Secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS)
A secuenciación con bisulfito de representación reducida (RRBS) baséase no enriquecemento das rexións ricas en illas CpG mediante a clivaxe de MspI seguida da selección de tamaño de fragmentos de 200-500/600 bps. En consecuencia, só se secuencian as rexións proximais ás illas CpG, mentres que as que teñen illas CpG distantes exclúense da análise. Este proceso, combinado coa secuenciación con bisulfito, permite a detección de alta resolución da metilación do ADN, e o enfoque de secuenciación, PE150, céntrase especificamente nos extremos dos insertos en lugar do medio, o que aumenta a eficiencia da elaboración de perfís de metilación.
Esta técnica xurdiu como unha alternativa rendible e eficiente á secuenciación con bisulfito do xenoma completo (WGBS) na investigación da metilación do ADN. Aínda que a WGBS proporciona información exhaustiva ao examinar todo o xenoma a unha resolución de base única, o seu alto custo pode ser un factor limitante, que a RRBS mitiga estratexicamente ao analizar selectivamente unha porción representativa do xenoma. Esta metodoloxía é unha ferramenta valiosa que permite a investigación rendible da metilación do ADN e avanza no coñecemento dos mecanismos epixenéticos.
Características do servizo
● Secuenciación en Illumina NovaSeq.
● Require un xenoma de referencia.
● O ADN lambda utilízase para monitorizar a eficiencia da conversión de bisulfito.
● Tamén se monitoriza a eficiencia da dixestión de MspI.
● Dixestión encimática dobre para mostras vexetais.
Vantaxes do servizo
●Alternativa rendible e eficiente ao WGBSPermite que a análise se leve a cabo a un custo menor e con menores requisitos de mostra.
●Plataforma completa:Ofrecemos un servizo excelente e integral, dende o procesamento de mostras, a construción de bibliotecas e a secuenciación ata a análise bioinformática.
●Ampla experienciaTemos éxito nunha ampla gama de especies. BMKGENE achega máis dunha década de experiencia, un equipo de análise altamente cualificado, contido completo e unha excelente asistencia posvenda.
Especificacións do servizo
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Saída de datos recomendada | Control de calidade |
| Biblioteca dixerida con MspI e tratada con bisulfito | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Conversión de bisulfito > 99% Eficiencia de corte de MspI > 95% |
Requisitos da mostra
| Concentración (ng/µL) | Cantidade total (µg) |
| |
| ADN xenómico | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradación ou contaminación limitadas |
Fluxo de traballo do servizo
Entrega de mostras
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
A análise de BI inclúe:
● Control de calidade da secuenciación bruta;
● Mapeo ao xenoma de referencia;
● Detección de bases metiladas a 5 mC e identificación de motivos;
● Análise da distribución da metilación e comparación de mostras;
● Análise de rexións diferencialmente metiladas (DMR);
● Anotación funcional de xenes asociados a DMRs.
Control de calidade: eficiencia da dixestión (no mapeo do xenoma)
Control de calidade: conversión de bisulfito (na extracción de información por metilación)
Mapa de metilación: distribución xenómica da metilación de 5 mC
Comparación de mostras: Análise de compoñentes principais
Análise de rexións diferencialmente metiladas (DMR): mapa de calor
Explora os avances na investigación facilitados polos servizos de secuenciación de bisulfito do xenoma completo de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Li, Z. et al. (2022) «Reprogramación de alta fidelidade en células de tipo Leydig mediante a activación de CRISPR e factores parácrinos».PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) «Análise de metilación do ADN a nivel xenómico da composición corporal en xemelgos monocigotos chineses».Revista Europea de Investigación Clínica, 53(11), páx. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) «Metilación do ADN e proporción cintura-cadera: un estudo de asociación de todo o epixenoma en xemelgos monocigotos chineses».Revista de Investigación Endocrinolóxica, 45(12), páxinas 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
