પેકબાયો 2+3 પૂર્ણ-લંબાઈ mRNA સોલ્યુશન
સુવિધાઓ
● અભ્યાસ ડિઝાઇન:
ટ્રાન્સક્રિપ્ટ આઇસોફોર્મ્સ ઓળખવા માટે PacBio સાથે પૂલ કરેલ નમૂનાનો ક્રમ
અલગ નમૂનાઓ (પ્રતિકૃતિઓ અને પરીક્ષણ કરવાની શરતો) ક્રમ સાથેટ્રાન્સક્રિપ્ટ અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણ નક્કી કરવા માટે NGS
● CCS મોડમાં PacBio સિક્વન્સિંગ, HiFi રીડ જનરેટ કરે છે
● પૂર્ણ-લંબાઈના ટ્રાન્સક્રિપ્ટનો ક્રમ
● વિશ્લેષણ માટે સંદર્ભ જીનોમની જરૂર નથી; જોકે, તેનો ઉપયોગ કરી શકાય છે
● બાયોઇન્ફોર્મેટિક વિશ્લેષણમાં ફક્ત જનીન અને આઇસોફોર્મ-સ્તર પર અભિવ્યક્તિ જ નહીં પરંતુ lncRNA, જનીન ફ્યુઝન, પોલી-એડેનિલેશન અને જનીન રચનાનું વિશ્લેષણ પણ શામેલ છે.
ફાયદા
● ઉચ્ચ ચોકસાઈ: હાઇફાઇ વાંચન 99.9% (Q30) થી વધુ ચોકસાઈ સાથે, NGS સાથે તુલનાત્મક
● વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ વિશ્લેષણ: બધા ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સને ક્રમ આપવાથી આઇસોફોર્મ ઓળખ અને લાક્ષણિકતા સક્ષમ બને છે.
● PacBio અને NGS ની શક્તિઓનું સંયોજન: તે આઇસોફોર્મ સ્તરે અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણીકરણ સક્ષમ કરે છે, જે સમગ્ર જનીન અભિવ્યક્તિનું વિશ્લેષણ કરતી વખતે છુપાવી શકાય તેવા ફેરફારને ઉજાગર કરે છે.
● વ્યાપક કુશળતા: અમે 2300 થી વધુ નમૂનાઓ પર પ્રક્રિયા કરી છે, અમારી ટીમ દરેક પ્રોજેક્ટમાં અનુભવનો ભંડાર લાવે છે.
● વેચાણ પછીનો સપોર્ટ: અમારી પ્રતિબદ્ધતા પ્રોજેક્ટ પૂર્ણ થયા પછી પણ 3 મહિનાની વેચાણ પછીની સેવા સમયગાળા સાથે વિસ્તરે છે. આ સમય દરમિયાન, અમે પરિણામો સંબંધિત કોઈપણ પ્રશ્નોના જવાબ આપવા માટે પ્રોજેક્ટ ફોલો-અપ, મુશ્કેલીનિવારણ સહાય અને પ્રશ્ન અને જવાબ સત્રો પ્રદાન કરીએ છીએ.
નમૂનાની આવશ્યકતાઓ અને ડિલિવરી
| પુસ્તકાલય | ક્રમ વ્યૂહરચના | ભલામણ કરેલ ડેટા | ગુણવત્તા નિયંત્રણ |
| પોલીએ સમૃદ્ધ mRNA CCS લાઇબ્રેરી | પેકબાયો સિક્વલ II પેકબાયો રેવિયો | ૨૦/૪૦ જીબી ૫/૧૦ મીટર સીસીએસ | Q30≥85% |
| પોલી એ સમૃદ્ધ | ઇલુમિના PE150 | ૬-૧૦ જીબી | Q30≥85% |
ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ
|
| સંક્ષિપ્ત (ng/μl) | રકમ (μg) | શુદ્ધતા | પ્રામાણિકતા |
| ઇલુમિના લાઇબ્રેરી | ≥ ૧૦ | ≥ ૦.૨ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 જેલ પર મર્યાદિત અથવા કોઈ પ્રોટીન અથવા ડીએનએ દૂષણ દર્શાવવામાં આવ્યું નથી. | છોડ માટે: RIN≥4.0; પ્રાણીઓ માટે: RIN≥4.5; ૫.૦≥૨૮એસ/૧૮એસ≥૧.૦; મર્યાદિત અથવા કોઈ બેઝલાઇન ઊંચાઈ નહીં |
| પેકબાયો લાઇબ્રેરી | ≥ ૧૦૦ | ≥ ૧.૦ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 જેલ પર મર્યાદિત અથવા કોઈ પ્રોટીન અથવા ડીએનએ દૂષણ દર્શાવવામાં આવ્યું નથી. | છોડ: RIN≥7.5 પ્રાણીઓ: RIN≥8.0 ૫.૦≥૨૮એસ/૧૮એસ≥૧.૦; મર્યાદિત અથવા કોઈ બેઝલાઇન ઊંચાઈ નહીં |
ભલામણ કરેલ નમૂના વિતરણ
કન્ટેનર: 2 મિલી સેન્ટ્રીફ્યુજ ટ્યુબ (ટીન ફોઇલની ભલામણ કરવામાં આવતી નથી)
નમૂના લેબલિંગ: જૂથ+પ્રતિકૃતિ દા.ત. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
શિપમેન્ટ:
૧. સૂકો બરફ:નમૂનાઓને બેગમાં પેક કરીને સૂકા બરફમાં દાટી દેવા જોઈએ.
2. RNAstable ટ્યુબ: RNA નમૂનાઓને RNA સ્ટેબિલાઇઝેશન ટ્યુબ (દા.ત. RNAstable®) માં સૂકવી શકાય છે અને ઓરડાના તાપમાને મોકલી શકાય છે.
નીચેના વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે:
- કાચો ડેટા
- ગુણવત્તા નિયંત્રણ
- વૈકલ્પિક પોલિએડેનિલેશન વિશ્લેષણ (APA)
- ફ્યુઝન ટ્રાન્સક્રિપ્ટ વિશ્લેષણ
- વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ વિશ્લેષણ
- બેન્ચમાર્કિંગ યુનિવર્સલ સિંગલ-કોપી ઓર્થોલોગ્સ (BUSCO) વિશ્લેષણ
- નવલકથા ટ્રાન્સક્રિપ્ટ વિશ્લેષણ: કોડિંગ સિક્વન્સ (CDS) અને કાર્યાત્મક એનોટેશનની આગાહી
- lncRNA વિશ્લેષણ: lncRNA અને લક્ષ્યોનું અનુમાન
- માઇક્રોસેટેલાઇટ ઓળખ (SSR)
- ડિફરન્શિયલી એક્સપ્રેસ્ડ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સ (DETs) વિશ્લેષણ
- ડિફરન્શિયલી એક્સપ્રેસ્ડ જનીનો (DEGs) વિશ્લેષણ
- DEGs અને DETs ની કાર્યાત્મક ટીકા
બુસ્કો વિશ્લેષણ
વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ વિશ્લેષણ
વૈકલ્પિક પોલિએડેનિલેશન વિશ્લેષણ (APA)
વિભેદક રીતે વ્યક્ત કરાયેલ જનીનો (DEGs) અને ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સ (DETs9 વિશ્લેષણ)
DETs અને DEGs ના પ્રોટીન-પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા નેટવર્ક્સ
પ્રકાશનોના ક્યુરેટેડ સંગ્રહ દ્વારા BMKGene ના PacBio 2+3 પૂર્ણ-લંબાઈના mRNA સિક્વન્સિંગ દ્વારા સુવિધા આપવામાં આવેલી પ્રગતિઓનું અન્વેષણ કરો.
ચાઓ, ક્યૂ. એટ અલ. (2019) 'પોપ્યુલસ સ્ટેમ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમની વિકાસલક્ષી ગતિશીલતા',પ્લાન્ટ બાયોટેકનોલોજી જર્નલ, 17(1), પૃષ્ઠ 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
ડેંગ, એચ. એટ અલ. (2022) 'ફળ વિકાસ અને એક્ટિનીડિયા લેટીફોલિયા (એસ્કોર્બેટ-સમૃદ્ધ ફળ પાક) ના પાક દરમિયાન એસ્કોર્બિક એસિડ સામગ્રીમાં ગતિશીલ ફેરફારો અને સંકળાયેલ પરમાણુ પદ્ધતિઓ',આંતરરાષ્ટ્રીય જર્નલ ઓફ મોલેક્યુલર સાયન્સિસ, 23(10), પૃષ્ઠ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
હુઆ, એક્સ. એટ અલ. (2022) 'પેરિસ પોલીફિલામાં બાયોએક્ટિવ પોલીફિલિનમાં સામેલ બાયોસિન્થેટિક પાથવે જનીનોની અસરકારક આગાહી',કોમ્યુનિકેશન્સ બાયોલોજી૨૦૨૨ ૫:૧, ૫(૧), પૃષ્ઠ ૧–૧૦. doi: ૧૦.૧૦૩૮/s૪૨૦૦૩-૦૨૨-૦૩૦૦૦-ઝેડ.
લિયુ, એમ. એટ અલ. (2023) 'ટુટા એબ્સોલ્યુટા (મેરિક) ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ અને સાયટોક્રોમ P450 જનીનોનું સંયુક્ત પેકબાયો આઇસો-સેક અને ઇલુમિના આરએનએ-સેક વિશ્લેષણ',જંતુઓ, 14(4), પૃષ્ઠ 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
વાંગ, લિજુન એટ અલ. (2019) 'રિકિનસ કોમ્યુનિસમાં રિસિનોલીક એસિડ બાયોસિન્થેસિસની વધુ સારી સમજ માટે ઇલુમિના આરએનએ સિક્વન્સિંગ સાથે સંયુક્ત પેકબાયો સિંગલ-મોલેક્યુલ રીઅલ-ટાઇમ વિશ્લેષણનો ઉપયોગ કરીને ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ જટિલતાનો સર્વે',બીએમસી જીનોમિક્સ, 20(1), પૃષ્ઠ 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/આકૃતિઓ/7.
