મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ -NGS
મેટાજેનોમ એ પર્યાવરણીય અને માનવ મેટાજેનોમ જેવા સજીવોના મિશ્ર સમુદાયના કુલ આનુવંશિક સામગ્રીનો સંગ્રહ છે. તેમાં ખેતીયોગ્ય અને ખેતીયોગ્ય બંને પ્રકારના સુક્ષ્મસજીવોના જીનોમ હોય છે. NGS સાથે શોટગન મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ પર્યાવરણીય નમૂનાઓમાં જડિત આ જટિલ જીનોમિક લેન્ડસ્કેપ્સનો અભ્યાસ સક્ષમ બનાવે છે, જે વર્ગીકરણ પ્રોફાઇલિંગ કરતાં વધુ પ્રદાન કરે છે, પ્રજાતિઓની વિવિધતા, વિપુલતા ગતિશીલતા અને જટિલ વસ્તી માળખામાં પણ દાણાદાર આંતરદૃષ્ટિ આપે છે. વર્ગીકરણ અભ્યાસ ઉપરાંત, શોટગન મેટાજેનોમિક્સ એક કાર્યાત્મક જીનોમિક્સ પરિપ્રેક્ષ્ય પણ પ્રદાન કરે છે, જે એન્કોડેડ જનીનો અને ઇકોલોજીકલ પ્રક્રિયાઓમાં તેમની અનુમાનિત ભૂમિકાઓનું અન્વેષણ સક્ષમ બનાવે છે. અંતે, આનુવંશિક તત્વો અને પર્યાવરણીય પરિબળો વચ્ચે સહસંબંધ નેટવર્કની સ્થાપના માઇક્રોબાયલ સમુદાયો અને તેમની ઇકોલોજીકલ પૃષ્ઠભૂમિ વચ્ચેના જટિલ આંતરક્રિયાની સર્વાંગી સમજમાં ફાળો આપે છે. નિષ્કર્ષમાં, મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ વિવિધ માઇક્રોબાયલ સમુદાયોની જીનોમિક જટિલતાઓને ઉજાગર કરવા માટે એક મુખ્ય સાધન તરીકે ઉભું થાય છે, જે આ જટિલ ઇકોસિસ્ટમ્સમાં આનુવંશિકતા અને ઇકોલોજી વચ્ચેના બહુપક્ષીય સંબંધોને પ્રકાશિત કરે છે.
પ્લેટફોર્મ્સ: ઇલુમિના નોવાસેક અને DNBSEQ-T7
સેવાના ફાયદા
●સૂક્ષ્મજીવાણુ સમુદાય પ્રોફાઇલિંગ માટે અલગતા અને ખેતી-મુક્ત પદ્ધતિ: ખેતી ન કરી શકાય તેવા સજીવોથી આનુવંશિક સામગ્રીના ક્રમને સક્ષમ બનાવવું.
●ઉચ્ચ રીઝોલ્યુશન: પર્યાવરણીય નમૂનાઓમાં ઓછી વિપુલતા ધરાવતી પ્રજાતિઓ શોધો.
●વ્યાપક બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ:માત્ર વર્ગીકરણ વિવિધતા પર જ નહીં પરંતુ સમુદાયની કાર્યાત્મક વિવિધતા પર પણ ધ્યાન કેન્દ્રિત કર્યું.
●વ્યાપક અનુભવ:વિવિધ સંશોધન ક્ષેત્રોમાં બહુવિધ મેટાજેનોમિક્સ પ્રોજેક્ટ્સ સફળતાપૂર્વક પૂર્ણ કરવાનો અને 200,000 થી વધુ નમૂનાઓની પ્રક્રિયા કરવાનો ટ્રેક રેકોર્ડ ધરાવતી, અમારી ટીમ દરેક પ્રોજેક્ટમાં અનુભવનો ભંડાર લાવે છે.
સેવા સ્પષ્ટીકરણો
| સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ | સિક્વન્સિંગ સ્ટ્રેટેજી | ભલામણ કરેલ ડેટા | ગુણવત્તા નિયંત્રણ |
| ઇલુમિના નોવાસેક અથવા DNBSEQ-T7 | પીઈ૧૫૦ | ૬-૨૦ જીબી | Q30≥85% |
સેવા આવશ્યકતાઓ
| સાંદ્રતા (ng/µL) | કુલ રકમ (ng) | વોલ્યુમ (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥૨૦ |
● માટી/કાદવ: ૨-૩ ગ્રામ
● પ્રાણીના આંતરડામાં ૦.૫-૨ ગ્રામ
● આંતરડાની સામગ્રી-જંતુ: 0.1-0.25 ગ્રામ
● છોડની સપાટી (સમૃદ્ધ કાંપ): 0.5-1 ગ્રામ
● આથો લાવવાનો સૂપ સમૃદ્ધ કાંપ): 0.2-0.5 ગ્રામ
● મળ (મોટા પ્રાણીઓ): ૦.૫-૨ ગ્રામ
● મળ (ઉંદર): ૩-૫ દાણા
● પલ્મોનરી એલ્વીલોર લેવેજ પ્રવાહી: ફિલ્ટર પેપર
● યોનિમાર્ગ સ્વેબ: 5-6 સ્વેબ
● ત્વચા/જનનેન્દ્રિય સ્વેબ/લાળ/મૌખિક સોફ્ટ ટીશ્યુ/ફેરીન્જિયલ સ્વેબ/રેક્ટલ સ્વેબ: 2-3 સ્વેબ
● સપાટી પરના સૂક્ષ્મજીવ: 5-6 સ્વેબ
● પાણી/હવા/બાયોફિલ્મ: ફિલ્ટર પેપર
● એન્ડોફાઇટ્સ: 2-3 ગ્રામ
● ડેન્ટલ પ્લેક: ૦.૫-૧ ગ્રામ
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
નમૂના વિતરણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
ક્રમ
ડેટા વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
નીચેના વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે:
● સિક્વન્સિંગ ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ
● મેટાજેનોમ એસેમ્બલી અને જનીન આગાહી
● જનીન ટીકા
● વર્ગીકરણ આલ્ફા વિવિધતા વિશ્લેષણ
● સમુદાયનું કાર્યાત્મક વિશ્લેષણ: જૈવિક કાર્ય, ચયાપચય, એન્ટિબાયોટિક પ્રતિકાર
● કાર્યાત્મક અને વર્ગીકરણ વિવિધતા બંનેનું વિશ્લેષણ:
બીટા વિવિધતા વિશ્લેષણ
આંતર-જૂથ વિશ્લેષણ
સહસંબંધ વિશ્લેષણ: પર્યાવરણીય પરિબળો અને OUT રચના અને વિવિધતા વચ્ચે
કાર્યાત્મક વિશ્લેષણ: કાર્ડ એન્ટિબાયોટિક પ્રતિકાર
KEGG મેટાબોલિક માર્ગોનું વિભેદક વિશ્લેષણ: મહત્વપૂર્ણ માર્ગોનો હીટમેપ
વર્ગીકરણ વિતરણની આલ્ફા વિવિધતા: ACE સૂચકાંક
વર્ગીકરણ વિતરણની બીટા વિવિધતા: PCoA
પ્રકાશનોના ક્યુરેટેડ સંગ્રહ દ્વારા ઇલુમિના સાથે BMKGene ની મેટાજેનોમ સિક્વન્સિંગ સેવાઓ દ્વારા સુવિધા આપવામાં આવેલી પ્રગતિઓનું અન્વેષણ કરો.
હૈ, ક્યૂ. એટ અલ. (2023) 'વિવિધ કલ્ચર પાણીના તાપમાને ચેપી હેમેટોપોએટીક નેક્રોસિસ વાયરસથી સંક્રમિત રેઈન્બો ટ્રાઉટ (ઓન્કોરહિન્ચસ માયકિસ) ના આંતરડાના ઘટકોમાં ફેરફારનું મેટાજેનોમિક અને મેટાબોલિક વિશ્લેષણ',માઇક્રોબાયોલોજીમાં ફ્રન્ટીઅર્સ, ૧૪, પૃષ્ઠ ૧૨૭૫૬૪૯. doi: ૧૦.૩૩૮૯/FMICB.૨૦૨૩.૧૨૭૫૬૪૯.
માઓ, સી. એટ અલ. (2023) 'વિવિધ ટ્રોફિક રાજ્યોના શહેરી તળાવોમાં સૂક્ષ્મજીવાણુ સમુદાયો, પ્રતિકાર જનીનો અને પ્રતિકારક જોખમો: આંતરિક કડીઓ અને બાહ્ય પ્રભાવો',જોખમી પદાર્થોની પ્રગતિનું જર્નલ, 9, પૃ. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
સુ, એમ. એટ અલ. (૨૦૨૨) 'મેટેજનોમિક વિશ્લેષણથી ઘેટાં રુમેનના પ્રવાહી-સંકળાયેલ અને ઘન-સંકળાયેલ સુક્ષ્મસજીવો વચ્ચે રચના અને કાર્યમાં તફાવતો જાહેર થયા',માઇક્રોબાયોલોજીમાં ફ્રન્ટીઅર્સ, ૧૩, પૃષ્ઠ ૮૫૧૫૬૭. doi: ૧૦.૩૩૮૯/FMICB.૨૦૨૨.૮૫૧૫૬૭.
યીન, જે. એટ અલ. (2023) 'મેદસ્વી નિંગ્ઝિયાંગ ડુક્કરમાંથી મેળવેલા માઇક્રોબાયોટા દુર્બળ DLY ડુક્કરમાં સ્નાયુ ફેટી એસિડ જમાવટને પ્રોત્સાહન આપવા માટે કાર્નેટીન ચયાપચયને ફરીથી વાયર કરે છે',ધ ઇનોવેશન, 4(5), પૃષ્ઠ. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
ઝાઓ, એક્સ. એટ અલ. (2023) 'ચીનના હૈહે એસ્ટ્યુરીના ઉપલા અને નીચલા ભાગોમાં પ્રતિનિધિ બાયો/નોન-ડિગ્રેડેબલ પ્લાસ્ટિક અને નોન-પ્લાસ્ટિક કાટમાળના સંભવિત જોખમોમાં મેટાજેનોમિક આંતરદૃષ્ટિ',કુલ પર્યાવરણનું વિજ્ઞાન, 887, પૃષ્ઠ. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
