16S/18S/ITS એમ્પ્લિકન સિક્વન્સિંગ-PacBio
સેવા લાભો
● 16S/18S/ITS ની પૂર્ણ-લંબાઈનો ક્રમ જાહેર કરતા લાંબા-વાંચન
● PacBio CCS મોડ સિક્વન્સિંગ સાથે અત્યંત સચોટ બેઝ કૉલિંગ
● OTU/ASV એનોટેશનમાં જાતિ-સ્તરનું રિઝોલ્યુશન
● ડેટાબેઝ, એનોટેશન, OTU/ASVના સંદર્ભમાં વિવિધ વિશ્લેષણો સાથે નવીનતમ QIIME2 વિશ્લેષણ પ્રવાહ.
● વિવિધ માઇક્રોબાયલ સમુદાય અભ્યાસ માટે લાગુ
● BMK 100,000 થી વધુ નમૂનાઓ/વર્ષ, માટી, પાણી, ગેસ, કાદવ, મળ, આંતરડા, ત્વચા, આથો સૂપ, જંતુઓ, છોડ વગેરેને આવરી લેવાનો વ્યાપક અનુભવ ધરાવે છે.
● BMKCloud સુવિધાયુક્ત ડેટા અર્થઘટન જેમાં 45 વ્યક્તિગત વિશ્લેષણ સાધનો છે
સેવા વિશિષ્ટતાઓ
| સિક્વન્સિંગપ્લેટફોર્મ | પુસ્તકાલય | ભલામણ કરેલ ડેટા | કાર્ય પૂર્ણ કરવાનો સમય |
| PacBio સિક્વલ II | SMRT-બેલ | 5K/10K/20K ટૅગ્સ | 44 કામકાજના દિવસો |
બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ
● કાચો ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ
● OTU ક્લસ્ટરિંગ/ડિ-નોઈઝ(ASV)
● OTU એનોટેશન
● આલ્ફા વિવિધતા
● બીટા વિવિધતા
● આંતર-જૂથ વિશ્લેષણ
● પ્રાયોગિક પરિબળો સામે સંગઠનનું વિશ્લેષણ
● કાર્ય જનીન અનુમાન
નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી
નમૂના જરૂરીયાતો:
માટેડીએનએ અર્ક:
| નમૂનાનો પ્રકાર | રકમ | એકાગ્રતા | શુદ્ધતા |
| ડીએનએ અર્ક | > 1 μg | 20 એનજી/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
પર્યાવરણીય નમૂનાઓ માટે:
| નમૂના પ્રકાર | ભલામણ કરેલ નમૂના પ્રક્રિયા |
| માટી | નમૂનાની રકમ: આશરે.5 ગ્રામ;બાકીના સુકાઈ ગયેલા પદાર્થને સપાટી પરથી દૂર કરવાની જરૂર છે;મોટા ટુકડાને ગ્રાઇન્ડ કરો અને 2 એમએમ ફિલ્ટરમાંથી પસાર થાઓ;આરક્ષણ માટે જંતુરહિત ઇપી-ટ્યુબ અથવા સાયરોટ્યુબમાં એલિક્વોટ નમૂનાઓ. |
| મળ | નમૂનાની રકમ: આશરે.5 ગ્રામ;આરક્ષણ માટે જંતુરહિત ઇપી-ટ્યુબ અથવા ક્રાયોટ્યુબમાં અલિક્વોટ નમૂનાઓ એકત્રિત કરો. |
| આંતરડાની સામગ્રી | એસેપ્ટિક સ્થિતિ હેઠળ નમૂનાઓ પર પ્રક્રિયા કરવાની જરૂર છે.પીબીએસ સાથે એકત્રિત પેશી ધોવા;પીબીએસને સેન્ટ્રીફ્યુજ કરો અને ઇપી-ટ્યુબમાં પ્રીસીપીટન્ટ એકત્રિત કરો. |
| કાદવ | નમૂનાની રકમ: આશરે.5 ગ્રામ;આરક્ષણ માટે જંતુરહિત ઇપી-ટ્યુબ અથવા ક્રાયોટ્યુબમાં અલિક્વોટ કાદવના નમૂના એકત્રિત કરો |
| વોટરબોડી | માઇક્રોબાયલની મર્યાદિત માત્રા સાથેના નમૂના માટે, જેમ કે નળનું પાણી, કૂવાનું પાણી, વગેરે, ઓછામાં ઓછું 1 L પાણી એકત્રિત કરો અને પટલ પર માઇક્રોબાયલને સમૃદ્ધ બનાવવા માટે 0.22 μm ફિલ્ટરમાંથી પસાર કરો.પટલને જંતુરહિત ટ્યુબમાં સંગ્રહિત કરો. |
| ત્વચા | જંતુરહિત કપાસના સ્વેબ અથવા સર્જિકલ બ્લેડથી ત્વચાની સપાટીને કાળજીપૂર્વક ઉઝરડો અને તેને જંતુરહિત ટ્યુબમાં મૂકો. |
ભલામણ કરેલ નમૂના ડિલિવરી
નમૂનાઓને પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં 3-4 કલાક માટે સ્થિર કરો અને પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં અથવા -80 ડિગ્રી સુધી લાંબા ગાળાના રિઝર્વેશનમાં સ્ટોર કરો.ડ્રાય-આઈસ સાથે સેમ્પલ શિપિંગ જરૂરી છે.
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
નમૂના વિતરણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
સિક્વન્સિંગ
માહિતી વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
1. V3+V4(ઇલ્યુમિના)-આધારિત માઇક્રોબાયલ કોમ્યુનિટી પ્રોફાઇલિંગ વિ. પૂર્ણ-લંબાઈ (PacBio)-આધારિત પ્રોફાઇલિંગનો એનોટેશન રેટ.
(આંકડા માટે રેન્ડમલી પસંદ કરાયેલા 30 પ્રોજેક્ટનો ડેટા લાગુ કરવામાં આવ્યો હતો)
2.વિવિધ નમૂનાના પ્રકારોમાં પ્રજાતિ-સ્તર પર પૂર્ણ-લંબાઈના એમ્પ્લિકોન સિક્વન્સિંગનો એનોટેશન દર
3.જાતિઓનું વિતરણ
4. ફાયલોજેનેટિક વૃક્ષ
BMK કેસ
આર્સેનિક એક્સપોઝર આંતરડાના અવરોધને નુકસાન પહોંચાડે છે અને પરિણામે ગટ-લિવર અક્ષના સક્રિયકરણને કારણે બતકમાં યકૃતમાં બળતરા અને પાયરોપ્ટોસિસ થાય છે.
પ્રકાશિત:કુલ પર્યાવરણનું વિજ્ઞાન,2021
અનુક્રમ વ્યૂહરચના:
નમૂનાઓ: નિયંત્રણ વિ 8 mg/kg ATO ખુલ્લા જૂથ
સિક્વન્સિંગ ડેટા યીલ્ડ: કુલ 102,583 કાચા CCS સિક્વન્સ
નિયંત્રણ: 54,518 ± 747 અસરકારક CCS
ATO-પ્રદર્શિત : 45,050 ± 1675 અસરકારક CCS
મુખ્ય પરિણામો
આલ્ફા વિવિધતા:ATO એક્સપોઝર બતકમાં આંતરડાની માઇક્રોબાયલ સમૃદ્ધિ અને વિવિધતામાં નોંધપાત્ર ફેરફાર કરે છે.
મેટાસ્ટેટ્સ વિશ્લેષણ:
ફિલમ સ્તરમાં: 2 બેક્ટેરિયલ ફાયલા માત્ર નિયંત્રણ જૂથોમાં જ જોવા મળે છે
જીનસ સ્તરમાં: 6 જાતિઓ સંબંધિત વિપુલતામાં નોંધપાત્ર રીતે અલગ જોવા મળી હતી
પ્રજાતિના સ્તરમાં: કુલ 36 પ્રજાતિઓ ઓળખવામાં આવી હતી, જેમાંથી 6 રિલેવિવ વિપુલતામાં નોંધપાત્ર રીતે અલગ છે
સંદર્ભ
થિંગહોમ, એલબી , એટ અલ."ટાઈપ 2 ડાયાબિટીસ સાથે અને વગર મેદસ્વી વ્યક્તિઓ અલગ ગટ માઇક્રોબાયલ કાર્યાત્મક ક્ષમતા અને રચના દર્શાવે છે."સેલ હોસ્ટ અને માઇક્રોબ26.2 (2019).
