DNA/RNA સિક્વન્સિંગ -PacBio સિક્વન્સર
વિશેષતા
PacBio સિક્વન્સર પર બે સિક્વન્સિંગ મોડ્સ: સતત લોંગ રીડ (CLR) અને સર્ક્યુલર કન્સેન્સસ રીડ (CCS)
| સિક્વન્સિંગ મોડ | પુસ્તકાલયનું કદ | સૈદ્ધાંતિક ડેટાઉપજ (કોષ દીઠ) | સિંગલ-બેઝચોકસાઈ | અરજીઓ |
| CLR | 20Kb, 30Kb, વગેરે. | 80 Gb થી 130 Gb | આશરે.85% | ડી નોવો, SV કૉલિંગ, વગેરે. |
| સીસીએસ | 15-20 Kb | 14 થી 40 જીબી/સેલ (સિક્વલ II) 70 થી 110 જીબી/સેલ (રિવીઓ) નમૂનાઓ પર આધાર રાખે છે | આશરે.99% | ડી નોવો, SNP/Indel/SV કૉલિંગ, Iso-Seq, |
Revio અને Sequel II ના પ્રદર્શન અને લક્ષણોની સરખામણી
| શરતો | સિક્વલ II સિસ્ટમ | રિવિયો સિસ્ટમ | વધારો |
| ઉચ્ચ ઘનતા | 8 મિલિયન ZMWs | 25 મિલિયન ZMWs | 3x |
| સ્વતંત્ર તબક્કાઓ | 1 | 4 | 4x |
| ટૂંકા રન સમય | 30 કલાક | 24 કલાક | 1.25x |
| 30X HiFi માનવ જીનોમ / વર્ષ | 88 | 1,300 છે | 1એકંદરે 5x |
સેવા લાભો
● વિવિધ પ્રજાતિઓ સાથે હજારો બંધ પ્રોજેક્ટ્સ સાથે PacBio સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ પર 8 વર્ષથી વધુનો અનુભવ.
● પર્યાપ્ત સિક્વન્સિંગ થ્રુપુટની ખાતરી આપવા માટે નવીનતમ PacBio સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ્સ, Revio સાથે સંપૂર્ણપણે સજ્જ.
● ઝડપી ટર્ન-અરાઉન્ડ સમય, ઉચ્ચ ડેટા ઉપજ અને વધુ સચોટ ડેટા.
● સેંકડો ઉચ્ચ-પ્રભાવિત PacBio-આધારિત પ્રકાશનોમાં યોગદાન આપ્યું.
નમૂના જરૂરીયાતો
| નમૂનાનો પ્રકાર | રકમ | એકાગ્રતા (Qubit®) | વોલ્યુમ | શુદ્ધતા | અન્ય |
| જીનોમિક ડીએનએ | ડેટા જરૂરિયાત પર આધાર રાખે છે | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5； 260 nm પર સ્પષ્ટ ટોચ,કોઈ દૂષણ નથી | એકાગ્રતાને ક્યુબીટ અને ક્યુબીટ/નેનોપોર = 0.8-2.5 દ્વારા માપવાની જરૂર છે |
| કુલ આરએનએ | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5；કોઈ દૂષણ નથી | RIN મૂલ્ય ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
સેવા વર્કફ્લો
નમૂના તૈયારી
પુસ્તકાલય બાંધકામ
સિક્વન્સિંગ
માહિતી વિશ્લેષણ
પ્રોજેક્ટ ડિલિવરી
1. ઇન-હાઉસ ડેટા યીલ્ડ
63 CCS કોષોમાંથી જનરેટ થયેલો ડેટા (26 પ્રજાતિઓમાંથી)
| ડેટા-PacBio-CCS-15 Kb | સરેરાશ | મહત્તમ | મિનિ | મધ્યક |
| ઉપજ - સબરેડ (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| પોલિમરેઝ N50 | 145,651 છે | 175,430 છે | 118,118 પર રાખવામાં આવી છે | 144,689 છે |
| સબબ્રેડ્સ N50 | 17,509 પર રાખવામાં આવી છે | 23,924 પર રાખવામાં આવી છે | 12,485 પર રાખવામાં આવી છે | 17,584 પર રાખવામાં આવી છે |
| CCS N50 | 14,490 પર રાખવામાં આવી છે | 19,034 પર રાખવામાં આવી છે | 9,876 પર રાખવામાં આવી છે | 14,747 પર રાખવામાં આવી છે |
| સરેરાશ લંબાઈ-પોલિમરેઝ | 67,995 પર રાખવામાં આવી છે | 89,379 પર રાખવામાં આવી છે | 49,664 પર રાખવામાં આવી છે | 66,433 પર રાખવામાં આવી છે |
| સરેરાશ લંબાઈ-પેટા | 15,866 પર રાખવામાં આવી છે | 21,036 પર રાખવામાં આવી છે | 11,657 પર રાખવામાં આવી છે | 16,012 છે |
| સરેરાશ લંબાઈ-CCS | 14,489 પર રાખવામાં આવી છે | 19,074 છે | 8,575 પર રાખવામાં આવી છે | 14,655 પર રાખવામાં આવી છે |
16 CLR કોષો (76 પ્રજાતિઓમાંથી) માંથી જનરેટ થયેલ ડેટા
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | સરેરાશ | મહત્તમ | મિનિ | મધ્યક |
| ઉપજ - સબરેડ (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| પોલિમરેઝ N50 | 39,456 પર રાખવામાં આવી છે | 121,191 છે | 15,389 પર રાખવામાં આવી છે | 35,231 પર રાખવામાં આવી છે |
| સબબ્રેડ્સ N50 | 28,490 પર રાખવામાં આવી છે | 41,012 છે | 14,430 પર રાખવામાં આવી છે | 29,063 પર રાખવામાં આવી છે |
| સરેરાશ લંબાઈ-પોલિમરેઝ | 22,063 છે | 48,886 પર રાખવામાં આવી છે | 8,747 પર રાખવામાં આવી છે | 21,555 પર રાખવામાં આવી છે |
| સરેરાશ લંબાઈ-પેટા | 17,720 પર રાખવામાં આવી છે | 27,225 પર રાખવામાં આવી છે | 8,293 પર રાખવામાં આવી છે | 17,779 પર રાખવામાં આવી છે |
2. ડેટા QC - ડેમોડેટા ઉપજ પરના આંકડા
| નમૂના | ccs વાંચન સંખ્યા | કુલ ccs પાયા (bp) | ccs વાંચે છે N50 (bp) | ccs સરેરાશ લંબાઈ (bp) | ccs સૌથી લાંબુ વાંચન (bp) | સબરીડ બેઝ (bp) | સીસીએસ દર(%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 છે | 54,164,122,586 | 15,728 પર રાખવામાં આવી છે | 15,726 પર રાખવામાં આવી છે | 36,110 પર રાખવામાં આવી છે | 863,326,330,465 | 6.27 |
