હાઇ થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ (ATAC-seq) સાથે ટ્રાન્સપોઝેઝ-એક્સેસિબલ ક્રોમેટિન માટે પરીક્ષણ
સેવા સુવિધાઓ
● ડીએનએ-પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને સાચવવા માટે, સેવા માટે કાઢવામાં આવેલા ન્યુક્લિક એસિડને બદલે, પેશીઓના નમૂનાઓની જરૂર પડે છે.
● ATAC પદ્ધતિમાં ટીશ્યુ ડિસોસિએશન, ત્યારબાદ ન્યુક્લી આઇસોલેશન, Tn5 ટ્રીટમેન્ટ અને શુદ્ધિકરણ, PCR એમ્પ્લીફિકેશન, કદ પસંદગી અને સિક્વન્સિંગનો સમાવેશ થાય છે.
● ઇલુમિના નોવાસેકમાં સિક્વન્સિંગ
સેવાના ફાયદા
●ઉચ્ચ સંવેદનશીલતા:લાઇબ્રેરીની તૈયારી અને ક્રમ માટે ઓછી શરૂઆતી કોષની માત્રા પૂરતી છે.
●ખૂબ માહિતીપ્રદ તકનીક: એકસાથે ખુલ્લા ક્રોમેટિન અને સક્રિય નિયમનકારી તત્વો જેમ કે ટ્રાન્સક્રિપ્શન ફેક્ટર બંધનકર્તા સ્થળોના જીનોમિક સ્થાનો જાહેર કરે છે.
●સારી પ્રાયોગિક પ્રજનનક્ષમતા: ટેકનિકલ પ્રતિકૃતિઓ ઉત્તમ પુનરાવર્તિતતા દર્શાવે છે.
●વ્યાપક કુશળતા: સેંકડો ATAC સિક્વન્સિંગ પ્રોજેક્ટ્સ સફળતાપૂર્વક પૂર્ણ થયા પછી, BMKGENE એક દાયકાથી વધુનો અનુભવ, ઉચ્ચ કુશળ વિશ્લેષણ ટીમ, વ્યાપક સામગ્રી અને ઉત્તમ પોસ્ટ-સેલ્સ સપોર્ટ લાવે છે.
●ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ વિશ્લેષણ સાથે જોડાવાની શક્યતા: RNA-seq જેવા અન્ય ઓમિક્સ ડેટા સાથે ATAC seq ના સંકલિત વિશ્લેષણને મંજૂરી આપે છે.
● વ્યાપક બાયોઇન્ફોર્મેટિક વિશ્લેષણ: ક્રોમેટિનના ખુલ્લા પ્રદેશો અને તેમની અનુરૂપ કાર્યક્ષમતા (પ્રમોટર્સ, યુટી, એક્સોન્સ, ઇન્ટ્રોન) ની ઓળખ જ નહીં, પરંતુ નમૂનાઓમાં ક્રોમેટિન ખુલ્લા પ્રદેશો વચ્ચેના તફાવતોનું વિશ્લેષણ પણ સક્ષમ બનાવે છે.
સેવા સ્પષ્ટીકરણો
| પુસ્તકાલય | સિક્વન્સિંગ સ્ટ્રેટેજી | ભલામણ કરેલ ડેટા આઉટપુટ | ગુણવત્તા નિયંત્રણ |
| ATAC-સેક | ઇલુમિના PE150 | > 20 મિલિયન વાંચન જીનોમના કદ પર આધાર રાખીને (માનવ: ૫૦ મીટર વાંચન) | Q30≥85% |
નમૂના આવશ્યકતાઓ
નમૂનાનો પ્રકાર: પેશીઓ, જીવંત અથવા સ્થિર કોષો, લોહી
● સેલ નંબર: ≥ ૧૦6કોષો
● પેશીનું વજન: ≥ 200 મિલિગ્રામ તાજા પેશી
● લોહી: ≥ 4 મિલી
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
પ્રયોગ ડિઝાઇન
નમૂના વિતરણ
ડીએનએ નિષ્કર્ષણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
ક્રમ
ડેટા વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
નીચેના વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે:
● કાચો ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ;
● સંદર્ભ જીનોમના મેપિંગના આધારે પીક કોલિંગ;
● ટોચના સ્થાન પર જનીન ટીકા;
● મોટિફ વિશ્લેષણ: ટ્રાન્સક્રિપ્શન ફેક્ટર બાઇન્ડિંગ સાઇટ્સ (TFBS) ની ઓળખ;
● વિભેદક શિખર વિશ્લેષણ અને ટીકા.
1. ATAC પર હીટમેપ TSS અને નજીકના પ્રદેશોમાં વિતરણ વાંચે છે (±3 kb)
2. વિવિધ જીનોમ ઘટકોમાં ખુલ્લા ક્રોમેટિન પ્રદેશનું વિતરણ
૩. જૂથો વચ્ચે ડિફરન્શિયલ પીક કોલિંગ
પ્રકાશનોના ક્યુરેટેડ સંગ્રહ દ્વારા BMKGene ની ATAC સિક્વન્સિંગ સેવાઓ દ્વારા સુવિધા આપવામાં આવેલી સંશોધન પ્રગતિઓનું અન્વેષણ કરો.
ફુ, એ.વગેરે.(૨૦૨૩) 'ટેલોમેર-ટુ-ટેલોમેર જીનોમ એસેમ્બલી ઓફ બિટર તરબૂચ (મોમોર્ડિકા ચારેન્ટિયા એલ. વર્. એબ્રેવિએટા સેર.) ફળના વિકાસ, રચના અને પાકવાની આનુવંશિક લાક્ષણિકતાઓ દર્શાવે છે',બાગાયતી સંશોધન, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
ગોંગ, બી.વગેરે.(2023) 'ગ્લિઓમામાં ઓન્કોજીન તરીકે સિક્રેટરી કિનેઝ FAM20C નું એપિજેનેટિક અને ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ સક્રિયકરણ',જર્નલ ઓફ જિનેટિક્સ એન્ડ જીનોમિક્સ, 50(6), પાના. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
તે, વાય.વગેરે.(2023) 'બ્યુટીરેટ કોલોરેક્ટલ કેન્સરમાં ફેરોપ્ટોસિસ પ્રતિકારને ઉલટાવી દે છે, સી-ફોસ-આશ્રિત xCT દમનને પ્રેરિત કરીને',રેડોક્સ બાયોલોજી, 65, પૃષ્ઠ 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
