વનસ્પતિ/પ્રાણીના સંપૂર્ણ જીનોમ સિક્વન્સિંગ
સેવા સુવિધાઓ
નવો
આ ટેકનિક ખાસ કરીને પડકારજનક જીનોમ જેમ કે ઉચ્ચ ડિગ્રી હેટરોઝાયગોસિટી, પુનરાવર્તિત પ્રદેશો, પોલીપોલોઇડ જીનોમ, અસામાન્ય CG સામગ્રી વગેરે માટે ઉપયોગી છે.
અમારું વન-સ્ટોપ સોલ્યુશન ઇન્ટિગ્રેટેડ સિક્વન્સિંગ સેવાઓ અને બાયોઇન્ફોર્મેટિક વિશ્લેષણ પ્રદાન કરે છે જે ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા ડી નોવો એસેમ્બલ જીનોમ પ્રદાન કરે છે. ઇલુમિના સાથે પ્રારંભિક જીનોમ સર્વે જીનોમના કદ અને જટિલતાનો અંદાજ પૂરો પાડે છે, અને આ માહિતીનો ઉપયોગ પેકબાયો હાઇફાઇ સાથે લાંબા-વાંચન સિક્વન્સિંગના આગલા પગલાને માર્ગદર્શન આપવા માટે થાય છે, ત્યારબાદનવીનતાકોન્ટિગ્સનું એસેમ્બલી. HiC એસેમ્બલીનો અનુગામી ઉપયોગ કોન્ટિગ્સને જીનોમ સાથે જોડવા સક્ષમ બનાવે છે, જેનાથી રંગસૂત્ર-સ્તરની એસેમ્બલી મળે છે. અંતે, જીનોમને જનીન આગાહી દ્વારા અને વ્યક્ત જનીનોને ક્રમ આપીને, ટૂંકા અને લાંબા વાંચન સાથે ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ્સનો આશરો લઈને ટીકા કરવામાં આવે છે.
-- એક-સ્ટોપ સોલ્યુશનમાં બહુવિધ સિક્વન્સિંગ અને બાયોઇન્ફોર્મેટિક સેવાઓનું એકીકરણબાંધકામ નવલકથા માટે યોગ્ય સેવા
-- રસ ધરાવતી પ્રજાતિઓ માટે જીનોમ અથવા હાલના સંદર્ભ જીનોમમાં સુધારો.
અનુક્રમણિકા
-- પુસ્તકાલયની તૈયારી પ્રમાણભૂત અથવા પીસીઆર-મુક્ત હોઈ શકે છે.
-- 4 સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મમાં ઉપલબ્ધ: ઇલુમિના નોવાસેક, MGI T7, નેનોપોર પ્રોમેથિઓન P48 અથવા પેકબાયો રેવિઓ.
-- બાયોઇન્ફોર્મેટિક વિશ્લેષણ વેરિઅન્ટ કોલિંગ પર કેન્દ્રિત છે: SNP, InDel, SV અને CNV
સેવાના ફાયદા
●વ્યાપક કુશળતા અને પ્રકાશન રેકોર્ડ: માટેનવીનતાસેવાઓ દ્વારા, અમે વિવિધ પ્રજાતિઓના ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા જીનોમ એસેમ્બલીમાં વિશાળ અનુભવ સંચિત કર્યો છે, જેમાં ડિપ્લોઇડ જીનોમ અને પોલીપ્લોઇડ અને એલોપોલીપ્લોઇડ પ્રજાતિઓના અત્યંત જટિલ જીનોમનો સમાવેશ થાય છે. 2018 થી, અમે 300 થી વધુ ઉચ્ચ-પ્રભાવિત પ્રકાશનોમાં યોગદાન આપ્યું છે, અને તેમાંથી 20+ નેચર જિનેટિક્સમાં પ્રકાશિત થયા છે. જીનોમ રી-સિક્વન્સિંગ પર, અમે 1000 થી વધુ પ્રજાતિઓ એકઠી કરી, જેના પરિણામે 5000 થી વધુના સંચિત અસર પરિબળ સાથે 1000 થી વધુ પ્રકાશિત કેસ થયા.
●વન-સ્ટોપ સોલ્યુશન: ચાલુનવીનતાસિક્વન્સિંગ, અમારો સંકલિત અભિગમ બહુવિધ સિક્વન્સિંગ ટેકનોલોજી અને બાયોઇન્ફોર્મેટિક વિશ્લેષણને એક સુસંગત વર્કફ્લોમાં જોડે છે, જે ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા એસેમ્બલ જીનોમ પ્રદાન કરે છે.
●તમારી જરૂરિયાતો અનુસાર: અમારું સેવા કાર્યપ્રવાહ કસ્ટમાઇઝ કરી શકાય તેવું છે, જે વિવિધ સુવિધાઓ અને ચોક્કસ સંશોધન જરૂરિયાતો સાથે જીનોમ માટે અનુકૂલનને મંજૂરી આપે છે.
●અત્યંત કુશળ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ અને લેબોરેટરી ટીમ: ભલે તે માટે હોયનવીનતાસિક્વન્સિંગ અથવા રિ-સિક્વન્સિંગ, અમારી ટીમ પાસે પ્રોજેક્ટની સફળતાની ખાતરી આપવા માટે કુશળ સાધનો અને જ્ઞાનનો સમૂહ છે. આને તેમણે વિકસાવેલા પેટન્ટ અને સોફ્ટવેર કોપીરાઈટની શ્રેણી દ્વારા સમર્થન આપી શકાય છે.
● વેચાણ પછીનો સપોર્ટ:અમારી પ્રતિબદ્ધતા પ્રોજેક્ટ પૂર્ણ થવા ઉપરાંત 3 મહિનાના વેચાણ પછીના સેવા સમયગાળા સાથે વિસ્તૃત છે. આ સમય દરમિયાન, અમે પરિણામો સંબંધિત કોઈપણ પ્રશ્નોના જવાબ આપવા માટે પ્રોજેક્ટ ફોલો-અપ, મુશ્કેલીનિવારણ સહાય અને પ્રશ્ન અને જવાબ સત્રો પ્રદાન કરીએ છીએ.
●વ્યાપક બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ: ભિન્નતા કોલિંગ અને ફંક્શન એનોટેશન સહિત.
●ક્રમ માટે વ્યાપક ટીકા: અમે ઓળખાયેલ ભિન્નતાઓ સાથે જનીનોને કાર્યાત્મક રીતે ટીકા કરવા અને અનુરૂપ સંવર્ધન વિશ્લેષણ કરવા માટે બહુવિધ ડેટાબેઝનો ઉપયોગ કરીએ છીએ, જે તમારા સંશોધન પ્રોજેક્ટ્સ પર આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે.
સેવા સ્પષ્ટીકરણો
| ઓળખવાના પ્રકારો | ક્રમ વ્યૂહરચના | ભલામણ કરેલ ઊંડાઈ |
| SNP અને InDel | ઇલુમિના નોવાસેક PE150 અથવા MGI T7 | ૧૦x |
| SV અને CNV (ઓછા સચોટ) | 30x | |
| SV અને CNV (વધુ સચોટ) | નેનોપોર પ્રોમ P48 | 20x |
| SNPs, ઇન્ડેલ, SV અને CNV | પેકબાયો રેવિયો | ૧૦x |
નમૂના આવશ્યકતાઓ
| પેશી અથવા કાઢેલા ન્યુક્લિક એસિડ | ઇલુમિના/એમજીઆઈ | નેનોપોર | પેકબાયો
| ||
| પ્રાણી વિસેરા | ૦.૫-૧ ગ્રામ | ≥ ૩.૫ ગ્રામ
| ≥ ૩.૫ ગ્રામ
| ||
| પ્રાણી સ્નાયુ | ≥ ૫ ગ્રામ
| ≥ ૫ ગ્રામ
| |||
| સસ્તન પ્રાણીઓનું લોહી | ૧.૫ મિલી | ≥ ૦.૫ મિલી
| ≥ ૫ મિલી
| ||
| મરઘાં/માછલીનું લોહી | ≥ 0.1 મિલી
| ≥ ૦.૫ મિલી
| |||
| છોડ - તાજા પાન | ૧-૨ ગ્રામ | ≥ 2 ગ્રામ
| ≥ ૫ ગ્રામ
| ||
| સંસ્કારી કોષો |
| ≥ ૧x૧૦7
| ≥ ૧x૧૦8
| ||
| જંતુના નરમ પેશી/વ્યક્તિ | ૦.૫-૧ ગ્રામ | ≥ 1 ગ્રામ
| ≥ ૩ ગ્રામ
| ||
| કાઢેલ ડીએનએ
| સાંદ્રતા: ≥ 1 ng/ µL રકમ: ≥ 30 નંગ મર્યાદિત અથવા કોઈ અધોગતિ અથવા દૂષણ નથી
| એકાગ્રતા રકમ
OD260/280 નો પરિચય
OD260/230 નો પરિચય
મર્યાદિત અથવા કોઈ અધોગતિ અથવા દૂષણ નથી
| ≥ ૪૦ એનજી/ µL 4 µg/ફ્લો સેલ/નમૂનો
૧.૭-૨.૨
≥૧.૫ | એકાગ્રતા રકમ
OD260/280 નો પરિચય
OD260/230 નો પરિચય
મર્યાદિત અથવા કોઈ અધોગતિ અથવા દૂષણ નથી | ≥ ૫૦ એનજી/ µL ૧૦ µg/ફ્લો સેલ/નમૂનો
૧.૭-૨.૨
૧.૮-૨.૫ |
| પીસીઆર-મુક્ત લાઇબ્રેરી તૈયારી: સાંદ્રતા≥ 40 ng/ µL રકમ≥ ૫૦૦ નંગ | |||||
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
નમૂના વિતરણ
ડીએનએ નિષ્કર્ષણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
ક્રમ
ડેટા વિશ્લેષણ
ડેટા ડિલિવરી
નવોબાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ પાઇપલાઇન
જો તમે એસેમ્બલી માટે અમારી વિવિધ પાઇપલાઇન્સનો ઝાંખી જોવા માંગતા હો:
સંપૂર્ણ બાયોઇન્ફોર્મેટિક વિશ્લેષણ, 4 પગલાંમાં વિભાજિત:
૧. જીનોમ સર્વે, NGS રીડ્સ સાથે k-mer વિશ્લેષણ પર આધારિત.તે આપણને આ વિશે માહિતી આપશે:
- જીનોમના કદનો અંદાજ
- હેટરોઝાયગોસિટીનો અંદાજ
- પુનરાવર્તિત પ્રદેશોનો અંદાજ
2. PacBio HiFi સાથે જીનોમ એસેમ્બલી.લાંબા વાંચનનો ઉપયોગ આપણને આપશે:
- નવોએસેમ્બલી
- એસેમ્બલી મૂલ્યાંકન: જીનોમ પૂર્ણતા માટે BUSCO વિશ્લેષણ અને NGS અને PacBio HiFi વાંચનોના મેપિંગનો સમાવેશ થાય છે.
3. હાઇ-સી એસેમ્બલી.એકવાર આપણી પાસે એસેમ્બલી થઈ જાય, પછી જીનોમ 3D સ્ટ્રક્ચર વિશેની માહિતી જ્ઞાનને વધુ ગાઢ બનાવશે અને આપણે જે સંદર્ભ જીનોમ બનાવી રહ્યા છીએ તેને સમૃદ્ધ બનાવશે.
- માન્ય Hi-C ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનો અંદાજ કાઢવા માટે Hi-C લાઇબ્રેરી QC.
- હાઇ-સી એસેમ્બલી. આપણે જૂથોમાં કોન્ટિગ્સનું ક્લસ્ટરિંગ કરીશું, ત્યારબાદ દરેક જૂથમાં કોન્ટિગ ક્રમ આપીશું અને કોન્ટિગ ઓરિએન્ટેશન સોંપીશું.
- હાઇ-સી મૂલ્યાંકન
૪. જીનોમ એનોટેશન:
- નોન-કોડિંગ આરએનએ આગાહી
- પુનરાવર્તિત ક્રમ ઓળખ (ટ્રાન્સપોઝન્સ અને ટેન્ડમ પુનરાવર્તનો)
- જનીન આગાહી
- નવો: શરૂઆતથી જ અલ્ગોરિધમ્સ
- સમલૈંગિકતા પર આધારિત
- ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ પર આધારિત, લાંબા અને ટૂંકા વાંચન સાથે: વાંચન છેનવીનતાડ્રાફ્ટ જીનોમ સાથે એસેમ્બલ અથવા મેપ કરેલ
- બહુવિધ ડેટાબેઝ સાથે અનુમાનિત જનીનોની ટીકા
ફરીથી ક્રમબાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ પાઇપલાઇન
નીચેના વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે:
- કાચો ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ
- સંદર્ભ જીનોમ સાથે સંરેખણના આંકડા
- વેરિઅન્ટ ઓળખ: SNP, InDel, SV અને CNV
- ચલોનું કાર્યાત્મક એનોટેશન
સંદર્ભ જીનોમ સાથે સંરેખણના આંકડા - ક્રમ ઊંડાઈ વિતરણ
બહુવિધ નમૂનાઓમાં SNP કોલિંગ
ઇનડેલ ઓળખ - સીડીએસ પ્રદેશ અને જીનોમ-વ્યાપી પ્રદેશમાં ઇનડેલ લંબાઈના આંકડા
જીનોમમાં વિવિધતા વિતરણ - સર્કસ પ્લોટ
ઓળખાયેલા પ્રકારો સાથે જનીનોનું કાર્યાત્મક એનોટેશન - જનીન ઓન્ટોલોજી
ચાઈ, ક્યૂ. એટ અલ. (2023) 'ગ્લુટાથિઓન એસ-ટ્રાન્સફેરેઝ GhTT19 કપાસમાં એન્થોસાયનિન સંચયને નિયંત્રિત કરીને ફૂલોની પાંખડીઓના રંગદ્રવ્યને નક્કી કરે છે',પ્લાન્ટ બાયોટેકનોલોજી જર્નલ, 21(2), પૃષ્ઠ. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
ચેંગ, એચ. એટ અલ. (2023) 'રંગસૂત્ર-સ્તરીય જંગલી હેવિયા બ્રાઝિલિએન્સિસ જીનોમ જીનોમિક-સહાયિત સંવર્ધન માટે નવા સાધનો અને રબર ઉપજ વધારવા માટે મૂલ્યવાન સ્થાન પૂરું પાડે છે',પ્લાન્ટ બાયોટેકનોલોજી જર્નલ, 21(5), પૃષ્ઠ. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
લી, સી. એટ અલ. (૨૦૨૧) 'જીનોમ સિક્વન્સ વૈશ્વિક પ્રસાર માર્ગો દર્શાવે છે અને દરિયાઈ ઘોડા ઉત્ક્રાંતિમાં કન્વર્જન્ટ આનુવંશિક અનુકૂલન સૂચવે છે',નેચર કોમ્યુનિકેશન્સ, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
લી, વાય. એટ અલ. (2023) 'મોટા પાયે રંગસૂત્રીય ફેરફારો જીનોમ-સ્તરના અભિવ્યક્તિ ફેરફારો, પર્યાવરણીય અનુકૂલન અને ગેયલ (બોસ ફ્રન્ટાલિસ) માં વિશિષ્ટતા તરફ દોરી જાય છે',મોલેક્યુલર બાયોલોજી અને ઇવોલ્યુશન, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
ટિયાન, ટી. એટ અલ. (2023) 'જીનોમ એસેમ્બલી અને એક અગ્રણી દુષ્કાળ-પ્રતિરોધક મકાઈના જર્મપ્લાઝમનું આનુવંશિક વિચ્છેદન',નેચર જિનેટિક્સ 202355:3, 55(3), પાના. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ઝાંગ, એફ. એટ અલ. (2023) 'સોલાનેસી પરિવારમાં બે જીનોમનું વિશ્લેષણ કરીને ટ્રોપેન આલ્કલોઇડ બાયોસિન્થેસિસના ઉત્ક્રાંતિનો ખુલાસો',નેચર કોમ્યુનિકેશન્સ૨૦૨૩ ૧૪:૧, ૧૪(૧), પૃષ્ઠ ૧–૧૮. doi: ૧૦.૧૦૩૮/s૪૧૪૬૭-૦૨૩-૩૭૧૩૩-૪.
ઝેંગ, ટી. એટ અલ. (૨૦૨૨) 'સમય જતાં ચીની સ્વદેશી મરઘીઓમાં જીનોમ અને મિથાઈલેશન ફેરફારોનું વિશ્લેષણ પ્રજાતિઓના સંરક્ષણમાં સમજ આપે છે',કોમ્યુનિકેશન્સ બાયોલોજી, 5(1), પૃષ્ઠ 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
પડકારજનક કેસ-સ્ટડીઝ:
ટેલોમેર-ટુ-ટેલોમેર એસેમ્બલી:ફુ, એ. એટ અલ. (૨૦૨૩) 'કડવું તરબૂચ (મોમોર્ડિકા ચારેન્ટિયા એલ. વર્. સંક્ષિપ્ત સેર.) નું ટેલોમેર-ટુ-ટેલોમેર જીનોમ એસેમ્બલી ફળ વિકાસ, રચના અને પાકવાની આનુવંશિક લાક્ષણિકતાઓ દર્શાવે છે',બાગાયતી સંશોધન, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
હેપ્લોટાઇપ એસેમ્બલી:હુ, ડબલ્યુ. એટ અલ. (2021) 'એલીલ-વ્યાખ્યાયિત જીનોમ કસાવા ઉત્ક્રાંતિ દરમિયાન બાયલેલિક ભિન્નતા દર્શાવે છે',મોલેક્યુલર પ્લાન્ટ, 14(6), પાના. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
જાયન્ટ જીનોમ એસેમ્બલી:યુઆન, જે. એટ અલ. (2022) 'વૃક્ષ પિયોની પેઓનિયા ઓસ્ટીના ગીગા-રંગસૂત્રો અને ગીગા-જીનોમનો જીનોમિક આધાર',નેચર કોમ્યુનિકેશન્સ૨૦૨૨ ૧૩:૧, ૧૩(૧), પૃષ્ઠ ૧–૧૬. doi: ૧૦.૧૦૩૮/s૪૧૪૬૭-૦૨૨-૩૫૦૬૩-૧.
પોલીપ્લોઇડ જીનોમ એસેમ્બલી:ઝાંગ, ક્યૂ. એટ અલ. (2022) 'ઓટોપોલીપ્લોઇડ શેરડી સેકરમ સ્પોન્ટેનિયમના તાજેતરના રંગસૂત્ર ઘટાડામાં જીનોમિક આંતરદૃષ્ટિ',નેચર જિનેટિક્સ 202254:6, 54(6), પાના. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
