-
Secuenciación de ARN dun só núcleo
O avance na captura dunha soa célula e na técnica de construción de bibliotecas individuais que se combina coa secuenciación de alto rendemento permite estudos de expresión xénica célula por célula.Permite unha análise do sistema máis profunda e completa en poboacións celulares complexas, na que evita en gran medida o enmascaramento da súa heteroxeneidade ao tomar a media de todas as células.
Non obstante, algunhas células non son adecuadas para converterse en suspensión unicélula, polo que se necesitan outros métodos de preparación de mostras: a extracción do núcleo dos tecidos, é dicir, o núcleo extrae directamente dos tecidos ou células e prepárase en suspensión dun só núcleo para un único núcleo. secuenciación celular.
BMK ofrece un servizo de secuenciación de ARN unicelular baseado en Genomics ChromiumTM 10 veces.Este servizo foi moi utilizado en estudos sobre estudos relacionados con enfermidades, como a diferenciación de células inmunitarias, a heteroxeneidade do tumor, o desenvolvemento de tecidos, etc.
Chip de transcriptoma espacial: 10× Genómica
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
-
Secuenciación do xenoma completo de plantas/animais
A resecuenciación do xenoma completo, tamén coñecida como WGS, permite a revelación de mutacións comúns e raras en todo o xenoma, incluíndo o polimorfismo de nucleótido único (SNP), a eliminación de inserción (InDel), a variación de estrutura (SV) e a variación de número de copias (CNV). ).Os SV constitúen unha maior parte da base de variación que os SNP e teñen un maior impacto no xenoma, o que ten un efecto significativo nos organismos vivos.A resecuenciación de lecturas longas permite unha identificación máis precisa de fragmentos grandes e variacións complicadas porque as lecturas longas facilitan moito o cruzamento cromosómico en rexións complicadas como as repeticións en tándem, as rexións ricas en GC/AT e as rexións hipervariables.
Plataforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transcriptoma espacial BMKMANU S1000
A transcriptómica espacial sitúase á vangarda da innovación científica, e permite aos investigadores afondar nos patróns de expresión xénica intrincadas dentro dos tecidos preservando o seu contexto espacial.Entre varias plataformas, BMKGene desenvolveu o chip de transcriptoma espacial BMKManu S1000, que conta cunharesolución melloradade 5 µM, alcanzando o rango subcelular e habilitandoconfiguración de resolución multinivel.O chip S1000, con aproximadamente 2 millóns de puntos, emprega micropozos con capas de perlas cargadas con sondas de captura con código de barras espacial.Unha biblioteca de ADNc, enriquecida con códigos de barras espaciais, prepárase a partir do chip S1000 e, posteriormente, secuenció na plataforma Illumina NovaSeq.A combinación de mostras con código de barras espacial e UMI garante a precisión e especificidade dos datos xerados.O atributo único do chip BMKManu S1000 reside na súa versatilidade, que ofrece configuracións de resolución de varios niveis que se poden axustar finamente a diferentes tecidos e niveis de detalle.Esta adaptabilidade sitúa o chip como unha excelente opción para diversos estudos de transcriptómica espacial, garantindo unha agrupación espacial precisa cun ruído mínimo.
Usando o chip BMKManu S1000 e outras tecnoloxías de transcriptómica espacial, os investigadores poden comprender mellor a organización espacial das células e as complexas interaccións moleculares que se producen nos tecidos, proporcionando información inestimable sobre os mecanismos subxacentes aos procesos biolóxicos nunha ampla gama de campos, incluíndo oncoloxía, neurociencia, bioloxía do desenvolvemento, inmunoloxía e estudos botánicos.
Plataforma: chip BMKManu S1000 e Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
A transcriptómica espacial é unha tecnoloxía de vangarda que permite aos investigadores investigar patróns de expresión xénica dentro dos tecidos preservando o seu contexto espacial.Unha plataforma poderosa neste dominio é 10x Genomics Visium xunto coa secuenciación Illumina.O principio de 10X Visium reside nun chip especializado cunha zona de captura designada onde se colocan seccións de tecido.Esta área de captura contén puntos con código de barras, cada un correspondente a unha localización espacial única dentro do tecido.As moléculas de ARN capturadas do tecido son entón etiquetadas con identificadores moleculares únicos (UMI) durante o proceso de transcrición inversa.Estes puntos de código de barras e UMI permiten un mapeamento espacial preciso e a cuantificación da expresión xénica cunha resolución unicélula.A combinación de mostras con código de barras espacial e UMI garante a precisión e especificidade dos datos xerados.Ao usar esta tecnoloxía de transcriptómica espacial, os investigadores poden obter unha comprensión máis profunda da organización espacial das células e das complexas interaccións moleculares que ocorren nos tecidos, ofrecendo información inestimable sobre os mecanismos subxacentes aos procesos biolóxicos en múltiples campos, incluíndo a oncoloxía, a neurociencia, a bioloxía do desenvolvemento e a inmunoloxía. , e estudos botánicos.
Plataforma: 10X Genomics Visium e Illumina NovaSeq
-
Secuenciación de ARNm de lonxitude completa-Nanopore
Aínda que a secuenciación do ARNm baseada en NGS serve como unha ferramenta versátil para a cuantificación da expresión xénica, a súa dependencia de lecturas curtas restrinxe a súa eficacia nas análises transcriptómicas complexas.A secuenciación de nanoporos, por outra banda, emprega tecnoloxía de lectura longa, que permite a secuenciación de transcricións de ARNm de lonxitude completa.Este enfoque facilita unha exploración integral do empalme alternativo, as fusións de xenes, a poliadenilación e a cuantificación de isoformas de ARNm.
A secuenciación de nanoporos depende de sinais eléctricos en tempo real dunha soa molécula de nanoporo.Guiado por proteínas motoras, o ADN de dobre cadea únese a proteínas de nanoporos incrustadas nunha biopelícula, desenrolando ao atravesar a canle de nanoporos baixo unha diferenza de voltaxe.Os distintivos sinais eléctricos xerados por diferentes bases na cadea de ADN son detectados e clasificados en tempo real, facilitando a secuenciación de nucleótidos precisa e continua.Este enfoque innovador supera as limitacións de lectura curta e proporciona unha plataforma dinámica para análises xenómicas complexas e inclúe estudos transcriptómicos complexos.
Plataforma: Nanopore Promethion P48
-
Secuenciación de ARNm de lonxitude completa -PacBio
Aínda que a secuenciación de ARNm baseada en NGS é unha ferramenta versátil para cuantificar a expresión xénica, a súa dependencia de lecturas curtas restrinxe o seu uso en análises transcriptómicas complexas.A secuenciación PacBio (Iso-Seq), por outra banda, emprega tecnoloxía de lectura longa, que permite a secuenciación de transcricións de ARNm de lonxitude completa.Este enfoque facilita unha exploración integral do empalme alternativo, as fusións xenéticas e a poliadenilación aínda que non é a opción principal para a cuantificación da expresión xénica, debido á gran cantidade de datos necesarios.
A tecnoloxía de secuenciación PacBio depende da secuenciación en tempo real dunha soa molécula (SMRT), proporcionando unha vantaxe distinta na captura de transcricións de ARNm de lonxitude total.Este enfoque innovador implica o uso de guías de onda de modo cero (ZMW), pozos microfabricados que permiten a observación en tempo real da actividade da ADN polimerase durante a secuenciación.Dentro destes ZMW, a ADN polimerase de PacBio sintetiza unha cadea complementaria de ADN, xerando lecturas longas que abarcan a totalidade das transcricións de ARNm.A operación de PacBio no modo de secuenciación de consenso circular (CCS) mellora a precisión ao secuenciar repetidamente a mesma molécula.As lecturas HiFi xeradas teñen unha precisión comparable á NGS, o que contribúe aínda máis a unha análise completa e fiable de características transcriptómicas complexas.Plataforma: PacBio Sequel II
-
Secuenciación de ARNm eucariotas-Illumina
A secuenciación do ARNm permite o perfil completo de todos os transcritos de ARNm dentro das células en condicións específicas.Esta tecnoloxía de vangarda serve como unha potente ferramenta, revelando perfís de expresión xénica complexos, estruturas xenéticas e mecanismos moleculares asociados a diversos procesos biolóxicos.Amplamente adoptada na investigación fundamental, diagnóstico clínico e desenvolvemento de fármacos, a secuenciación de ARNm ofrece información sobre as complejidades da dinámica celular e da regulación xenética.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
-
Secuenciación de ARNm non baseada en referencia-Illumina
A secuenciación do ARNm permite o perfil completo de todos os transcritos de ARNm dentro das células en condicións específicas.Esta tecnoloxía de vangarda serve como unha potente ferramenta, revelando perfís de expresión xénica complexos, estruturas xenéticas e mecanismos moleculares asociados a diversos procesos biolóxicos.Amplamente adoptada na investigación fundamental, diagnóstico clínico e desenvolvemento de fármacos, a secuenciación de ARNm ofrece información sobre as complejidades da dinámica celular e da regulación xenética.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
-
Secuenciación longa non codificante-Illumina
Os ARN longos non codificantes (ARNlnc) son ARN de máis de 200 nucleótidos que posúen un potencial de codificación mínimo e son elementos fundamentais dentro do ARN non codificante.Atopados no núcleo e no citoplasma, estes ARN desempeñan un papel crucial na regulación epixenética, transcripcional e post-transcripcional, o que subliña a súa importancia na configuración dos procesos celulares e moleculares.A secuenciación do LncRNA é unha poderosa ferramenta na diferenciación celular, ontoxénese e enfermidades humanas.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Secuenciación de ARN pequeno-Illumina
As moléculas de ARN pequenos (ARNs), normalmente de menos de 200 nucleótidos de lonxitude, inclúen microARN (miARN), pequenos ARN interferentes (siRNA) e ARN que interactúan con piwi (piRNA).Entre estes, os miARN, duns 20-24 nucleótidos de lonxitude, destacan especialmente polas súas funcións reguladoras fundamentais en varios procesos celulares.Con patróns de expresión específicos do tecido e do estadio, os miARN presentan unha alta conservación en diferentes especies.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Secuenciación de circRNA-Illumina
A secuenciación de ARN circular (circRNA-seq) consiste en perfilar e analizar ARN circulares, unha clase de moléculas de ARN que forman bucles pechados debido a eventos de empalme non canónicos, proporcionando a estes ARN unha maior estabilidade.Aínda que se demostrou que algúns circRNA actúan como esponxas de microARN, secuestrando os microARN e impedindo que regulen os seus ARNm obxectivo, outros circRNA poden interactuar coas proteínas, modular a expresión xénica ou ter funcións nos procesos celulares.A análise da expresión do circRNA proporciona información sobre os papeis reguladores destas moléculas e a súa importancia en diversos procesos celulares, etapas de desenvolvemento e condicións de enfermidade, contribuíndo a unha comprensión máis profunda da complexidade da regulación do ARN no contexto da expresión xénica.
-
Secuenciación de transcriptoma completo - Illumina
A secuenciación do transcriptoma completo ofrece un enfoque completo para perfilar diversas moléculas de ARN, que abarca tanto os ARN codificantes (ARNm) como os non codificantes (ARNlnc, circRNA e miARN).Esta técnica captura o transcriptoma completo de células específicas nun momento dado, permitindo unha comprensión holística dos procesos celulares.Tamén coñecido como "secuenciación de ARN total", ten como obxectivo revelar redes reguladoras intrincadas a nivel de transcriptoma, que permiten análises en profundidade como o ARN endóxeno competidor (ARNce) e a análise conxunta de ARN.Isto marca o paso inicial cara á caracterización funcional, particularmente no desenredo das redes reguladoras que implican interaccións de ceRNA baseadas en circRNA-miRNA-mRNA.
