Secuenciación de ARN pequeno: Illumina
Características
● Preparación da biblioteca de selección de tamaños.
● Análise bioinformática centrada na predición e nas dianas dos microARN.
Vantaxes do servizo
●Ampla experienciaProcesamos máis de 300 mostras, que abarcan diversos tipos de mostras. Aportamos a nosa ampla experiencia a cada proxecto.
●Control de calidade rigorosoImplementamos puntos de control básicos en todas as etapas, dende a preparación de mostras ata a preparación da biblioteca, a secuenciación e a bioinformática. A nosa monitorización meticulosa garante a entrega de resultados de alta calidade consistente.
●Análise bioinformática exhaustiva:Permite a identificación de miARN coñecidos e novos, a identificación de miARN diana e a correspondente anotación funcional e enriquecemento con múltiples bases de datos (KEGG, GO).
●Soporte posvendaEntendemos o importante que é estar presente, por iso o noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos e entrega da mostra
| Biblioteca | Plataforma | Datos recomendados | Control de calidade de datos |
| Tamaño seleccionado | Illumina SE50 | 10M-20M lecturas | Q30≥85% |
Requisitos da mostra:
Nucleótidos:
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN mostrada no xel. | RIN≥6,0; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; elevación da liña base limitada ou nula |
● Plantas:
Raíz, talo ou pétalo: 450 mg
Folla ou semente: 300 mg
Froita: 1,2 g
● Animais:
Corazón ou intestino: 450 mg
Vísceras ou cerebro: 240 mg
Músculo: 600 mg
Ósos, cabelo ou pel: 1,5 g
● Artrópodos:
Insectos: 9 g
Crustáceos: 450 mg
● Sangue enteiro2 tubos
● Células: 106 células
● Soro e plasma:6 ml
Entrega de mostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda o uso de papel de aluminio)
Etiquetado de mostra: Agrupar+replicar, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben embalarse en bolsas e soterrarse en xeo seco.
2. Tubos ARN estables: as mostras de ARN pódense secar en tubos de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviarse a temperatura ambiente.
Fluxo de traballo do servizo
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Extracción de ARN
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Bioinformática
● Control de calidade dos datos brutos
● Clasificación de ARN pequenos
● Expresión de miARN e análise de expresión diferencial
● Anotación do xene diana de miARN e do xene diana de miARN expresado diferencialmente
● Anotación de xenes diana e enriquecemento da función dos xenes de miRNA expresados diferencialmente
Identificación de microARN: estrutura e profundidade
Expresión diferencial de miRNA: agrupamento xerárquico
Anotación funcional da diana dos miRNAs expresados diferencialmente
Explora os avances na investigación facilitados polos servizos de secuenciación de ARNp de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Chen, H. et al. (2023) «As infeccións virais inhiben a biosíntese e a fotosíntese de saponinas en Panax notoginseng».Fisioloxía Vexetal e Bioquímica, 203, páx. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) «A proteína FREE1, que contén o dominio FYVE da planta, asóciase con compoñentes do microprocesador para reprimir a bioxénese de miARN».Informes de EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) «O microARN Ame-Bantam-3p controla o desenvolvemento larvario da pupa ao dirixirse ao xene 8 de dominios similares ao factor de crecemento epidérmico múltiple (megf8) na abella melífera, Apis mellifera».Revista Internacional de Ciencias Moleculares, 24(6), páx. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) «A análise integrada de microARN e xenes asociados coa calidade da carne revela que o Gga-MiR-140-5p afecta á deposición de graxa intramuscular nos polos».Fisioloxía celular e bioquímica, 46(6), páxinas 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
