-
Secuenciación de amplicóns 16S/18S/ITS de lonxitude completa de PacBio
A plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) foi desenvolvida con anos de experiencia en análises de proxectos de diversidade microbiana, que contén análises básicas estandarizadas e análises personalizadas: a análise básica abrangue o contido de análise principal da investigación microbiana actual, o contido da análise é rico e completo, e os resultados da análise preséntanse en forma de informes de proxectos; O contido da análise personalizada é diverso. As mostras pódense seleccionar e os parámetros pódense configurar de forma flexible segundo o informe de análise básica e o propósito da investigación, para cumprir os requisitos personalizados. Sistema operativo Windows, sinxelo e rápido.
-
Transcriptoma de lonxitude completa de PacBio (sen referencia)
Tomando como entrada os datos de secuenciación de isoformas de Pacific Biosciences (PacBio), esta aplicación é capaz de identificar secuencias de transcritos de lonxitude completa (sen ensamblaxe). Ao mapear secuencias de lonxitude completa contra o xenoma de referencia, os transcritos pódense optimizar mediante xenes coñecidos, transcritos, rexións codificantes, etc. Neste caso, pódese conseguir unha identificación máis precisa das estruturas de ARNm, como o empalme alternativo, etc. A análise conxunta cos datos de secuenciación do transcritoma NGS permite unha anotación máis completa e unha cuantificación máis precisa na expresión a nivel de transcrito, o que beneficia en gran medida a expresión diferencial e a análise funcional posteriores.
-
Xogos de ferramentas
BMKCloud é unha plataforma bioinformática líder que ofrece unha solución integral para programas xenómicos, na que confían amplamente investigadores de diversos ámbitos, como o médico, o agrícola, o ambiental, etc. BMKCloud comprométese a proporcionar servizos integrados, fiables e eficientes, incluíndo plataformas e ferramentas de análise bioinformática, recursos informáticos, bases de datos públicas, cursos de bioinformática en liña, etc. BMKCloud ten varias ferramentas bioinformáticas de uso frecuente, como anotación de xenes, ferramentas xenéticas evolutivas, ARNnc, control de calidade de datos, ensamblaxe, aliñamento, extracción de datos, mutacións, estatísticas, xerador de figuras, análise de secuencias, etc.
-
ARN pequeno
Os ARN pequenos son un tipo de ARN curto non codificante cunha lonxitude media de 18-30 nt, incluíndo miARN, siARN e piARN. Informouse masivamente da implicación destes ARN pequenos en varios procesos biolóxicos como a degradación do ARNm, a inhibición da tradución, a formación de heterocromatina, etc. A análise de secuenciación de ARN pequeno aplicouse amplamente en estudos sobre o desenvolvemento animal/plantal, enfermidades, virus, etc. A plataforma de análise de secuenciación de ARN pequeno consiste en análise estándar e minería de datos avanzada. Baseándose nos datos de secuenciación de ARN, a análise estándar pode lograr a identificación e predición de miARN, a predición de xenes diana de miARN, a anotación e a análise de expresión. A análise avanzada permite a busca e extracción personalizadas de miARN, a xeración de diagramas de Venn e a construción de redes de miARN e xenes diana.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS é unha plataforma de análise de resecuenciación de xenomas completos, desenvolvida sobre a base dunha ampla experiencia en tecnoloxías de biomarcadores. Esta plataforma, doada de usar, permite o envío rápido dun fluxo de traballo de análise integrado simplemente configurando uns poucos parámetros básicos, que se axustan aos datos de secuenciación de ADN xerados tanto pola plataforma Illumina como pola plataforma de secuenciación BGI. Esta plataforma está implementada nun servidor de computación de alto rendemento, o que permite unha análise de datos altamente eficiente nun tempo moi limitado. A minería de datos personalizada está dispoñible sobre a base da análise estándar, incluíndo a consulta de xenes mutados, o deseño de cebadores de PCR, etc.
-
ARNm (Referencia)
O transcriptoma é a conexión entre a información xenética xenómica e o proteoma da función biolóxica. A regulación a nivel de transcrición é o modo de regulación máis importante e o máis estudado dos organismos. A secuenciación do transcriptoma pode secuenciar o transcriptoma en calquera momento ou en calquera condición, cunha resolución precisa dun só nucleótido. Pode reflectir dinamicamente o nivel de transcrición xénica, identificar e cuantificar simultaneamente transcritos raros e normais e proporcionar a información estrutural de transcritos específicos da mostra.
Na actualidade, a tecnoloxía de secuenciación de transcritomas utilízase amplamente en agronomía, medicina e outros campos de investigación, incluíndo a regulación do desenvolvemento animal e vexetal, a adaptación ambiental, a interacción inmunitaria, a localización de xenes, a evolución xenética das especies e a detección de tumores e enfermidades xenéticas.
-
Metaxenómica (NGS)
Esta plataforma de análise está deseñada para a análise de datos metaxenómicos de escopeta baseándose en anos de experiencia. Consta dun fluxo de traballo integrado que contén varias das análises metaxenómicas máis comúns, incluíndo procesamento de datos, estudos a nivel de especie, estudos a nivel de función xénica, agrupamento de metaxenomas, etc. Ademais, hai ferramentas de minería de datos personalizadas dispoñibles no fluxo de traballo de análise estándar, incluíndo consultas de xenes e especies, configuración de parámetros, xeración de figuras personalizadas, etc.
-
ARNlnc
Os ARN longos non codificantes (ARNlnc) son un tipo de transcritos cunha lonxitude superior a 200 nt, que non poden codificar proteínas. A evidencia acumulada suxire que a maioría dos ARNlnc teñen moita probabilidade de ser funcionais. As tecnoloxías de secuenciación de alto rendemento e as ferramentas de análise bioinformática permítennos revelar secuencias de ARNlnc e información de posicionamento de forma máis eficiente e lévannos a descubrir ARNlnc con funcións reguladoras cruciais. BMKCloud ten o orgullo de proporcionar aos nosos clientes unha plataforma de análise de secuenciación de ARNlnc para lograr unha análise de ARNlnc rápida, fiable e flexible.
-
GWAS
O estudo de asociación a nivel de xenoma completo (GWAS, polas súas siglas en inglés) ten como obxectivo identificar variantes xenéticas (xenotipo) que se asocian con trazos específicos (fenotipo). Os estudos GWA investigan marcadores xenéticos a través do xenoma completo dun gran número de individuos e predín asociacións xenotipo-fenotipo mediante análise estatística a nivel de poboación. A resecuenciación de xenoma completo pode descubrir potencialmente todas as variantes xenéticas. Xunto cos datos fenotípicos, os GWAS poden procesarse para identificar SNP, QTL e xenes candidatos relacionados co fenotipo, o que respalda firmemente a mellora animal/vexetal moderna. O SLAF é unha estratexia de secuenciación xenómica simplificada de desenvolvemento propio que descobre marcadores distribuídos a nivel de xenoma, SNP. Estes SNP, como marcadores xenéticos moleculares, poden procesarse para estudos de asociación con trazos específicos. É unha estratexia rendible para identificar variacións xenéticas asociadas a trazos complexos.
-
Transcriptómica de lonxitude completa de nanoporos
As isoformas alternativas complexas e variables nos organismos son mecanismos xenéticos importantes para regular a expresión xénica e a diversidade de proteínas. A identificación precisa das estruturas dos transcritos é a base para un estudo en profundidade dos patróns de regulación da expresión xénica. A plataforma de secuenciación Nanopore levou con éxito o estudo transcriptómico ao nivel de isoformas. Esta plataforma de análise está deseñada para analizar os datos de RNA-Seq xerados na plataforma Nanopore baseándose no xenoma de referencia, o que consegue análises cualitativas e cuantitativas tanto a nivel de xene como de transcritos.
-
ARN circ.
O ARN circular (circRNA) é un tipo de ARN non codificante, que recentemente se descubriu que desempeña un papel vital nas redes reguladoras implicadas no desenvolvemento, a resistencia ambiental, etc. A diferenza das moléculas de ARN lineais, por exemplo, o ARNm e o ARNnc, os extremos 3' e 5' do circRNA únense para formar unha estrutura circular, o que os salva da dixestión da exonuclease e son máis estables que a maioría dos ARN lineais. Descubriuse que o circRNA ten diversas funcións na regulación da expresión xénica. O circRNA pode actuar como ceRNA, que se une ao miARN de forma competitiva, coñecido como esponxa de miARN. A plataforma de análise de secuenciación de circRNA permite a análise da estrutura e a expresión do circRNA, a predición de dianas e a análise conxunta con outros tipos de moléculas de ARN.
-
BSA
A plataforma de análise de segregación en bloque consiste nunha análise estándar dun só paso e unha análise avanzada con configuración de parámetros personalizada. A BSA é unha técnica empregada para identificar rapidamente marcadores xenéticos asociados ao fenotipo. O fluxo de traballo principal da BSA inclúe: 1. seleccionar dous grupos de individuos con fenotipos extremadamente opostos; 2. agrupar o ADN, ARN ou secuenciación SLAF (desenvolvida por Biomarker) de todos os individuos para formar dous grupos de ADN; 3. identificar secuencias diferenciais contra o xenoma de referencia ou intermedios; 4. predicir rexións candidatas ligadas mediante o algoritmo de disforeza e índice SNP; 5. Análise funcional e enriquecemento de xenes en rexións candidatas, etc. Tamén está dispoñible unha minería de datos máis avanzada, incluíndo a selección de marcadores xenéticos e o deseño de cebadores.
-
Amplicón (16S/18S/ITS)
A plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) foi desenvolvida con anos de experiencia en análises de proxectos de diversidade microbiana, que contén análises básicas estandarizadas e análises personalizadas: a análise básica abrangue o contido de análise principal da investigación microbiana actual, o contido da análise é rico e completo, e os resultados da análise preséntanse en forma de informes de proxectos; O contido da análise personalizada é diverso. As mostras pódense seleccionar e os parámetros pódense configurar de forma flexible segundo o informe de análise básica e o propósito da investigación, para cumprir os requisitos personalizados. Sistema operativo Windows, sinxelo e rápido.
