de xenomas única.
● Estratexias flexibles de secuenciación e ensamblaxe que cumpran xenomas diversos con características diferentes
● Equipo de bioinformáticos altamente cualificados con gran experiencia en ensamblaxes de xenomas complexos, incluíndo poliploides, xenomas xigantes, etc.
● Máis de 100 casos exitosos cun factor de impacto publicado acumulado superior a 900
● Tempo de reposición de 3 meses para a montaxe do xenoma a nivel cromosómico.
● Soporte técnico sólido cunha serie de patentes e copyrights de software tanto no lado experimental como en bioinformática.
Especificacións do servizo
|
Contido
|
Plataforma
|
Lonxitude de lectura
|
Cobertura
|
| Enquisa de xenoma
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Secuenciación do xenoma
| PacBio Revio
| Lecturas HiFi de 15 kb
| ≥ 30X
|
| Ola-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Fluxo de traballo
Requisitos de mostra e entrega
Requisitos de mostra:
| Especie | Tecido | Para PacBio | Para Nanopore |
| Animais | Órganos viscerais (fígado, bazo, etc.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Músculo | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Sangue de mamíferos | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Sangue de peixes ou aves | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Plantas | Follas frescas | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Pétalo ou talo | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Raíces ou sementes | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Células | Cultivo celular | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Entrega de mostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda papel de aluminio)
Para a maioría das mostras, recomendamos non conservalas en etanol.
Etiquetado da mostra: as mostras deben estar claramente etiquetadas e idénticas ao formulario de información da mostra enviado.
Envío: Xeo seco: as mostras deben ser embaladas primeiro en bolsas e enterradas en xeo seco.
Fluxo de traballo do servizo
Deseño de experimentos
Entrega da mostra
extracción de ADN
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos posvenda
*Os resultados de demostración que se mostran aquí son todos de xenomas publicados con Biomarker Technologies
1.Circos sobre a montaxe do xenoma a nivel cromosómico deG. rotundifoliumpola plataforma de secuenciación Nanopore
Wang M et al.,Bioloxía Molecular e Evolución, 2021
2.Estatísticas de montaxe e anotación do xenoma do centeo de Weining
Li G et al.,Xenética da Natureza, 2021
3.Predición xenética deSechium edulexenoma, derivado de tres métodos de predición:De novopredición, predición baseada en homoloxía e predición baseada en datos de ARN-Seq
Fu A et al.,Investigación en Horticultura, 2021
4.Identificación de repeticións terminais longas intactas en tres xenomas de algodón
Wang M et al.,Bioloxía Molecular e Evolución, 2021
5.Mapa de calor Hi-C doC. acuminataxenoma que mostra interaccións de todo o xenoma.A intensidade das interaccións Hi-C é proporcional á distancia lineal entre contigs.Unha liña recta limpa neste mapa térmico indica unha ancoraxe moi precisa dos contigs nos cromosomas.(Proporción de ancoraxe contig: 96,03%)
kang M et al.,Comunicacións da natureza,2021
Caso BMK
Un conxunto xenómico de alta calidade destaca as características xenómicas do centeo e os xenes de importancia agronómica
Publicado: Xenética da Natureza, 2021
Estratexia de secuenciación:
Montaxe do xenoma: modo PacBio CLR con biblioteca de 20 kb (497 Gb, aprox. 63×)
Corrección de secuencia: NGS con biblioteca de ADN de 270 pb (430 Gb, aprox. 54×) na plataforma Illumina
Anclaxe de contigs: biblioteca Hi-C (560 Gb, aprox. 71×) na plataforma Illumina
Mapa óptico: (779,55 Gb, aprox. 99×) en Bionano Irys
Resultados clave
1.Publicouse un conxunto do xenoma do centeo de Weining cun tamaño total do xenoma de 7,74 Gb (98,74% do tamaño do xenoma estimado por citometría de fluxo).O andamio N50 deste conxunto logrou 1,04 Gb.O 93,67% dos contigs foron ancorados con éxito en 7 pseudocromosomas.Esta montaxe foi avaliada por mapa de vinculación, LAI e BUSCO, o que deu como resultado unhas puntuacións altas en todas as avaliacións.
2.A partir deste xenoma realizáronse estudos posteriores sobre xenómica comparativa, mapa de enlace xenético e estudos de transcriptómica.Reveláronse unha serie de trazos relacionados con características xenómicas, incluíndo duplicacións xenéticas en todo o xenoma e o seu impacto nos xenes da biosíntese do amidón;organización física de loci complexos de prolamina, características de expresión xénica subxacentes ao trazo de cabeceira precoz e supostas rexións cromosómicas e loci asociados á domesticación no centeo.
 Diagrama de circos sobre as características xenómicas do xenoma do centeo de Weining |  Análise evolutiva e de sintenía cromosómica do xenoma do centeo |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Un conxunto xenómico de alta calidade destaca as características xenómicas do centeo e os xenes de importancia agronómica.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
