Ensamblaxe do xenoma T2T | Secuenciación ultralonga
Características do servizo
•Ofrece ensamblaxes xenómicas telómero a telómero de alta precisión, alta contigüidade e alta completitude.
•Supera os desafíos de ensamblaxe en rexións centroméricas e altamente repetitivas.
•Analiza as variacións estruturais en rexións complexas como os centrómeros e os telómeros.
•Explora a orixe e a domesticación dos cromosomas e identifica os xenes clave que determinan o sexo.
Vantaxes do servizo
•Equipo profesional ultrarrápido que abrangue desde a extracción ata a secuenciación, con experiencia exitosa en múltiples especies.
•Acceso ás plataformas de lectura longa PacBio e Nanopore con alto rendemento e estratexias de secuenciación flexibles.
•Equipo experimentado en ensamblaxe de xenomas e análise bioinformática personalizada, competente en proxectos de xenomas T2T.
•Máis de 200 proxectos xenómicos exitosos e máis de 2000 factores de impacto acumulados.
•Solucións experimentais e bioinformáticas integradas respaldadas por dereitos de autor e patentes.
Especificacións do servizo
| Estudo do xenoma | Ensamblaxe do xenoma | A nivel cromosómico | Recheo de ocos | Anotación do xenoma |
| 50X Illumina NovaSeq PE150 | 30 lecturas PacBio CCS HiFi | 100X Hi-C | Lecturas ultralongas de 40 a 100 veces máis longas | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (opcional) RNA-seq de lonxitude completa PacBio 40 Gb ou Nanopore 12 Gb |
Requisitos do servizo
Para mostras de secuenciación de Survey, PacBio CCS, Hi-C e transcriptoma (para anotación), consulte "nivel cromosómicorequisitos de mostras de ensamblaxe do xenoma".
Para a secuenciación ultralonga ONT, recoméndanse mostras de tecido con estándares de calidade máis altos para apoiar a extracción de ADN ultra-HMW.
Para obter instrucións e requisitos detallados sobre a preparación de mostras, póñase en contacto co noso equipo de vendas para obter unha solución personalizada en función da especie.
Fluxo de traballo do servizo
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Extracción de ADN
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
As principais análises inclúen:
1) Ensamblaxe do xenoma T2T
● O xenoma T2T refírese a un xenoma con "0 lagoas" no que polo menos un cromosoma está completamente ensamblado de telómero a telómero.
● Usando lecturas CCS de alta precisión e lecturas ultralongas ONT:
* Xerar xenoma contig v1 mediante ensamblaxe híbrida usando hifiasm (v0.25.0).
* Eliminar secuencias de plastidios e contaminadas mediante BLAST contra a base de datos NT.
* Contigs de armazón en ensamblaxe a escala cromosómica usando datos Hi-C con ADN 3D.
* Completar os telómeros que faltan mediante ensamblaxe local con lecturas de ONT para obter o xenoma T2T final.
2) Avaliación da montaxe
● Avaliación de BUSCO
BUSCO v5.2.1 (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) constrúe conxuntos de xenes de copia única para as principais liñaxes evolutivas baseándose na base de datos OrthoDB 10. O xenoma ensamblado avalíase mediante aliñamento con este conxunto de xenes, en función da proporción de coincidencia e a integridade.
Unha maior proporción de "BUSCO completos" indica unha maior completitude da ensamblaxe do xenoma.
● Le a cartografía
Aliñar lecturas curtas da secuenciación de nova xeración (por exemplo, Illumina) co xenoma ensamblado usando bwa. Aliñar lecturas longas de terceira xeración co xenoma ensamblado usando Minimap2.
A integridade do xenoma ensamblado e a uniformidade da cobertura de secuenciación avalíanse en función da taxa de mapeo, a relación de cobertura do xenoma e a distribución da profundidade.
● Avaliación do control de calidade do xenoma
Avaliar a ensamblaxe usando Merqury comparando as lecturas de secuenciación de alta precisión dos k-mers coa ensamblaxe do xenoma para obter unha calidade de consenso (QV).
Os valores de calidade máis altos indican unha maior precisión do xenoma ensamblado.
● Avaliación do LAI do xenoma
O LAI (Índice de ensamblaxe LTR) avalía a integridade da ensamblaxe do xenoma como a proporción de secuencias de retrotransposóns LTR intactas con respecto ao total de secuencias LTR. As secuencias LTR-RT candidatas identifícanse mediante LTR_FINDER (v1.0.7) e LTRharvest (v1.5.9), e logo fíltranse e intégranse mediante LTR_retriever (v2.8) para obter retrotransposóns LTR de alta confianza e calcular o LAI.
Segundo a publicación do desenvolvedor do LAI, os valores do LAI clasifícanse en tres niveis:
Borrador (0 ≤ LAI < 10), Referencia (10 ≤ LAI < 20) e Ouro (LAI ≥ 20).
● Identificación de telómeros e centrómeros
Identificar posibles unidades repetidas de telómeros no xenoma usando TIDK. Detectar secuencias de telómeros e obter información posicional usando FindTelomeres baseada en motivos de repetición.
Identificar posibles repeticións centroméricas usando Centromics con lecturas longas de terceira xeración e, a seguir, remapealas ao xenoma para obter posicións e secuencias dos centrómeros.
1) Mapa cromosómico do xenoma
2)Posicións dos telómeros no xenoma
| Chr | Lonxitude da cromosoma (pb) | Inicio_augaves(pb) | Fin_augas_auga(pb) | Lonxitude_auga_auga_(pb) | Inicio_abaixo(pb) | Fin_augantes(pb) | Lonxitude_abaixo(pb) |
| Chr01 | 55.340.768 | 53 | 2.036 | 1.984 | 55.338.794 | 55.340.768 | 1.975 |
| Chr02 | 56.588.289 | 1 | 2.760 | 2.760 | 56.584.191 | 56.588.289 | 4.099 |
| Chr03 | 46.886.733 | 20 | 3.001 | 2.982 | 46.881.994 | 46.886.733 | 4.740 |
| Chr04 | 49.401.798 | 1 | 2.143 | 2.143 | 49.399.160 | 49.401.798 | 2.639 |
| Chr05 | 45.855.317 | 10 | 3.043 | 3.034 | 45.852.809 | 45.855.317 | 2.509 |
| Chr06 | 45.285.625 | 1 | 3.268 | 3.268 | 45.283.427 | 45.285.625 | 2.199 |
| Chr07 | 48.122.726 | 1 | 2.317 | 2.317 | 48.120.519 | 48.122.726 | 2.208 |
Nnota:
Chr: ID do cromosoma
Chr_Length (pb): Lonxitude do cromosoma
Inicio_augas_augaves (pb): Posición inicial do telómero augas arriba no cromosoma
Upstream_End (pb): Posición final do telómero augas arriba no cromosoma
Lonxitude_augas_augavis (pb): Lonxitude do telómero augas arriba no cromosoma
Inicio_abaixo (pb): Posición inicial do telómero augas abaixo no cromosoma
Fin_abaixo (pb): Posición final do telómero augas abaixo no cromosoma
Lonxitude_abaixo_(pb): Lonxitude do telómero augas abaixo no cromosoma
3)Posicións dos centrómeros no xenoma
| Chr | Lonxitude_cromática(pb) | Centromics_Start(pb) | Fin_centrómico(pb) |
| Chr01 | 55.340.768 | 18.943.204 | 23.005.555 |
| Chr02 | 56.588.289 | 28.114.720 | 30.677.916 |
| Chr03 | 46.886.733 | 24.487.558 | 24.929.326 |
| Chr04 | 49.401.798 | 20.976.875 | 22.563.388 |
| Chr05 | 45.855.317 | 18.578.095 | 19.715.924 |
| Chr06 | 45.285.625 | 19.398.436 | 19.950.173 |
| Chr07 | 48.122.726 | 26.390.720 | 27.913.284 |
Nota:
Chr: ID do cromosoma
Chr_Length (pb): Lonxitude do cromosoma
Centromere_Start (pb): Posición inicial do centrómero no cromosoma
Fin_do_centrómero (pb): Posición final do centrómero no cromosoma
4) Estatísticas de lagoas dos resultados da montaxe
| Grupo | Número_de_intervalo | Len |
| Chr01 | 0 | 55.340.768 |
| Chr02 | 0 | 56.588.289 |
| Chr03 | 0 | 46.886.733 |
| Chr04 | 0 | 49.401.798 |
| Chr05 | 0 | 45.855.317 |
| Chr06 | 0 | 45.285.625 |
| Chr07 | 0 | 48.122.726 |
| Total (proporción %) | 0 | 347.481.256 (100,00) |
Nnota:
Grupo: Identificación de cromosomas
Número_de_ocos: Número de ocos no cromosoma
Lonxitude (pb): Lonxitude do cromosoma
5) Avaliación do LAI do xenoma
| Chr | Lonxitude da cronoloxía (pb) | Intacto | Total | raw_LAI | LAI |
| xenoma_entero | 347.481.256 | 0,046 | 0,36 | 12,94 | 15.18 |
Nota: Segundo a publicación dos desenvolvedores do LAI, os valores do LAI clasifícanse en tres categorías: Borrador (0 ≤ LAI < 10), Referencia (10 ≤ LAI < 20) e Ouro (LAI ≥ 20).
Lonxitude do cromosoma (pb): lonxitude do cromosoma
Intacto: Proporción de LTR-RT intactas no xenoma
Total: Proporción do total de LTR no xenoma
raw_LAI = Intacto / Total × 100
LAI: Valor LAI corrixido
Explora os avances facilitados polos servizos de ensamblaxe de xenomas de novo de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións:
T2T Genome
Liu, Shoucheng et al."Un ensamblaxe xenómica de telómero a telómero xunto con datos multiómicos proporciona información sobre a evolución do trigo panificable hexaploide."Xenética da natureza vol. 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x
Yao, Xue-Feng et al."Ensamblaxe completa do xenoma da variedade de arroz japónica Zhonghua 11."Comunicacións de plantas vol. 6,10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463
Lv, Zhiyuan e outros."Ensamblaxe case telómero a telómero do xenoma de Camellia pitardii."Datos científicos vol. 12,1 1422. 14 de agosto de 2025, doi:10.1038/s41597-025-05764-5
Du, Haiyuan e outros."Unha ensamblaxe case completa do xenoma de Fragaria iinumae."Xenómica de BMC vol. 26,1 253. 14 de marzo de 2025, doi:10.1186/s12864-025-11440-0
Chen, Weikai et al."A ensamblaxe completa do xenoma de Nicotiana benthamiana revela a paisaxe xenética e epixenética dos centrómeros."plantas da natureza vol. 10,12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y
Xenoma T2T resolto por haplotipo
Khan, Falak Sher et al. “Xenomas sen lacunas T2T resoltos por haplotipos do cultivar de uva de viño Cabernet Sauvignon”.Datos científicos, 10.1038/s41597-026-06910-3. 26 de febreiro de 2026, doi:10.1038/s41597-026-06910-3
Xenoma T2T + Xenoma Comparativo
Hong, Lin et al. “Construción e análise de xenomas telómero a telómero para 2 laranxas doces: Longhuihong e Newhall (Citrus sinensis)”.GigaCienciavol. 13 (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
Li, Xiao-Jie et al. “A análise do xenoma telómero a telómero da cenoria vermella TXH4 elucida o papel de DcLCYE e DcLCYB1 na acumulación de licopeno na cenoria”.Investigación en horticulturavol. 12,11 uhaf192. 29 de xullo de 2025, doi:10.1093/hr/uhaf192
Xenoma T2T + Panxenoma
Wang, Xiaojing et al. “Xenoma T2T, análise panxenómica e xenes de resposta ao estrés térmico en especies de rododendros”.iMetavol. 4,2 e70010. 5 de marzo de 2025, doi:10.1002/imt2.70010
