ડી નોવો ફંગલ જીનોમ એસેમ્બલી
BMKGENE ફંગલ જીનોમ માટે બહુમુખી ઉકેલો પ્રદાન કરે છે, જે વિવિધ સંશોધન જરૂરિયાતો અને ઇચ્છિત જીનોમ પૂર્ણતાને પૂર્ણ કરે છે. ફક્ત શોર્ટ-રીડ ઇલુમિના સિક્વન્સિંગનો ઉપયોગ કરવાથી ડ્રાફ્ટ જીનોમ ઉત્પન્ન થાય છે. નેનોપોર અથવા પેકબિયોનો ઉપયોગ કરીને શોર્ટ-રીડ અને લોંગ-રીડ સિક્વન્સિંગને લાંબા કોન્ટિગ્સ સાથે વધુ શુદ્ધ ફંગલ જીનોમ માટે જોડવામાં આવે છે. વધુમાં, હાઇ-સી સિક્વન્સિંગને એકીકૃત કરવાથી ક્ષમતાઓમાં વધુ વધારો થાય છે, જે સંપૂર્ણ રંગસૂત્ર-સ્તરનો જીનોમ પ્રાપ્ત કરવામાં સક્ષમ બનાવે છે.
સેવા સુવિધાઓ
જીનોમ પૂર્ણતાની ઇચ્છિત ડિગ્રીના આધારે પસંદગી માટે ત્રણ શક્ય વિકલ્પો સાથે:
● ડ્રાફ્ટ જીનોમ વિકલ્પ: ઇલુમિના નોવાસેક PE150 સાથે ટૂંકા-વાંચન સિક્વન્સિંગ.
● ફંગલ ફાઇન જીનોમ વિકલ્પ:
જીનોમ સર્વે: ઇલુમિના નોવાસેક PE150.
જીનોમ એસેમ્બલી: પેકબાયો રેવિઓ (હાઇફાઇ રીડ્સ) અથવા નેનોપોર પ્રોમેથિઓન 48.
● રંગસૂત્ર-સ્તરનો ફંગલ જીનોમ:
જીનોમ સર્વે: ઇલુમિના નોવાસેક PE150.
જીનોમ એસેમ્બલી: પેકબાયો રેવિઓ (હાઇફાઇ રીડ્સ) અથવા નેનોપોર પ્રોમેથિઓન 48.
હાઇ-સી એસેમ્બલી સાથે કોન્ટિગ એન્કરિંગ.
સેવાના ફાયદા
●બહુવિધ સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચનાઓ ઉપલબ્ધ છે: જીનોમ પૂર્ણતાના વિવિધ સંશોધન લક્ષ્યો અને જરૂરિયાતો માટે
●સંપૂર્ણ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વર્કફ્લો:આમાં જીનોમ એસેમ્બલી અને બહુવિધ જીનોમિક તત્વોની આગાહી, કાર્યાત્મક જનીન એનોટેશન અને કોન્ટિગ એન્કરિંગનો સમાવેશ થાય છે.
●વ્યાપક કુશળતા: ૧૨,૦૦૦ થી વધુ માઇક્રોબાયલ જીનોમ ભેગા કરીને, અમે એક દાયકાથી વધુનો અનુભવ, અત્યંત કુશળ વિશ્લેષણ ટીમ, વ્યાપક સામગ્રી અને ઉત્તમ પોસ્ટ-સેલ્સ સપોર્ટ લાવ્યા છીએ.
●વેચાણ પછીનો સપોર્ટ:અમારી પ્રતિબદ્ધતા પ્રોજેક્ટ પૂર્ણ થવા ઉપરાંત 3 મહિનાના વેચાણ પછીના સેવા સમયગાળા સાથે વિસ્તૃત છે. આ સમય દરમિયાન, અમે પરિણામો સંબંધિત કોઈપણ પ્રશ્નોના જવાબ આપવા માટે પ્રોજેક્ટ ફોલો-અપ, મુશ્કેલીનિવારણ સહાય અને પ્રશ્ન અને જવાબ સત્રો પ્રદાન કરીએ છીએ.
સેવા સ્પષ્ટીકરણો
| સેવા | સિક્વન્સિંગ સ્ટ્રેટેજી | ગુણવત્તા નિયંત્રણ |
| ડ્રાફ્ટ જીનોમ | ઇલુમિના PE150 100x | Q30≥85% |
| ફાઇન જીનોમ | જીનોમ સર્વે: ઇલુમિના PE150 50 x એસેમ્બલી: PacBio HiFi 30x અથવા Nanopore 100x | કોન્ટિગ N50 ≥1Mb（પેકબિયો યુનિસેલ્યુલર） કોન્ટિગ N50 ≥2Mb（ONT યુનિસેલ્યુલર） કોન્ટિગ N50 ≥500kb（અન્ય） |
| રંગસૂત્ર-સ્તરનો જીનોમ | જીનોમ સર્વે: ઇલુમિના PE150 50 x એસેમ્બલી: PacBio HiFi 30x અથવા Nanopore 100x હાઇ-સી એસેમ્બલી 100x | કોન્ટિગ એન્કરિંગ રેશિયો> 90%
|
સેવાની આવશ્યકતાઓ
| સાંદ્રતા (ng/µL) | કુલ રકમ (µg) | વોલ્યુમ (µL) | OD260/280 નો પરિચય | OD260/230 નો પરિચય | |
| પેકબાયો | ≥૨૦ | ≥2 | ≥૨૦ | ૧.૭-૨.૨ | ≥૧.૬ |
| નેનોપોર | ≥૪૦ | ≥2 | ≥૨૦ | ૧.૭-૨.૨ | ૧.૦-૩.૦ |
| ઇલુમિના | ≥1 | ≥0.06 | ≥૨૦ | - | - |
એકકોષીય ફૂગ: ≥3.5x1010 કોષો
મેક્રો ફૂગ: ≥10 ગ્રામ
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
નમૂના વિતરણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
ક્રમ
ડેટા વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
નીચેના વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે:
જીનોમ સર્વે:
- સિક્વન્સિંગ ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ
- જીનોમ અંદાજ: કદ, વિજાતીયતા, પુનરાવર્તિત તત્વો
ફાઇન જીનોમ એસેમ્બલી:
- સિક્વન્સિંગ ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ
- નવોએસેમ્બલી
- જીનોમ ઘટક વિશ્લેષણ: સીડીએસ અને બહુવિધ જીનોમિક તત્વોની આગાહી
- બહુવિધ સામાન્ય ડેટાબેઝ (GO, KEGG, વગેરે) અને અદ્યતન ડેટાબેઝ (CARD, VFDB, વગેરે) સાથે કાર્યાત્મક એનોટેશન.
હાઇ-સી એસેમ્બલી:
- હાઇ-સી લાઇબ્રેરી મૂલ્યાંકન.
- કોન્ટિગ્સ એન્કરિંગ ક્લસ્ટરિંગ, ઓર્ડરિંગ અને ઓરિએન્ટિંગ
- HI-C એસેમ્બલીનું મૂલ્યાંકન: સંદર્ભ જીનોમ અને ગરમીના નકશા પર આધારિત
જીનોમ સર્વે: k-mer વિતરણ
જીનોમ એસેમ્બલી: જનીન હોમોલોગસ એનોટેશન (NR ડેટાબેઝ)
જીનોમ એસેમ્બલી: ફંક્શનલ જનીન એનોટેશન (GO)
પ્રકાશનોના ક્યુરેટેડ સંગ્રહ દ્વારા BMKGene ની ફંગલ જીનોમ એસેમ્બલી સેવાઓ દ્વારા સુવિધા આપવામાં આવેલી પ્રગતિઓનું અન્વેષણ કરો.
હાઓ, જે. એટ અલ. (2023) 'ડૂબડી પડેલી પરિસ્થિતિઓમાં ઔષધીય મશરૂમ ઇનોનોટસ ઓબ્લિકસનું સંકલિત ઓમિક પ્રોફાઇલિંગ',બીએમસી જીનોમિક્સ, 24(1), પૃષ્ઠ 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
લુ, એલ. એટ અલ. (2023) 'જીનોમ સિક્વન્સિંગ ઘઉંના તીક્ષ્ણ આંખના ડાઘવાળા રોગકારક રાઇઝોક્ટોનિયા સેરેલિસના ઉત્ક્રાંતિ અને રોગકારક પદ્ધતિઓ દર્શાવે છે',ધ ક્રોપ જર્નલ, 11(2), પૃષ્ઠ 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
ઝાંગ, એચ. એટ અલ. (2023) 'વિવિધ ટર્ફગ્રાસ પર ડોલર સ્પોટનું કારણ બનેલી ચાર ક્લેરીરીડિયા પ્રજાતિઓ માટે જીનોમ સંસાધનો',છોડનો રોગ, 107(3), પૃષ્ઠ. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
ઝાંગ, એસએસ એટ અલ. (2023) 'ખાદ્ય મશરૂમ ગ્રિફોલા ફ્રોન્ડોસામાં ટેટ્રાપોલર મેટિંગ સિસ્ટમના આનુવંશિક અને પરમાણુ પુરાવા',ફૂગનું જર્નલ, 9(10), પૃષ્ઠ 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
