Secuenciación do transcriptoma completo – Illumina
Características
● Xeración de bibliotecas duplas para secuenciar o transcriptoma completo: biblioteca de depleción de ARNr e preparación de bibliotecas de ARN pequeno.
● Análise bioinformática completa de ARNm, ARNnc, ARN circ e microARN en informes bioinformáticos separados, ademais dunha análise conxunta con toda a expresión de ARN combinada, incluíndo a análise de redes de ARN ce.
Vantaxes do servizo
●Ampla experienciaProcesamos máis de 2100 proxectos de transcriptomas completos, que abarcan diversos tipos de mostras. Aportamos a nosa ampla experiencia a cada proxecto.
●Control de calidade rigorosoImplementamos puntos de control básicos en todas as etapas, dende a preparación de mostras ata a preparación da biblioteca, a secuenciación e a bioinformática. A nosa monitorización meticulosa garante a entrega de resultados de alta calidade consistente.
●Anotación exhaustivaEmpregamos varias bases de datos para anotar funcionalmente os xenes expresados diferencialmente (DEG) e realizar as análises de enriquecemento correspondentes. Esta ampla abordaxe proporciona información sobre os procesos celulares e moleculares subxacentes á resposta do transcriptoma, garantindo que obteñas toda a información posible sobre os datos do teu experimento.
●Análise en profundidade das redes reguladorasA análise de redes de ceRNA está posibilitada pola secuenciación conxunta de ARNm, ARNnc, ARN circ e miRNA e por un fluxo de traballo bioinformático exhaustivo.
●Soporte posvendaEntendemos o importante que é estar presente, por iso o noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos e entrega da mostra
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| ARNr esgotado | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Tamaño seleccionado | Illumina SE50 | 10-20 millóns de lecturas |
Requisitos da mostra:
Nucleótidos:
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN mostrada no xel. | RIN≥6,0 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; elevación da liña base limitada ou nula |
Entrega de mostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda o uso de papel de aluminio)
Etiquetado de mostra: Agrupar+replicar, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben embalarse en bolsas e soterrarse en xeo seco.
2. Tubos ARN estables: as mostras de ARN pódense secar en tubos de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviarse a temperatura ambiente.
Fluxo de traballo do servizo
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Extracción de ARN
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Bioinformática
Ademais de toda a análise de cada unha das diferenzas, os 4 tipos de ARN combínanse na nosa análise conxunta:
- Análise de coexpresión entre todos os diferentes tipos de datos de ARN
- Visión xeral da expresión do ARN
- Visión xeral da expresión diferencial
- Rede CeRNA
- Xenes clave integrados na vía
- Análise de conservación
- Relacións de segmentación
Visión xeral da expresión do ARN
Xenes expresados diferencialmente
análise de ceRNA
miRNAs expresados diferencialmente e ARN relacionados
Explora os avances na investigación facilitados polos servizos de secuenciación de transcriptoma completo de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Dai, Y. et al. (2022) «Perfis de expresión completos de ARNm, ARN non lineal e miARN na enfermidade de Kashin-Beck identificados mediante secuenciación de ARN»,Ómica molecular, 18 (2), páxinas 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) «Análise de transcriptomas de lonxitude completa da resistencia ao frío de Apis cerana no monte Changbai durante o período de invernada».Xene, 830, páxs. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) «Priorización baseada na integración multiómica das redes de regulación do ARN endóxeno competidoras no cancro de pulmón de células pequenas: características moleculares e candidatos a fármacos»,Fronteiras en Oncoloxía, 12, páx. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) «A análise integrada dos perfís de expresión de lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA revela novas perspectivas sobre posibles mecanismos de resposta aos nematodos dos nódulos radiculares no cacahuete».Xenómica de BMC, 23(1), páxs. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al. (2022) «A secuenciación de ARN do transcriptoma completo destaca os mecanismos moleculares asociados co mantemento da calidade poscolleita no brócoli mediante irradiación con LED vermellos».Bioloxía e Tecnoloxía Poscolleita, 188, páx. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
