Secuenciación do xenoma completo de plantas/animais
1. Vantaxes do servizo
Ampla experiencia na secuenciación do xenoma de máis de 1000 especies.
Máis de 800 casos publicados cun factor de impacto acumulado superior a 4000.
Análise bioinformática integral sobre chamadas de variación e análise de funcións.
2. Especificacións do servizo
| Plataforma | Biblioteca | Profundidade de secuencia recomendada | |
| Ilumina | PE 150 | Para SNP, chamadas InDel ≥ 10x Para SV, chamadas CNY ≥ 30x
| |
| Nanoporo
| 8 kb | Para SV, chamadas CNY ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Para SNP, InDel, SV, CNY chamadas ≥ 10x |
3. Requisitos da mostra
| Plataforma | Conc.(ng/μL)
| Cantidade (ng)
| Pureza
| Gel de agarosa
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Limpar a banda principal sen nin limitardegradación observada en xel. 2. Contaminación nula ou limitada de ARN ou proteínas
| ||||
| Ilumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanoporo
| ≥30 | Depende do rendemento dos datos 10 μg/célula | 1.7-2.2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1,8-2,5 | ||
4. Análise da bioinformación
5. Fluxo de traballo do servizo
Entrega da mostra
extracción de ADN
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Entrega de datos
1) Estatística de cartografía xenómica
Táboa 1 Estatística do resultado da cartografía
Figura 1 Distribución do tamaño da inserción e da cobertura das lecturas.
2) Detección variada
Figura 2 Estatísticas e anotación de SNP/INDEL/SV entre Mostras
Figura 3 Distribución do xenoma das vacacións
3) Anotación funcional de variacións
| 2019 | Comunicacións da natureza | A resecuenciación do xenoma completo revela a orixe de Brassica napus e os loci xenéticos implicados na súa mellora |
| 2020 | PNAS | A orixe evolutiva e a historia de domesticación do peixe dourado (Carassius auratus) |
| 2021 | Revista de Biotecnoloxía Vexetal | Xenomas de referencia das dúas especies de yute cultivadas |
| 2021 | Revista de Biotecnoloxía Vexetal | Sinaturas xenómicas de Brassicajuncea alopoliploides vexetais e oleaginosas e loci xenéticos que controlan a acumulación de glucosinolatos |
| 2019 | Planta Molecular | A resecuenciación do xenoma completo dunha colección mundial de accesos de colza revela a base xenética da diverxencia dos seus ecotipos |
| 2022 | Investigación en Horticultura | A análise de asociación de todo o xenoma proporciona información molecular sobre a variación natural do tamaño da semente de sandía |
| 2021 | Revista de Botánica Experimental | O estudo de asociación de todo o xenoma identifica variantes de GhSAD1 que confiren tolerancia ao frío no algodón |
| 2021 | Revista de Botánica Experimental | O estudo de asociación de todo o xenoma e a comparación de transcriptoma revelan novos QTL e xenes candidatos que controlan o tamaño dos pétalos na colza |
