નેનોપોર પૂર્ણ-લંબાઈનું ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ

નેનોપોર ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ એ પૂર્ણ-લંબાઈના cDNA ને સિક્વન્સ કરવા, ટ્રાન્સક્રિપ્ટ આઇસોફોર્મ્સને સચોટ રીતે ઓળખવા અને તેનું પ્રમાણ નક્કી કરવા માટે એક શક્તિશાળી પદ્ધતિ છે. BMKCloud નેનોપોર ફુલ-લેન્થ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ પાઇપલાઇન નેનોપોર પ્લેટફોર્મ પર જનરેટ થયેલા RNA-Seq ડેટાનું વિશ્લેષણ કરવા માટે ડિઝાઇન કરવામાં આવી છે જે ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા સારી રીતે ટીકા કરાયેલ સંદર્ભ જીનોમ સામે છે, જે જનીન અને ટ્રાન્સક્રિપ્ટ બંને સ્તરે ગુણાત્મક અને માત્રાત્મક વિશ્લેષણ પ્રદાન કરે છે. ગુણવત્તા નિયંત્રણ પછી, પૂર્ણ-લંબાઈના નોન-કાઇમરિક (FLNC) સિક્વન્સ મેળવવામાં આવે છે અને બિનજરૂરી ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સને દૂર કરવા માટે સંદર્ભ જીનોમ સાથે સર્વસંમતિ સિક્વન્સ મેપ કરવામાં આવે છે. આ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ સેટમાંથી, અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણ નક્કી કરવામાં આવે છે અને વિભેદક રીતે વ્યક્ત કરાયેલ જનીનો અને ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સ ઓળખવામાં આવે છે અને કાર્યાત્મક રીતે ટીકા કરવામાં આવે છે. પાઇપલાઇનમાં વૈકલ્પિક પોલિએડેનિલેશન (APA) વિશ્લેષણ, વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ વિશ્લેષણ, સરળ સિક્વન્સ રિપીટ (SSR) વિશ્લેષણ, lncRNA અને અનુરૂપ લક્ષ્યોની આગાહી, કોડિંગ સિક્વન્સની આગાહી (CDS), જનીન કુટુંબ વિશ્લેષણ, ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળ વિશ્લેષણ, નવલકથા જનીનોની આગાહી અને ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સની કાર્યાત્મક ટીકાનો પણ સમાવેશ થાય છે.