ઉત્પાદનો

બિન-સંદર્ભ આધારિત mRNA સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના

એમઆરએનએ સિક્વન્સિંગ ચોક્કસ સમયગાળામાં મેસેન્જર આરએનએ(એમઆરએનએ) ફોર્મ યુકેરીયોટને કેપ્ચર કરવા માટે નેક્સ્ટ જનરેશન સિક્વન્સિંગ ટેકનિક (એનજીએસ) અપનાવે છે જ્યારે કેટલાક વિશેષ કાર્યો સક્રિય થઈ રહ્યા છે.સૌથી લાંબી ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટને 'યુનિજીન' કહેવામાં આવતું હતું અને અનુગામી પૃથ્થકરણ માટે સંદર્ભ ક્રમ તરીકે ઉપયોગમાં લેવાય છે, જે સંદર્ભ વિના પ્રજાતિના મોલેક્યુલર મિકેનિઝમ અને નિયમનકારી નેટવર્કનો અભ્યાસ કરવાનું અસરકારક માધ્યમ છે.

ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ડેટા એસેમ્બલી અને યુનિજીન ફંક્શનલ એનોટેશન પછી

(1) SSR વિશ્લેષણ, CDS અનુમાન અને જનીન માળખું પ્રીફોર્મ કરવામાં આવશે.

(2) દરેક નમૂનામાં યુનિજીન અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણીકરણ કરવામાં આવશે.

(3)યુનિજીન અભિવ્યક્તિના આધારે નમૂનાઓ (અથવા જૂથો) વચ્ચે વિભેદક રીતે વ્યક્ત કરાયેલ યુનિજીન શોધવામાં આવશે.

(4) વિભિન્ન રીતે વ્યક્ત યુનિજીન્સનું ક્લસ્ટરીંગ, કાર્યાત્મક ટીકા અને સંવર્ધન વિશ્લેષણ કરવામાં આવશે.

અમારો સંપર્ક કરો

સેવાની વિગતો

બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ

ડેમો પરિણામો

કેસ સ્ટડી

વિશેષતા

● કોઈપણ સંદર્ભ જીનોમથી સ્વતંત્ર,

● ડેટાનો ઉપયોગ ટ્રાન્સક્રિપ્ટની રચના અને અભિવ્યક્તિનું વિશ્લેષણ કરવા માટે થઈ શકે છે

● ચલ ક્લિપિંગ સાઇટ્સ ઓળખો

સેવા લાભો

● BMKCloud-આધારિત પરિણામ ડિલિવરી: પરિણામો BMKCloud પ્લેટફોર્મ દ્વારા ડેટા ફાઇલ અને ઇન્ટરેક્ટિવ રિપોર્ટ તરીકે વિતરિત કરવામાં આવે છે, જે પ્રમાણભૂત બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણના આધારે જટિલ વિશ્લેષણ આઉટપુટ અને કસ્ટમાઇઝ્ડ ડેટા માઇનિંગને વપરાશકર્તા-મૈત્રીપૂર્ણ વાંચવાની મંજૂરી આપે છે.

● વેચાણ પછીની સેવાઓ: વેચાણ પછીની સેવાઓ પ્રોજેક્ટ પૂર્ણ થયા પછી 3 મહિના માટે માન્ય છે, જેમાં પ્રોજેક્ટ ફોલો-અપ, મુશ્કેલી-નિવારણ, પરિણામો પ્રશ્ન અને જવાબ વગેરેનો સમાવેશ થાય છે.

નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી

નમૂના જરૂરીયાતો:

ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ:

કોન્ક.(ng/μl)

રકમ (μg)

શુદ્ધતા

અખંડિતતા

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

જેલ પર દર્શાવેલ મર્યાદિત અથવા કોઈ પ્રોટીન અથવા ડીએનએ દૂષણ નથી.

છોડ માટે: RIN≥6.5;

પ્રાણીઓ માટે: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

મર્યાદિત અથવા કોઈ આધારરેખા એલિવેશન નથી

પેશી: વજન(સૂકા): ≥1 ગ્રામ
*5 મિલિગ્રામથી નાની પેશી માટે, અમે ફ્રોઝન (પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં) પેશીના નમૂના મોકલવાની ભલામણ કરીએ છીએ.

સેલ સસ્પેન્શન: સેલ કાઉન્ટ = 3×10⁷
*અમે ફ્રોઝન સેલ લિસેટ મોકલવાની ભલામણ કરીએ છીએ.જો તે કોષની ગણતરી 5×10 કરતા ઓછી હોય⁵, ફ્લૅશને પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં સ્થિર કરવાની ભલામણ કરવામાં આવે છે.

લોહીના નમૂનાઓ:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol અને 2mL રક્ત(TRIzol:Blood=3:1)

ભલામણ કરેલ નમૂના ડિલિવરી

કન્ટેનર:
2 મિલી સેન્ટ્રીફ્યુજ ટ્યુબ (ટીન ફોઇલની ભલામણ કરવામાં આવતી નથી)
નમૂના લેબલીંગ: જૂથ+પ્રતિકૃતિ દા.ત. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

શિપમેન્ટ:
1.ડ્રાય આઈસ: સેમ્પલને બેગમાં પેક કરીને ડ્રાય આઈસમાં દાટી દેવાની જરૂર છે.
2.RNAstable ટ્યુબ: RNA સેમ્પલને RNA સ્ટેબિલાઈઝેશન ટ્યુબમાં સૂકવી શકાય છે (દા.ત. RNAstable®) અને ઓરડાના તાપમાને મોકલી શકાય છે.

સેવા કાર્ય પ્રવાહ

પ્રયોગ ડિઝાઇન

નમૂના વિતરણ

આરએનએ નિષ્કર્ષણ

પુસ્તકાલય બાંધકામ

સિક્વન્સિંગ

માહિતી વિશ્લેષણ

વેચાણ પછીની સેવાઓ

અગાઉના: લાંબી નોન-કોડિંગ સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના

આગળ: યુકેરીયોટિક mRNA સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના

બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ

1.mRNA(denovo) એસેમ્બલીનો સિદ્ધાંત

ટ્રિનિટી દ્વારા, રીડ્સ નાના ટુકડાઓમાં વિભાજિત થાય છે, જે કે-મેર તરીકે ઓળખાય છે.આ K-mers પછી કોન્ટિગ્સમાં વિસ્તારવા માટે બીજ તરીકે ઉપયોગમાં લેવાય છે અને પછી કોન્ટિગ ઓવરલેપિંગ્સ પર ઘટક આધારિત છે.છેલ્લે, ડી બ્રુઇજનને ઘટકોમાં ટ્રાન્સક્રિપ્ટને ઓળખવા માટે અહીં લાગુ કરવામાં આવ્યું હતું.

mRNA-(ડી-નોવો)-ઓવરવ્યુ-ઓફ-ટ્રિનિટી

mRNA (De novo) ટ્રિનિટીની ઝાંખી

2.mRNA (De novo) જનીન અભિવ્યક્તિ સ્તરનું વિતરણ

RNA-Seq જનીન અભિવ્યક્તિનો અત્યંત સંવેદનશીલ અંદાજ હાંસલ કરવામાં સક્ષમ છે.સામાન્ય રીતે, ટ્રાન્સક્રિપ્ટ અભિવ્યક્તિ FPKM ની શોધી શકાય તેવી શ્રેણી 10^-2 થી 10^6 સુધીની હોય છે.

mRNA-(De-novo)-દરેક-નમૂનામાં-FPKM-ઘનતા-નું-વિતરણ

mRNA (De novo) દરેક નમૂનામાં FPKM ઘનતાનું વિતરણ

3.mRNA (De novo) GO ડીઇજીનું સંવર્ધન વિશ્લેષણ

GO (જીન ઑન્ટોલોજી) ડેટાબેઝ એ જનીન અને જનીન ઉત્પાદનોના કાર્યોની પ્રમાણભૂત શબ્દભંડોળ ધરાવતી સંરચિત જૈવિક એનોટેશન સિસ્ટમ છે.તેમાં બહુવિધ સ્તરો છે, જ્યાં સ્તર જેટલું નીચું છે, તેટલા વધુ વિશિષ્ટ કાર્યો છે.

mRNA-(De-novo)-GO-વર્ગીકરણ-DEGs-એટ-સેકન્ડ-લેવલ

mRNA (De novo) GO બીજા સ્તરે DEGsનું વર્ગીકરણ

BMK કેસ

ડુંગળીમાં બલ્બ સોજો અને વિકાસ દરમિયાન સુક્રોઝ ચયાપચયનું ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ વિશ્લેષણ (એલિયમ સેપા એલ.)

પ્રકાશિત: વનસ્પતિ વિજ્ઞાનમાં સરહદો,2016

સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના

ઇલુમિના HiSeq2500

નમૂના સંગ્રહ

આ અભ્યાસમાં ઉટાહ યલો સ્વીટ સ્પેન કલ્ટીવાર "Y1351" નો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો.એકત્ર કરાયેલા નમૂનાઓની સંખ્યા હતી
બલ્બ (2-સે.મી. વ્યાસ અને 3-4 ગ્રામ વજન), 30મો DAS (5-સે.મી. વ્યાસ અને 100-110 ગ્રામ વજન), અને ∼3 40મા DAS (7-સે.મી. વ્યાસ અને 260–300 ગ્રામ).

મુખ્ય પરિણામો

1. વેન ડાયાગ્રામમાં, વિકાસના તબક્કાના ત્રણેય જોડીમાં કુલ 146 ડીઇજી મળી આવ્યા હતા.
2. "કાર્બોહાઇડ્રેટ પરિવહન અને ચયાપચય" માત્ર 585 યુનિજીન્સ (એટલે કે, ટીકા કરાયેલ COG ના 7%) દ્વારા રજૂ કરવામાં આવ્યું હતું.
3. GO ડેટાબેઝમાં સફળતાપૂર્વક નોંધાયેલા યુનિજેન્સને બલ્બ વિકાસના ત્રણ અલગ-અલગ તબક્કાઓ માટે ત્રણ મુખ્ય શ્રેણીઓમાં વર્ગીકૃત કરવામાં આવ્યા હતા."જૈવિક પ્રક્રિયા" મુખ્ય શ્રેણીમાં સૌથી વધુ રજૂ થાય છે "મેટાબોલિક પ્રક્રિયા", ત્યારબાદ "સેલ્યુલર પ્રક્રિયા"."મોલેક્યુલર ફંક્શન" ની મુખ્ય શ્રેણીમાં સૌથી વધુ રજૂ કરાયેલ બે શ્રેણીઓ "બંધનકર્તા" અને "ઉત્પ્રેરક પ્રવૃત્તિ" હતી.

PB-સંપૂર્ણ-લંબાઈ-RNA-સિક્વન્સિંગ-કેસ-સ્ટડી

ઓર્થોલોગસ જૂથો (COG) વર્ગીકરણના ક્લસ્ટરોનો હિસ્ટોગ્રામ

ત્રણ વિકાસના તબક્કામાં બલ્બમાંથી મેળવેલા યુનિજીન માટે જીન ઓન્ટોલોજી (GO) વર્ગીકરણનો હિસ્ટોગ્રામ

ડુંગળીના બલ્બના વિકાસના કોઈપણ બે તબક્કામાં જનીનોને અલગ રીતે દર્શાવતી વેન ડાયાગ્રામ

સંદર્ભ

ઝાંગ સી, ઝાંગ એચ, ઝાન ઝેડ, એટ અલ.ડુંગળીમાં બલ્બ સોજો અને વિકાસ દરમિયાન સુક્રોઝ મેટાબોલિઝમનું ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ વિશ્લેષણ (એલિયમ સેપા એલ.)[J].ફ્રન્ટીયર્સ ઇન પ્લાન્ટ સાયન્સ, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425