Secuenciación do xenoma completo de plantas/animais
Características do servizo
De novo
Esta técnica é particularmente útil con xenomas complexos, como aqueles con alto grao de heterocigosidade, rexións repetitivas, xenomas polipoloides, contidos CG anormais, etc.
A nosa solución integral ofrece servizos de secuenciación integrados e análise bioinformática que proporcionan un xenoma ensamblado de novo de alta calidade. Un estudo inicial do xenoma con Illumina proporciona estimacións do tamaño e a complexidade do xenoma, e esta información utilízase para guiar o seguinte paso da secuenciación de lectura longa con PacBio HiFi, seguido dede novoensamblaxe de contigs. O uso posterior da ensamblaxe HiC permite a ancoraxe dos contigs ao xenoma, obtendo unha ensamblaxe a nivel cromosómico. Finalmente, o xenoma anótase mediante a predición de xenes e a secuenciación de xenes expresados, recorrendo a transcriptomas con lecturas curtas e longas.
-- Integración de múltiples servizos de secuenciación e bioinformática nunha solución integralServizo axeitado para a construción de novelas
-- xenomas ou mellora dos xenomas de referencia existentes para especies de interese.
Resecuenciación
-- A preparación da biblioteca pode ser estándar ou sen PCR
-- Dispoñible en 4 plataformas de secuenciación: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 ou PacBio Revio.
-- Análise bioinformática centrada na chamada de variantes: SNP, InDel, SV e CNV
Vantaxes do servizo
●Ampla experiencia e rexistro de publicacións: Parade novoservizos, acumulamos unha enorme experiencia na ensamblaxe de xenomas de alta calidade de diversas especies, incluíndo xenomas diploides e xenomas moi complexos de especies poliploides e alopoliploides. Desde 2018, contribuímos a máis de 300 publicacións de alto impacto, e máis de 20 delas están publicadas en Nature Genetics. Na resecuenciación do xenoma, acumulamos máis de 1000 especies, o que resultou en máis de 1000 casos publicados cun factor de impacto acumulativo de máis de 5000.
●Solución integralActivadode novosecuenciación, a nosa estratexia integrada combina múltiples tecnoloxías de secuenciación e análises bioinformáticas nun fluxo de traballo cohesivo, o que proporciona un xenoma ensamblado de alta calidade.
●Adaptado ás súas necesidadesO noso fluxo de traballo de servizo é personalizable, o que permite a adaptación a xenomas con diversas características e necesidades de investigación específicas.
●Equipo de bioinformática e laboratorio altamente cualificado: Tanto se é parade novosecuenciación ou resecuenciación, o noso equipo conta cun conxunto de ferramentas e coñecementos cualificados para garantir o éxito do proxecto. Isto pódese corroborar coa serie de patentes e dereitos de autor de software que desenvolveron.
● Asistencia posvenda:O noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
●Análise bioinformática exhaustivaIncluíndo chamadas de variacións e anotacións de funcións.
●Anotación completa para a secuenciaciónEmpregamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente os xenes con variacións identificadas e realizar a análise de enriquecemento correspondente, proporcionando información sobre os seus proxectos de investigación.
Especificacións do servizo
| Variantes a identificar | Estratexia de secuenciación | Profundidade recomendada |
| SNP e InDel | Illumina NovaSeq PE150 ou MGI T7 | 10x |
| SV e CNV (menos precisos) | 30x | |
| SV e CNV (máis precisos) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV e CNV | PacBio Revio | 10x |
Requisitos da mostra
| Ácidos nucleicos de tecido ou extraídos | Illumina/MGI | Nanopore (biblioteca de 8 Kb) | PacBio (biblioteca de 15 Kb)
| ||
| Vísceras animais | ≥ 0,2 g | ≥ 0,5 g | ≥ 1 g
| ||
| Músculo animal | |||||
| Sangue de mamíferos | ≥ 0,3 mL | ≥ 0,5 mL
| ≥ 1 mL
| ||
| Sangue de aves/peixe | ≥ 0,05 mL | ≥ 0,1 mL
| ≥ 0,1 mL
| ||
| Planta - Folla fresca | ≥ 0,5 g | ≥ 1 g
| ≥ 2 g
| ||
| Células cultivadas | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 | ≥ 5x106
| ||
| Tecidos brandos de insectos/individuos | ≥ 0,2 g | ≥ 0,3 g
| ≥ 1 g
| ||
| Organismo acuático - Tecido muscular | ≥ 0,3 g | ≥ 1 g | ≥ 1,5 g | ||
| Organismo acuático - Algas | ≥ 0,5 g | ≥ 1,5 g | ≥ 3 g | ||
| ADN extraído
| Concentración: ≥ 1 ng/µL Cantidade: ≥ 30 ng Degradación ou contaminación limitada ou nula
| Concentración Cantidade
OD260/280
OD260/230
Degradación ou contaminación limitada ou nula
| ≥ 40 ng/µL 2 µg/célula de fluxo/mostra
1,7 - 2,2
1,5 - 3,0 | Concentración Cantidade
OD260/280
OD260/230
Degradación ou contaminación limitada ou nula | ≥ 50 ng/µL 8 µg/célula de fluxo/mostra
1,7 - 2,2
1,8 - 2,5 |
| Preparación de bibliotecas sen PCR: Concentración ≥ 40 ng/µL Cantidade ≥ 500 ng | |||||
Fluxo de traballo do servizo
Entrega de mostras
Extracción de ADN
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
Entrega de datos
De novocanalización de bioinformática
Se queres ver unha visión xeral das nosas diferentes canles para a montaxe:
Análise bioinformática completa, dividida en 4 pasos:
1. Estudo xenómico, baseado na análise de k-mer con lecturas de NGS.Darános información sobre:
- Estimación do tamaño do xenoma
- Estimación da heterocigosidade
- Estimación de rexións repetitivas
2. Ensamblaxe do xenoma con PacBio HiFi.Empregar lecturas longas daranos:
- De novoasemblea
- Avaliación da ensamblaxe: incluíndo a análise BUSCO para a integridade do xenoma e o mapeo posterior das lecturas de NGS e PacBio HiFi
3. Montaxe Hi-C.Unha vez que teñamos o ensamblado, ter información sobre a estrutura 3D do xenoma profundará o coñecemento e enriquecerá o xenoma de referencia que estamos a construír.
- Control de calidade da biblioteca Hi-C para estimar interaccións Hi-C válidas.
- Ensamblaxe Hi-C. Faremos a agrupación de contigs en grupos, seguida da ordenación de contigs dentro de cada grupo e asignación de orientación de contigs.
- Avaliación Hi-C
4. Anotación do xenoma:
- Predición de ARN non codificante
- Identificación de secuencias repetitivas (transposóns e repeticións en tándem)
- Predición xenética
- De novoalgoritmos ab initio
- Baseado na homoloxía
- Baseado no transcriptoma, con lecturas longas e curtas: as lecturas sonde novoensamblado ou mapeado no borrador do xenoma
- Anotación de xenes preditos con múltiples bases de datos
Resecuenciacióncanalización de bioinformática
Inclúe a seguinte análise:
- Control de calidade dos datos brutos
- Estatísticas de aliñamento co xenoma de referencia
- Identificación de variantes: SNP, InDel, SV e CNV
- Anotación funcional de variantes
Estatísticas de aliñamento co xenoma de referencia: distribución da profundidade de secuenciación
Chamada de SNP entre varias mostras
Identificación de InDel: estatísticas da lonxitude de InDel na rexión CDS e na rexión xenómica completa
Distribución de variantes no xenoma: diagrama de Circos
Anotación funcional de xenes con variantes identificadas – Ontoloxía xénica
Chai, Q. et al. (2023) «Unha glutatión S-transferase GhTT19 determina a pigmentación dos pétalos de flor mediante a regulación da acumulación de antocianinas no algodón».Revista de Biotecnoloxía Vexetal, 21(2), páx. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) «O xenoma de Hevea brasiliensis silvestre a nivel cromosómico proporciona novas ferramentas para a reprodución asistida por xenómica e loci valiosos para elevar o rendemento do caucho».Revista de Biotecnoloxía Vexetal, 21(5), páxs. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) «As secuencias xenómicas revelan rutas de dispersión global e suxiren adaptacións xenéticas converxentes na evolución dos cabaliños de mar».Comunicacións coa natureza, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) «Os cambios cromosómicos a grande escala provocan alteracións na expresión a nivel xenómico, adaptación ambiental e especiación no gaial (Bos frontalis)».Bioloxía Molecular e Evolución, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) «Ensamblaxe xenómica e disección xenética dun destacado xermoplasma de millo resistente á seca»,Xenética da Natureza 202355:3, 55(3), páxinas 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) «Revelación da evolución da biosíntese de alcaloides tropánicos mediante a análise de dous xenomas da familia Solanaceae».Comunicacións coa natureza2023 14:1, 14(1), páxs. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) «A análise dos cambios no xenoma e na metilación das galiñas autóctonas chinesas ao longo do tempo proporciona información sobre a conservación das especies».Bioloxía da Comunicación, 5(1), páxs. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Estudos de caso desafiantes:
Ensamblaxe telómero a telómero:Fu, A. et al. (2023) «A ensamblaxe xenómica telómero a telómero do melón amargo (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) revela as características xenéticas do desenvolvemento, a composición e a maduración do froito».Investigación en Horticultura, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Ensamblaxe de haplotipos:Hu, W. et al. (2021) «O xenoma definido por alelos revela a diferenciación bialélica durante a evolución da mandioca».Planta molecular, 14(6), páxinas 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Ensamblaxe de xenomas xigantes:Yuan, J. et al. (2022) «Base xenómica dos xigacromosomas e do xigaxenoma da peonía arbórea Paeonia ostii»,Comunicacións coa natureza2022 13:1, 13(1), páxs. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Ensamblaxe do xenoma poliploide:Zhang, Q. et al. (2022) «Información xenómica sobre a recente redución cromosómica da cana de azucre autopoliploide Saccharum spontaneum»,Xenética da Natureza 202254:6, 54(6), páxinas 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
